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वर्तमान प्रोटोकॉल एक बायोमोलेक्यूलर सिमुलेशन पैकेज का उपयोग करता है और जंगली प्रकार के कैस्पेस और इसके उत्परिवर्ती रूपों के मॉडलिंग के लिए आणविक गतिशीलता (एमडी) दृष्टिकोण का वर्णन करता है। एमडी विधि कैसपेस संरचना के गतिशील विकास और उत्परिवर्तन या पोस्ट-ट्रांसलेशनल संशोधनों के संभावित प्रभाव का आकलन करने की अनुमति देती है।