Um eficiente do genoma método única mutação genética foi estabelecida utilizando<em> Streptococcus sanguinis</em> Como um organismo modelo. Este método tem alcançado via PCRs recombinantes de alto rendimento e transformações.
Transposon mutagênese e único gene exclusão são dois métodos aplicados no genoma nocaute de genes em 1,2 bactérias. Embora mutagénese transposon é menos demorado, menos dispendiosa, e não requer informação sobre o genoma completo, existem dois pontos fracos neste método: (1) a possibilidade de um mutantes diferentes na biblioteca misto mutante que contra-selecciona mutantes com competição reduzida; e (2) a possibilidade de inactivação parcial do gene por meio de que os genes não perder completamente a sua função após a inserção de um transposão. Single-gene análise de deleção pode compensar os inconvenientes associados com a mutagénese transposon. Para melhorar a eficiência do genoma deleção do gene único, tentamos estabelecer uma técnica de alto rendimento para o genoma de deleção do gene único usando Streptococcus sanguinis como um organismo modelo. Cada deleção do gene construir em S. sanguinis genoma foi concebido para incluir uma-Kb a montante do gene alvo, o gene APHA-3, a proteína que codifica a resistência à canamicina, e 1-kb a jusante do gene alvo. Três conjuntos de primers F1/R1, F2/R2 e F3/R3, respectivamente, foram concebidos e sintetizados de um formato de placa de 96 poços para amplificações por PCR destes três componentes de cada apagamento construir. Primers R1 e F3 conter 25-bp sequências que são complementares a regiões do gene APHA-3 no fim do seu 5 '. Uma larga escala de amplificação por PCR do gene-3 APHA é executada uma vez para criar todas as construções de deleção de um único gene. O promotor do gene APHA-3 é inicialmente excluídos para minimizar o potencial efeito polar da cassete de canamicina. Para criar as construções de deleção de genes, de alto rendimento e de amplificação por PCR de purificação são realizados num formato de placa de 96 poços. Um fragmento amplificado de PCR recombinante linear para cada deleção do gene será composto por quatro reacções de PCR utilizando polimerase de alta fidelidade de ADN. O expon inicialfase de crescimento cial de S. sanguinis cultivados em caldo Todd Hewitt suplementado com soro de cavalo a 2,5% inactivado é utilizada para aumentar a capacidade para a transformação de PCR-recombinantes construtos. Sob esta condição, até 20% de S. As células podem ser transformadas sanguinis usando ~ 50 ng de DNA. Com base nesta abordagem, 2.048 mutantes com um único gene de exclusão foram finalmente obtidos a partir dos genes de S. 2270 sanguinis excluindo quatro ORFs de genes contido inteiramente dentro ORFs outros S. sanguinis SK36 e 218 potenciais genes essenciais. A técnica na criação de construções de deleção do gene é de alto rendimento e poderia ser fácil de usar em eliminações do genoma de um único gene para todas as bactérias transformáveis.
Para minimizar os possíveis efeitos polares da substituição de um gene-alvo com antibióticos gene exógeno em genes vizinhos, duas medidas são tomadas enquanto cartilha inicial de projeto. Para a maioria dos genes deletados, o R1 e F3 primers são concebidos para eliminar a região codificadora de 6 pb a seguir ao codão de iniciação para 30 pb antes do codão de paragem. Os últimos 30 pares de base são mantidas para proteger local potencial de ligação ribossomal usado por um gene adjacente a jusante. A regi?…
The authors have nothing to disclose.
Este trabalho foi financiado por doações R01DE018138 dos Institutos Nacionais de Saúde (PX) e, em parte, pela Virginia Commonwealth University Programa de Incentivo à Pesquisa Presidencial (PRIP) 144602-3 (PX). Agradecemos os drs. Lei Chen, Yuetan Dou e Xiaojing Wang para ajudar com a construção de mutantes do genoma de largura. Agradecemos também o Core Facility DNA da Virginia Commonwealth University de sequenciamento de DNA.
Names | Company | Catalog# | Comments (optional) |
Primer F2 | Integrated DNA Technologies | TGACTAACTAGGAGGAATAAATG GCTAAAATGAGAATAT |
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Primer R2 | ibid | CATTATTCCCTCCAGGTACTAAAA CAATTCATCCAGT |
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Primer F2p | ibid | GATAAACCCAGCGAACCATTTGA | |
Primer P1 | ibid | GCTTATATACCTTAGCAGGAGACA | |
Primer P2 | ibid | GTATGACATTGCCTTCTGCGTCC | |
Primer 5′ end_R1_seq | ibid | GCCATTTATTCCTCCTAGTTAGTCA | |
Primer 5′ end_F3_seq | ibid | GTTTTAGTACCTGGAGGGAATAATG | |
Primer 5′ end_R1p_seq | ibid | CCTCAAATGGTTCGCTGGGTTTATC | |
CSP | Synprep | Sequence:NH2-DLRGVPNPWGWIFGR-COOH | |
DNA Polymerase | Invitrogen | 11304-102 | Platinum Taq DNA Polymerase High Fidelity |
EcoRI | New England Biolabs Inc | R0101S | Restriction enzyme |
Agar | American Bioanalytical | AB01185 | |
Agarose | Promega | V3125 | |
BHI | BD Biosciences | 237500 | Brain Heart Infusion |
Horse serum | Fisher Scientific | SH3007403 | Horse serum |
Km | Fisher Scientific | BP906-5 | Kanamycin |
TH broth | BD Biosciences | 249240 | Todd Hewitt broth |
PureLink 96 | Invitrogen | K310096 | PureLink 96 PCR purification kit |
QIAquick | Qiagen | 28106 | QIAquick PCR purification kit |
Filter | Corning | 431117 | 0.22 μm polystyrene filter |
Anoxomat System | Mart Microbiology b.v. | Anoxomat Mark II | |
Benchtop centrifuge | Thermo Scientific | 75004377 | Sorvall Legend RT Plus microplate rotor |
Gel Documentation | UVP LLC | BioDoc-It 210 | |
Incubator | Fisher Scientific | 11-690-625D | Isotemp |
Labnet’s Gel XL | Labnet | E0160 | Labnet’s Gel XL |
Microcentrifuge | Eppendorf | 22621408 | Microcentrifuge 5415 R |
Multichannel pipettes | Thermo Scientfic | 4661040, 4661020 | Finnpipette F1 |
Thermal Cycler | Applied Biosystems Inc. | N805-0200 | GeneAmp PCR system 9700 |