DNA 안정 – 동위 원소 탐색 특정 기판을 활용 능력이 미생물의 활성 커뮤니티를 식별하고 특징을 재배 독립 방법입니다. 무거운 동위 원소의 농축 기판의 동화는 미생물 바이오 매스로 분류 원자의 결합에 이르게한다. 밀도 기울기 ultracentrifugation은 하류 분자 분석을위한 DNA 라벨을 검색합니다.
DNA 안정 – 동위 원소 (DNA – SIP) 프로빙 세포 바이오 매스로 특정 탄소 기판과 영양소 동화 활성 미생물을 식별을위한 강력한 기법입니다. 따라서,이 재배 독립적인 기술은 지상파 및 수생 환경에서 광범위한 거주 다양한 커뮤니티에 신진 대사 기능을 할당을위한 중요한 방법론을했습니다. 안정 동위 원소 – 라벨 화합물과 환경 샘플의 부화에 따라 추출 핵산은 다양한 밀도의 핵산을 분리하는 밀도 기울기 ultracentrifugation 이후 기울기 분별 (분리)를 받게됩니다. 세슘 염화에서 DNA의 정화는 이후 분자 특성 (예 : 지문, microarrays, 클론 라이브러리, metagenomics)의 DNA를 표시하고 unlabelled 검색합니다. 이 조브 비디오 프로토콜은 밀도 기울기 ultracentrifugation, 그라데이션 분류 및 라벨 DNA의 복구를위한 프로토콜의 시각을 단계별로 설명을 제공합니다. 프로토콜은 샘플 SIP 데이터와 하이라이트 중요한 팁을 포함하고 성공 DNA – SIP 분석을 보장하기 위해 고려되어야한다는주의.
안정 동위 원소 탐색 – 실험의 적절한 설계 배경 unlabelled 사회 위의 레이블 DNA를 얻기 위해 매우 중요합니다. 부화 시간, 기판 농도, 배양 조건 (예 : 영양분, 토양 수분 함량), 교차 수유와 복제를 샘플에 관련된 고려 사항은 다른 10,18 논의와 우리는 SIP 부화를 디자인할 때 독자가이 간행물을 참조하는 것이 좋습니다되었습니다. 현재 프로토콜에 관련된, 그것은 SIP 그라디언트에서 데이터의…
The authors have nothing to disclose.
이 작품은 전략적 프로젝트와 자연 과학 및 캐나다 공학 연구 협의회 (NSERC)에서 JDN로 디스커버리 기금에 의해 지원되었다.
Material Name | Type | Company | Catalogue Number | Comment |
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Bromophenol Blue | Reagent | Fisher Scientific | BP115-25 | |
Cesium chloride | Reagent | Fisher Scientific | BP210-500 | |
Ethanol, reagent grade | Reagent | Sigma-Aldrich | 652261 | |
Ethidium bromide | Reagent | Sigma-Aldrich | E1510 | |
Hydrochloric acid | Reagent | Fisher Scientific | 351285212 | |
Linear polyacrylamide | Reagent | Applichem | A6587 | |
Polyethylene Glycol 6000 | Reagent | VWR | CAPX1286L-4 | |
Potassium Chloride | Reagent | Fisher Scientific | AC42409-0010 | |
Sodium Chloride | Reagent | Fisher Scientific | S2711 | |
Sodium Hydroxide pellets | Reagent | Fisher Scientific | S3181 | |
Tris base | Reagent | Fisher Scientific | BP1521 | |
Dark Reader | Equipment | Clare Chemical | DR46B | |
Microcentrifuge | Equipment | Eppendorf | 5424 000.410 | |
Nanodrop 2000 | Equipment | Fisher Scientific | 361013650 | |
Infusion pump | Equipment | Braintree Scientific | N/A | Model Number: BSP See www.braintreesci.com for ordering details. |
Tube sealer | Equipment | Beckman-Coulter | 358312 | |
Ultracentrifuge | Equipment | Beckman-Coulter | ||
Ultracentrifuge rotor | Equipment | Beckman-Coulter | 362754 | |
Ultraviolet light source | Equipment | UVP Inc. | 95-0017-09 | Any UV source will suffice |
Ultraviolet light face shield | Equipment | Fisher Scientific | 114051C | |
Butyl rubber stoppers, gray | Material | Sigma-Aldrich | 27232 | |
Centrifuge tubes | Material | Beckman-Coulter | 342412 | |
Hypodermic needle, 23 gauge, 2” length | Material | BD | 305145 | |
Microfuge tubes, 1.5 mL | Material | DiaMed | AD151-N500 | |
Open center seals, 20 mm diameter | Material | Sigma-Aldrich | 27230-U | |
Pasteur pipettes, glass | Material | Fisher Scientific | 13-678-6C | |
Pipet tips | Material | DiaMed | BPS340-1000 | Catalogue number is for 200 μl tips. 10 or 20 μl tips may be purchased from the same source |
Pump tubing 1.5 mm bore x 1.5 mm wall | Material | Appleton Woods | ||
Screw-cap tubes, 15 mL | Material | DiaMed | AD15MLP-S | |
Serum vials, 125 mL volume | Material | Sigma-Aldrich | Z114014 | |
Syringe, 60 mL | Material | BD | 309653 |