वर्णित प्रोटोकॉल दो दृष्टिकोणों का उपयोग करके ऊतक नमूनों का एक अनुकूलित मात्रात्मक प्रोटेओमिक्स विश्लेषण प्रदान करता है: लेबल-आधारित और लेबल मुक्त क्वांटिटेशन। लेबल आधारित दृष्टिकोण प्रोटीन के अधिक सटीक मात्रा का लाभ है, जबकि एक लेबल मुक्त दृष्टिकोण अधिक लागत प्रभावी है और एक पलटन के नमूनों के सैकड़ों का विश्लेषण करने के लिए इस्तेमाल किया ।