Описанный протокол обеспечивает оптимизированный количественный протеомический анализ образцов тканей с использованием двух подходов: на основе меток и свободного количественного определения меток. Подходы, основанные на этикетках, имеют преимущество в более точном количественном анализе белков, в то время как подход без маркировки является более экономически эффективным и используется для анализа сотен образцов когорты.