Questo volume video di documenti di piccole dimensioni (~ 1 L) filtrazione di biomassa microbica dalla colonna d'acqua.
Abstract
Il flusso di lavoro inizia con la raccolta delle acque marine costiere per la comunità microbica a valle, le analisi dei nutrienti e dei gas traccia. Per i campioni manifestazione di oggi s sono stati raccolti dal ponte della HMS operativo John Strickland a Inlet Saanich. Questo volume video di documenti di piccole dimensioni (~ 1 L) filtrazione di biomassa microbica dalla colonna d'acqua. Il protocollo è un'estensione del protocollo di campionamento grandi volumi descritto in precedenza, con una fondamentale differenza: qui non c'è pre-filtrazione passo, per cui tutte le classi dimensionali delle biomasse sono raccolti fino al 0,22 micron di taglio del filtro. I campioni raccolti in questo modo sono l'ideale per l'analisi degli acidi nucleici. Il set-up, la filtrazione e la pulizia passi ogni impiegano circa 20-30 minuti. Se si utilizzano due pompe peristaltiche contemporaneamente, fino a 8 campioni possono essere filtrati allo stesso tempo. Per prevenire la formazione di biofilm tra i viaggi di campionamento, tutte le apparecchiature di filtrazione devono essere lavate con acido cloridrico diluito e acqua deionizzata e sterilizzati in autoclave immediatamente dopo l'uso.
Protocol
Messa a punto di apparecchiature di filtrazione Prima di filtrare, in primo luogo asciugherà eventuale condensa dal bottiglie piene e pesarli Inserire un bin autoclave su un lato della pompa, e il pallone dei rifiuti dall'altro. Poi posto una bottiglia piena campione nel cestino autoclave, tuttavia, non rimuovere il tappo della bottiglia ancora. Passare attraverso il tubo della pompa peristaltica modo che l'estremità luer del tubo è nel pallone. Utilizzando un…
Discussion
E 'indispensabile per pulire panche e pompe con un panno umido dopo l'uso per rimuovere ogni traccia persistente di acqua salata che altrimenti corrodere attrezzature. Anche se la procedura è semplice, il requisito di tempo può essere esteso a seconda della concentrazione di biomassa o detriti nel campione essere filtrato.
Disclosures
The authors have nothing to disclose.
Acknowledgements
Vorremmo ringraziare la Fondazione canadese per l'innovazione, la British Columbia Fondo di conoscenza per lo sviluppo e la Nazionale di Scienze e Ingegneria Research Council (NSERC) del Canada per sostenere gli studi in corso sulle regioni di scarsità di ossigeno delle acque costiere oceaniche e aperto. DAW è stata sostenuta da borse di studio da NSERC, Killam e la fondazione TULA Centro finanziato per la diversità microbica e Evolution.
Walsh, D. A., Zaikova, E., Hallam, S. J. Small Volume (1-3L) Filtration of Coastal Seawater Samples. J. Vis. Exp. (28), e1163, doi:10.3791/1163 (2009).