Här beskriver vi beräkningsverktyg och metoder som möjliggör visualisering och analys av tre- och fyrdimensionella bilddata för musembryon i samband med axiell förlängning och segmentering, erhållen genom in toto optisk projektionstomografi och genom levande avbildning och helmonterad immunofluorescensfärgning med hjälp av multifotonmikroskopi.