נפח קטן (1-3L) סינון של דגימות מי ים החוף

Biology

Your institution must subscribe to JoVE's Biology section to access this content.

Fill out the form below to receive a free trial or learn more about access:

Welcome!

Enter your email below to get your free 10 minute trial to JoVE!





We use/store this info to ensure you have proper access and that your account is secure. We may use this info to send you notifications about your account, your institutional access, and/or other related products. To learn more about our GDPR policies click here.

If you want more info regarding data storage, please contact gdpr@jove.com.

 

Summary

זה מסמכים וידאו נפח קטן (~ 1 L) סינון של ביומסה של חיידקים מעמודת המים.

Cite this Article

Copy Citation | Download Citations

Walsh, D. A., Zaikova, E., Hallam, S. J. Small Volume (1-3L) Filtration of Coastal Seawater Samples. J. Vis. Exp. (28), e1163, doi:10.3791/1163 (2009).

Please note that all translations are automatically generated.

Click here for the english version. For other languages click here.

Abstract

עבודה מתחיל עם איסוף המים ימית החוף למען הקהילה חיידקים במורד הזרם, מנתח גז מזין עקבות. לקבלת דוגמיות הפגנה של היום נאספו סיפון ההפעלה ג'ון סטריקלנד HMS ב Inlet Saanich. זה מסמכים וידאו נפח קטן (~ 1 L) סינון של ביומסה של חיידקים מעמודת המים. הפרוטוקול הוא הרחבה של פרוטוקול גדול הדגימה נפח שתוארו קודם לכן, עם הבדל אחד משמעותי: כאן, אין שום צעד סינון מראש, ולכן כל המעמדות גודל של ביומסה נאספים עד 0.22 מיקרומטר לסנן חתוכים. דוגמאות שנאספו בדרך זו הם אידיאליים עבור ניתוח חומצות גרעין. הצעדים הגדרת, סינון, ו לנקות כל אחד לקחת על 20-30 דקות. אם באמצעות שתי משאבות peristaltic בו זמנית, עד 8 דגימות ניתן לסנן באותו זמן. כדי למנוע היווצרות biofilm בין טיולים הדגימה, כל הציוד סינון חייב להיות שטוף עם HCl לדלל במים deionized ו autoclaved מיד לאחר השימוש.

Protocol

  1. הגדרת מנגנון סינון
    1. לפני סינון, תחילה למחות כל התעבות של בקבוקים מלאים ולשקול אותם
    2. הצב בן החיטוי בצד אחד של המשאבה, ואת בקבוק פסולת מאידך.
    3. אז במקום בקבוק מלא מדגם לפח החיטוי, אך לא להסיר את מכסה הבקבוק עדיין.
    4. במעבר דרך צינור המשאבה peristaltic כך בסוף luer של צינורות נמצא הבקבוק.
    5. בעזרת פינצטה, להסיר את הכותנה מן פיפטה סטרילית 25 מ"ל, ולצרף את טפטפת לקצה השני של הצינור.
  2. סינון של מי ים
    1. כדי להתחיל סינון מי ים, לפתוח את הבקבוק ולהכניס את פיפטה. הפעל את המשאבה ולקבוע את מהירות הזרימה 1. צפה על מנת להבטיח כי המים נשאב בכיוון הנכון.
    2. אפשר ~ 100 מ"ל מים לעבור דרך צינורות כולו.
    3. כבה את המשאבה ואת לצרף לסנן Sterivex ל מתאים luer זכר בסוף חופשית של הצינור.
    4. המשך עד אין סינון מים נשאר הבקבוקים.
  3. אחסון של מסננים
    1. כדי לאחסן את המסננים, תחילה לגרש כל המים שנותרו עם מזרק 3-60 מ"ל.
    2. חותם את החלק התחתון של המסנן Sterivex עם Parafilm. בעזרת פיפטה, מוסיפים למאגר תמוגה 1.8ml לסינון, שמירה ~ 200 ul שטח במסנן עבור תוספת מאוחרת של חומרים כימיים.
    3. לאחר מכן, חותם את החלק העליון של המסנן Sterivex עם חתיכה קטנה של Parafilm, ואת התווית מסננים עם התאריך וזיהוי המדגם.
    4. חנות מסננים מראש שכותרתו צינורות 50 מ"ל בז ב -80 ° C
  4. ניקוי
    1. הכנס את פיפטה 25 מ"ל לתוך הבקבוק המכיל 0.1% HCl, ולעבור על המשאבה.
    2. לאחר לשטוף את HCl, לשטוף בצינור מים autoclaved.

      לבסוף, למדוד ולתעד המוני של בקבוקי 1 ליטר ריק עכשיו, כדי לחשב את נפח המים עברו דרך המסנן.

נציג תוצאות: לכל 1 ליטר מים מדגם התשואות one Sterivix מסנן, אשר מכיל ביומסה גדולה 0.22 מיקרומטר. זה מאוחסן חיץ תמוגה להפקת DNA ניתוח עתידיים. התוצאה הסופית כוללת מסנן Sterivix אחד לכל בקבוק 1 ליטר מאוחסנים חיץ תמוגה ומוכן להפקת DNA. המסנן מכיל ביומסה גדולה 0.22 מיקרומטר. מסננים ניתן לאחסן -80 ° C לפני מיצוי עדנה.

Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.

Discussion

זה הכרחי כדי לנגב את ספסלי משאבות במגבת לחה לאחר השימוש כדי להסיר כל עקבות המתמשכת של מי מלח שאחרת לשיתוק ציוד. למרות ההליך הוא פשוט, הדרישה זמן יכול להיות נרחב תלוי בריכוז של ביומסה או פסולת במדגם להיות מסונן.

Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.

Acknowledgments

ברצוננו להודות לקרן קנדית עבור חדשנות, פיתוח קולומביה הבריטית קרן ידע מדעי הלאומי וההנדסה מועצת המחקר (NSERC) של קנדה לתמיכה מחקרים מתמשכים על אזורים חמצן נמוכה של מים חופי האוקיינוס ​​הפתוח. דאו נתמכה על ידי מלגות של NSERC, Killam ויסוד טולה מרכז מימנה עבור גיוון התפתחות חיידקים.

Materials

Name Company Catalog Number Comments
Peristaltic pump Masterflex (Cole Palmer) 77913-20, 77200-62, 77200-04
Tygon LFL tubing Masterflex (Cole Palmer) 06429-24 For filtration apparatus
Hose clamps Cole-Parmer 0683204 For filtration apparatus
1/4” x 3/16” pipe adaptors Cole-Parmer 31702-20 For filtration apparatus
Polypropylene prefilter housing ADVANTEC 501200 For filtration apparatus
Metal luer fitting (Hose end to Male luer lock) Cole-Parmer 31507-27 For filtration apparatus
2“ Magnets For filtration apparatus
3 port carboy caps For filtration apparatus
GV 0.22 μm STERIVIX filters EMD Millipore SVGV01R5
47 mm diameter 2.7 μm GF/D filters Whatman, GE Healthcare 1823047
Lysis buffer 0.75 M sucrose, 40 mM EDTA, 50 mM Tris (pH 8.3)
0.1 % HCl For post-filtration rinse
Autoclaved water For post-filtration rinse

DOWNLOAD MATERIALS LIST

Comments

2 Comments

  1. I'm interested about the video but unfortunately our school dŒs not have subscription for the JoVE. Is there any other way I can access the video?

    Reply
    Posted by: Anonymous
    July 11, 2011 - 10:23 PM
  2. Dear Stephen, Please contact me at ward.parry@jove.com so that I can discuss your request with you. Best wishes,
    Ward Parry

    Reply
    Posted by: Anonymous
    July 12, 2011 - 4:46 PM

Post a Question / Comment / Request

You must be signed in to post a comment. Please or create an account.

Usage Statistics