نظهر نهجنا لإيجاد العناصر المحتملة محسن من الجينات تنظم تنمويا وتقييمها من خلال وظيفتها transgenesis الزرد الفسيفساء.
Abstract
وقد سلط الضوء على الانتهاء من تسلسل الجينوم البشري ، مع أن الكثير من الأنواع الأخرى ، والتحدي المتمثل في وظيفة محددة يرجع إلى عدم تسلسل الترميز. وظيفة واحدة بارزة نفذتها الكسر غير الترميز من الجينوم هو تنظيم النسخ الجيني ، ولكن لا توجد وسائل فعالة للتنبؤ على نطاق واسع مقرون التنظيم عناصر من تسلسل الحمض النووي الرئيسي. قمنا بتطوير بروتوكول لتقييم كفاءة من الناحية الوظيفية المحتملة مقرون عناصر التنظيم من خلال transgenesis الزرد. نهجنا يقدم مزايا هامة على خلية ثقافة تقنيات استنادا للجينات هامة تنمويا ، نظرا لأنه يقدم معلومات عن تنظيم الجينات المكانية والزمانية. على العكس ، هو أسرع وأقل تكلفة من التجارب المماثلة في الفئران المعدلة وراثيا ، ونحن نطبق بشكل روتيني لمتواليات معزولة عن الجينوم البشري. هنا نظهر نهجنا في اختيار عناصر لاختبار القائمة على الحفاظ على تسلسل وبروتوكول لدينا تسلسل الاستنساخ وmicroinjecting لهم في الأجنة الزرد.
Protocol
1. اختيار واستنساخ تسلسل حفظها للاختبار يجب على المرء أولا تحديد متواليات التنظيمية المحتملة لاختبار وظيفية. نحن نعتمد على الحفاظ على التسلسل التطوري كمعيار لتحديد متواليات ، وغالبا ما تستخدم PhastCons الخوارزمية ، الذي …
Discussion
وقد برهنا على النهج المستخدمة في المختبر لدينا لتحليل كفاءة القدرة على احتمال استخدام transgenesis الزرد. في معظم الأحيان ، ونحن نستخدم هذا النهج للبحث عن الأنسجة الخاصة والقدرة على الجينات البشرية المرتبطة. على الرغم من عدم وجود تسلسل واضح تناظر معظم الوقت بين الإنسان وا…
Acknowledgements
نشكر السيدة باولا لتربية الأسماك روي ممتازة ، وEkker ستيف لهدية كريمة من البلازميد pDB600. وتم تمويل هذه الدراسات من جانب منحة لسادس من NHGRI.