Liten mängd (1-3L) Filtrering av Coastal Havsvatten Prover

Biology

Your institution must subscribe to JoVE's Biology section to access this content.

Fill out the form below to receive a free trial or learn more about access:

Welcome!

Enter your email below to get your free 10 minute trial to JoVE!





We use/store this info to ensure you have proper access and that your account is secure. We may use this info to send you notifications about your account, your institutional access, and/or other related products. To learn more about our GDPR policies click here.

If you want more info regarding data storage, please contact gdpr@jove.com.

 

Summary

Denna video dokument liten mängd (~ 1 l) filtrering av mikrobiella biomassan från vattnet.

Cite this Article

Copy Citation | Download Citations

Walsh, D. A., Zaikova, E., Hallam, S. J. Small Volume (1-3L) Filtration of Coastal Seawater Samples. J. Vis. Exp. (28), e1163, doi:10.3791/1163 (2009).

Please note that all translations are automatically generated.

Click here for the english version. For other languages click here.

Abstract

Arbetsflödet börjar med insamling av kustnära marina vatten för nedströms mikrobiella, närings-och spårgas analyser. För dagens s demonstration togs från däcket på HMS John Strickland verksamma i Saanich Inlet. Denna video dokument liten mängd (~ 1 l) filtrering av mikrobiella biomassan från vattnet. Protokollet är en förlängning av den stora volymen provtagningsprotokoll beskrivits tidigare, med en viktig skillnad: här finns det ingen förfiltrering steg, så alla storleksklasser av biomassa samlas ner till 0,22 ìm filter cut-off. Prover som tagits på detta sätt är idealiska för nukleinsyra analys. Upplägget, filtrering, och sanering steg varje tar cirka 20-30 minuter. Om du använder två peristaltiska pumpar samtidigt, upp till 8 prover kan filtreras på samma gång. För att förhindra att biofilm bildas mellan provtagning resor måste all utrustning för filtrering sköljas med utspädd HCl och avjoniserat vatten och autoklaveras direkt efter användning.

Protocol

  1. Sätt upp av filtreringsapparaten
    1. Före filtrering, först torka bort kondens från den fulla flaskor och väga dem
    2. Placera en autoklav bin på ena sidan av pumpen, och avfallet kolven på den andra.
    3. Placera därefter en full prov flaska i autoklaven bin, men inte tar bort locket på flaskan ännu.
    4. Passera slangen genom peristaltiska pumpen så att luer-änden av slangen i kolven.
    5. Använda pincett, ta bort bomull från en steril 25 ml-pipett och sätt pipetten i andra änden av slangen.
  2. Filtrering av havsvatten
    1. Till att börja filtrera havsvatten, öppnar flaskan och sätt pipetten. Slå på pumpen och ställ in flödet hastigheten till 1. Se till att vatten pumpas i rätt riktning.
    2. Låt ~ 100 ml vatten att passera genom hela slangen.
    3. Stäng av pumpen och bifoga en Sterivex filter för att den manliga luer-anslutningen på den fria änden av slangen.
    4. Fortsätt filtreringen tills inget vatten finns kvar i flaskorna.
  3. Lagring av filter
    1. För att lagra filter, först utesluta eventuellt kvarvarande vatten med en 30-60 ml spruta.
    2. Täta botten av Sterivex filtret med Parafilm. Med hjälp av en pipett, tillsätt 1.8ml lyseringsbuffert till filtret, hålla ~ 200 ul av utrymme i filtret för senare tillsats av reagenser.
    3. Sedan försegla toppen av Sterivex filtret med en liten bit Parafilm och etikett filtren med datum och prov identifiering.
    4. Förvara filtren i före-märkta 50 ml Falcon rör vid -80 ° C
  4. Städa upp
    1. Sätt in 25 ml pipett till en kolv som innehåller 0,1% HCl, och slå på pumpen.
    2. Efter HCl tvätta, skölja slangen med autoklaveras vatten.

      Slutligen, mäta och registrera massan av den nu tomma 1L flaskor för att beräkna den volym vatten passerat genom filtret.

Representativa resultat: st 1 L vattenprov ger en Sterivix filter, som innehåller biomassa är större än 0,22 ìm. Denna lagras i lyseringsbuffert för senare DNA-extraktion och analys. Slutresultatet består av ett Sterivix filter per 1-liters flaska förvaras i lyseringsbuffert och redo för DNA-extraktion. Filtret innehåller biomassa är större än 0,22 ìm. Filter kan förvaras vid -80 ° C före EDNA utvinning.

Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.

Discussion

Det är viktigt att torka av bänkar och pumpar med en fuktig handduk efter användning för att ta bort eventuella kvardröjande spår av salt vatten som annars skulle korrodera utrustning. Även om förfarandet är enkelt, kan den tid som kravet omfattande beroende på koncentrationen av biomassa eller skräp i provet filtreras.

Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.

Acknowledgments

Vi vill tacka det kanadensiska institutet för innovation, British Columbia Kunskap utvecklingsfonden och Statens Sciences and Engineering Research Council (NSERC) i Kanada för att stödja pågående studier på låg syre regioner i kustnära och öppna hav vatten. DAW stöddes av stipendier från NSERC, Killam och Tula stiftelsen finansierade Centrum för Mikrobiell diversitet och evolution.

Materials

Name Company Catalog Number Comments
Peristaltic pump Masterflex (Cole Palmer) 77913-20, 77200-62, 77200-04
Tygon LFL tubing Masterflex (Cole Palmer) 06429-24 For filtration apparatus
Hose clamps Cole-Parmer 0683204 For filtration apparatus
1/4” x 3/16” pipe adaptors Cole-Parmer 31702-20 For filtration apparatus
Polypropylene prefilter housing ADVANTEC 501200 For filtration apparatus
Metal luer fitting (Hose end to Male luer lock) Cole-Parmer 31507-27 For filtration apparatus
2“ Magnets For filtration apparatus
3 port carboy caps For filtration apparatus
GV 0.22 μm STERIVIX filters EMD Millipore SVGV01R5
47 mm diameter 2.7 μm GF/D filters Whatman, GE Healthcare 1823047
Lysis buffer 0.75 M sucrose, 40 mM EDTA, 50 mM Tris (pH 8.3)
0.1 % HCl For post-filtration rinse
Autoclaved water For post-filtration rinse

DOWNLOAD MATERIALS LIST

Comments

2 Comments

  1. I'm interested about the video but unfortunately our school dŒs not have subscription for the JoVE. Is there any other way I can access the video?

    Reply
    Posted by: Anonymous
    July 11, 2011 - 10:23 PM
  2. Dear Stephen, Please contact me at ward.parry@jove.com so that I can discuss your request with you. Best wishes,
    Ward Parry

    Reply
    Posted by: Anonymous
    July 12, 2011 - 4:46 PM

Post a Question / Comment / Request

You must be signed in to post a comment. Please or create an account.

Usage Statistics