Denne protokollen beskriver kvantifisering av volumetriske cerebral hemodynamiske variasjoner i musehjernen ved hjelp av funksjonell ultralyd (fUS). Prosedyrer for 3D funksjonell aktiveringskart etter sensorisk stimulering samt hviletilstand funksjonell tilkobling er gitt som illustrerende eksempler, i bedøvede og våkne mus.