Wyznaczanie struktur molekularnych glikoprotein otoczki HIV z wykorzystaniem krioelektronowej tomografii i zautomatyzowanego uśredniania subtomogramów

44.5K wyświetleń

Cytowany 16 razy

07:29 min

1 grudnia 2011

10.3791/2770-v

1 grudnia 2011

44.5K wyświetleń

¹Laboratory of Cell Biology, Center for Cancer Research, National Cancer Institute, National Institutes of Health, ²The Medical Research Council Mitochondrial Biology Unit, University of Cambridge , ³National Library of Medicine, National Institutes of Health, ⁴Massachusetts Institute of Technology, ⁵William Fremd High School, ⁶University of Virginia , ⁷Duke University , ⁸Yale University, ⁹University of Notre Dame , ¹⁰Washington University in St. Louis , ¹¹Bioinformatics and Computational Biosciences Branch, National Institute of Allergy and Infectious Diseases, National Institutes of Health, ¹²Thomas Jefferson High School for Science and Technology

Protokół opisuje wysokoprzepustowe podejście do wyznaczania struktur białek błonowych z wykorzystaniem krio-tomografii elektronowej oraz trójwymiarowego przetwarzania obrazów. Obejmuje on szczegóły przygotowania preparatów, gromadzenia danych, ich przetwarzania i interpretacji, a kończy się opracowaniem reprezentatywnego celu dla tej metody, jakim jest glikoproteina otoczki HIV-1. Procedury obliczeniowe zostały zaprojektowane w sposób umożliwiający badaczom i studentom pracę zdalną oraz wkład w przetwarzanie danych i analizę strukturalną.