हाई-सी 3.0 एक बेहतर हाई-सी प्रोटोकॉल है जो सिग्नल-टू-शोर अनुपात और क्रोमैटिन इंटरैक्शन डिटेक्शन के रिज़ॉल्यूशन को बढ़ाने के लिए डीपीएनआई और डीडीईआई प्रतिबंध एंजाइमों के कॉकटेल के साथ फॉर्मलाडेहाइड और डिसुसिनिमिडिल ग्लूटारेट क्रॉसलिंकर को जोड़ता है।