ERRATUM NOTICE
Important: There has been an erratum issued for this article. Read more …
Summary
Microdissectie is uitgebreid toegepast voor de behandeling van DNA, RNA en eiwitten in weefsel. Laser capture microscopie (LCM) is de meest gebruikte methode, maar een nieuwe frees-techniek, mesodissection, is sinds kort beschikbaar. We tonen RNA extractie uit mesodissected formaline gefixeerd paraffine-ingebed weefsel slides van Mycobacterium tuberculosis granulomen.
Abstract
Microdissectie is gebruikt voor de behandeling van weefsels aan DNA, RNA en eiwit meer dan tien jaar. Laser capture microscopie (LCM) is de meest voorkomende microdissection techniek die tegenwoordig worden gebruikt. In deze techniek wordt een laser gebruikt om een thermoplastisch membraan dat een gedehydrateerde weefselsectie 1 ligt over focaal smelten. De weefselsectie composiet wordt vervolgens opgetild en gescheiden van het membraan. Hoewel deze techniek met succes kan worden gebruikt voor weefselonderzoek, is tijdrovend en duur. Bovendien is de succesvolle voltooiing van de procedures die deze techniek vereist het gebruik van een laser, waardoor het gebruik ervan beperkt. Een nieuwe, meer betaalbare en praktische microdissection aanpak genoemd mesodissection is een mogelijke oplossing voor de valkuilen van LCM. Deze techniek maakt gebruik van de MESO-1/MeSectr systeem om de molen van de gewenste weefsel van een dia gemonteerd weefselmonster terwijl tegelijkertijd de verstrekking en het opzuigen van vloeistof naar de gewenste weefsel monster in herstelleneen verbruiksartikel molen beetje. Voordat de dissectie proces begint, de gebruiker lijnt de formaline gefixeerde in paraffine ingebedde (FFPE) schuiven met een hematoxyline en eosine gekleurde (H & E) verwijzing glijbaan. Daarna, de exploitant annoteert de gewenste dissectie gebied en overgaat tot het passende segment ontleden. Het programma genereert een gearchiveerd beeld van de dissectie. Het belangrijkste voordeel van mesodissection is de korte duur die nodig is om een dia te ontleden, met een gemiddelde van tien minuten van het opzetten op generatie proeven in dit experiment. Bovendien is het systeem significant meer kosteneffectief en gebruiksvriendelijk. Een klein nadeel is dat het niet zo precies laser capture microscopie. In dit artikel laten we zien hoe mesodissection kunnen worden gebruikt om RNA te extraheren uit dia uit FFPE granulomen veroorzaakt door Mycobacterium tuberculosis (Mtb).
Introduction
Monsters zijn traditioneel handmatig gemicrodissecteerde van zowel hele weefsel of dia's met behulp van een naald en scalpel. Daartoe is een duidelijke scheiding tussen het gedeelte weefsel van belang en de omliggende weefsels in paragraaf 2. Met de huidige vooruitgang in de moleculaire profilering technologie, is er een toenemende behoefte om weefsel te beoordelen op cellulair niveau. Door de beperkingen van de handleiding microdissectie werden technieken, waaronder LCM vastgesteld grotere isolatie precisie mogelijk. Deze techniek kan de onderzoeker bepaalde celpopulaties uit verschillende cellen en schuif soorten, die vervolgens kunnen worden gebruikt voor stroomafwaartse testen zoals genexpressie profilering isoleren. Hoewel zeer effectief voor stroomafwaartse testen, LCM is niet zonder beperkingen. Eerst LCM is een duur en tijdrovend proces. Bovendien, vanwege de instabiele aard van RNA, is het vaak uitdagend om hoge kwaliteit te verkrijgen van RNA LCM monsters 2. Door het disadvantages van LCM, zijn nieuwe ontwikkelingen in microdissection technologie nog steeds nodig om het meer toegankelijk voor een groter aantal onderzoekers in een betaalbare en tijd gevoelige manier te maken.
Een van deze vooruitgang in microdissection technologie nu beschikbaar is een techniek die bekend staat als mesodissection. Bij deze techniek wordt een machine wordt gebruikt om de molen van de geannoteerde weefsel sectie van belang en zuigt het in een voor consumptie molen bit 3. Vervolgens kan dit monster worden opgezogen in een verzameling buis en gebruikt voor verdere toepassingen. De voordelen van dit systeem is dat het aanzienlijk goedkoper en tijdgevoelig. In onze ervaring, het systeem maakt het mogelijk de dissectie van een long granuloom weefsel sectie in tien minuten. Aan de andere kant, zou de traditionele LCM waarschijnlijk uren nodig om het proces te voltooien. Het systeem kan de bestuurder een verwijzing dia laden om te gebruiken als een vergelijking als hulpmiddel voor annotatie. Bovendien is een rapport gegenereerd waarin the gebied van de dia die werd ontleed. Er zijn twee belangrijke nadelen aan mesodissection. Hoewel effectief bij het extraheren meerdere cellen, is het moeilijk om een cel te isoleren. Bovendien is de nauwkeurigheid van het beeld dat is gegenereerd is minder duidelijk bij gebruik van andere imaging microscopen.
Tuberculose (TB) is een belangrijke besmettelijke ziekte moordenaar van de mensheid over de hele wereld en de resultaten van infectie met Mtb. In een meerderheid van de mensen blootgesteld aan aërosolen van Mtb, wordt de infectie latent beperkt. In ten minste 10 miljoen mensen per jaar, het resulteert in actieve tuberculose ziekte 4. Tijdens de latente infectie, wordt Mtb vervat in pathologische longlaesies bekend als granulomen. Daarom is betoogd dat de uitkomst van Mtb infectie wordt besloten op het niveau van het granuloom 5.
Hier laten we zien hoe mesodissection kan worden om granulomen veroorzaakt door Mtb microdissect. De slides gebruiktzijn van FFPE longweefsel van geïnfecteerde rhesus makaken. Ten behoeve van deze demonstratie, zullen we granulomen ontleden in hun geheel. We tonen ook dat RNA van het teruggewonnen weefsel kan worden geëxtraheerd. Deze techniek kan worden toegepast op weefselmonsters van diverse andere monsters en vervolgens gebruikt voor verschillende stroomafwaartse testen.
Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.
Protocol
1. Kalibreren Mesodissection Instrument met 2id Imaging Software
De 2id imaging software zal worden aangeduid als de software of het programma voor de rest van dit artikel. Deze stap is nodig te kunnen volgen het beeld en sluiten meerdere diaraampjes.
- Schakel instrument en de computer.
- Open software en selecteer "kalibreren instrument".
- Kalibreren reizen stadium met behulp van de joystick. Verplaats etappe naar linksboven positie. Druk op "set" in stap 1 in het programma.
- Verplaats podium om juiste positie te verlagen. Druk op "set" bij stap 2 in het programma.
- Kalibreren aspiratie door "Z-knop" eerst op het hoofd assemblage verhogen. Druk op "aspireren pulse" knop en "dissectie" knop op de joystick totdat plunjer stuurstang toppositie bereikt. Druk op "set" in stap 3 van het programma.
- Druk op "aspireren reset &# 8221; knop. Zodra de zuiger stopt aan de onderzijde de druk op "set" in stap 4.
- Klik op het tabblad "schaal".
- Plaats kalibratie liniaal op blanco zijde.
- Focus microscoop indien nodig.
- Teken lijn tussen de twee schaalbalken behulp van de muis.
- Voer afstand in vakje met stap 2 Druk op "compute" knop..
- Klik op het tabblad "crosshair". Draai motorsnelheid tot 1.
- Steek xScisor in het hoofd assemblage. Lagere hoofd assemblage in z-as gereed positie door te drukken "z-as" knop. OPMERKING: Het hoofd assemblage is de grote structuur aan de top van de dissectie instrument. De xScisor zal worden aangeduid als een verbruiksartikel molen beetje voor de rest van dit artikel.
- Klik op "dissectie gaan" knop op de joystick. OPMERKING: Deze knop bevindt zich aan de bovenzijde van de joystick.
- Definieer draaipunt visueel. Om dit te doen, bewegen centrum van crosshair dan draaipunt gebruik definiërend parameter in stap 1 van het programma. Gebruik de pijlen omhoog en omlaag in de "x" en "y-as" bars om de pixels aan te passen aan crosshair te lijnen. Klik op de "done" tabblad.
- Klik op het pictogram "thuis". OPMERKING: Dit wordt weergegeven beeld Het huis ligt in de rechterbovenhoek een door.
2. Maak Referentiebeeld
- Plaats H & E dia op het podium. Plaats ondoorzichtig deksel op de top van dia. Rijd het instrument door de joystick naar het gewenste gebied van de H & E slide. Sla de afbeelding gegenereerd. OPMERKING: Ofwel de tab "capture reference" of tabblad "ontleden" kan worden gebruikt om deze stap te voltooien.
3. Lijn Tissue voor Dissection
- Klik op de "ontleden weefsel" optie op het beginscherm.
- Vul de "exploitant", "dissectie toetreding nummer," "referentie toetreding nummer," "xScisor barcodenummer," & #8220; dissectie vloeistof lotnummer, "" xScisor size "en" description "in het tabblad" setup ".
- Klik op de "vind weefsel" tabblad.
- Import referentiebeeld eerder opgeslagen.
- Plaats een ongekleurde FFPE dia van 5 micron dikte op het podium. Verplaats etappe naar hetzelfde gebied als waar afgeschilderd in het referentiebeeld. Klik op het tabblad "Afbeelding invoegen".
- Klik op het tabblad "align". Gebruik de muis en de bijbehorende pijlen op de foto om de verwijzing aan te passen aan de ongekleurde afbeelding.
4. Commenteren Slide
- Klik op het tabblad "annoteren".
- Gebruik de muis om een cirkel rond het gewenste gebied van de dia die wordt gemicrodissecteerde trekken.
5. Laad verbruiksartikelen Mill Bit
- Vul verbruiksartikelen molen beetje met de gewenste buffer, hier PKD buffer, door op en neer trekken van de zuiger in een vloeiende beweging meerdere malen. Zorg ervoor dat de lucht uit te sluitenbubbels.
- Raise Z-as door te drukken "Z-as button".
- Laad verbruiksartikelen molen beetje in de machine. Doe dit door in de bovenkant van de machine schuiven van de verbruiksgoederen molen beetje zodat de witte lijn op het instrument lijn staat met de zwarte lijn op de verbruiksartikelen molen bit. Druk op "aspiratie reset" knop om de plunjer te worden neergelaten in de juiste positie. OPMERKING: Het moet gemakkelijk zijn om de verbruiksartikelen molen beetje schuiven. Als het niet, zorg ervoor dat de inkepingen correct zijn uitgelijnd.
- Lagere Z-as door opnieuw op "Z-as" knop.
6. Ontleden weefsel (figuur 4)
- Open het tabblad "ontleden".
- Draai de motor en aspiratie snelheden tot 1.
- Selectievakje "toon volgen". Opmerking: Hierdoor kan de gebruiker de ontleed gebied visualiseren tijdens de dissectie proces.
- Eenmaal klaar om te ontleden, blijven vasthouden "nemen" knop evenals "aspireren & #8221; ingedrukt terwijl u de joystick tegen de klok in om weefsel te ontleden.
- Blijven ontleden tegen de klok in totdat de verzamelbak is "vol" tab rood.
7. Leeg en verwijder verbruiksartikelen Mill Bit
- Plaats een 0,5 pi microfugebuis onder de punt van de verbruiksgoederen molen bit.
- Druk op "aspiratie" stuurstang snel monster uit te werpen in microfugebuis.
- Druk met een verhoogde kracht te werpen gebruikte verbruiksgoederen molen bit.
- Spoel weefsel fragment door te trekken zuiger terug. Druk de zuiger uit naar resterende monster uiten in consumeerbare molen bit. Het weefsel fragment wordt nu opgenomen in de microcentrifugebuis.
8. Lyse Sample met Proteinase K Digestion gevolgd door een warmtebehandeling
- Voeg 70 ul TE pH 8,5 met 5 ug proteinase K te weefselmonster hersteld.
- Plaats monster in programmeerbare verwarming-shaker.
- Volledige ontsluiting met behulp van programmeerbare verwarming-schudder bij de volgende instelling: 60 ˚ C gedurende 30 minuten bij 1500 rpm; 82 ˚ C gedurende 15 minuten bij 1500 rpm; en 25 ˚ C gedurende 1 min bij 450 rpm. Het monster is nu klaar voor verdere toepassingen.
Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.
Representative Results
De hiervoor genoemde protocol laat zien hoe een nieuwe mesodissection techniek gebruiken om RNA te extraheren uit FFPE weefsel dia's. Doeltreffendheid Dit protocol is opgenomen door FFPE dia long granulomen van NHP geïnfecteerd met MTB in verschillende infectieuze stadia. Figuren 1-3 zijn beelden van het instrument. 4 toont hoe de dissectie proces plaatsvindt en het resulterende beeld dat is gegenereerd door de software. Tabel 1 toont de resultaten van RNA-extractie met een granuloom van een NHP aan elk infectieuze toestand. RNA werd geamplificeerd en gezuiverd om voor RT-PCR aanwijzingen 16s (tabellen 2-4). Tabel 4 bevestigt de aanwezigheid van Mtb ribosomale subeenheid 16s en dus Mtb in de gemicrodissecteerde monsters.
Figuur 1. Afbeelding van mesodissection instrument inclusief joystick. Klik hier om een grotere versie van deze afbeelding te bekijken.
Figuur 2. Beter zicht van mesodissection instrument. De "z-as" knop, "motor" snelheid en "aspiratie" speed knoppen worden weergegeven aan de linkerkant van de afbeelding. De "aspirator reset-knop" en de knop "on / off" worden getoond op de rechterkant van het beeld. De dia etappe ligt op de top van het instrument. Klik hier om een grotere versie van deze afbeelding te bekijken.
Figuur 3. Dichter bij weergave van de joystick. De joystick, "aspireren pols" en "fase snelheid" knoppen getoond. Klik hier om een grotere versie van deze afbeelding te bekijken.
Figuur 4. Verslag van hele granuloma mesodissected van NHP EB23. Dieren die in deze studie werden geïnfecteerd met CDC1551 MTb via aërosol. De referentie-afbeelding aan de linkerkant toont een H & E gekleurde granuloom op een actief besmette resusmakaak. Het gewenste gebied van belang worden ontleed wordt geschetst in het groen. Het beeld in het midden shows de bijbehorende ongekleurde FFPE dia van 5 micron dikte vóór versnijding. De gebieden werden uitgelijnd met behulp van de software en het correleren gebied van belang is geschetst in het groen. De afbeelding rechts toont hetzelfde ongekleurde FFPE dia na dissectie. Het gebied ontleed wordt weergegeven in blauw. Een 400 mm 2 verbruikbare molen bits gebruikt voor dissectie, die is ontworpen voor verplaatsing dissectie van middelgrote tot grote dissectie gebied. Grote dissectie gebied wordt beschreven als minder dan 100 mm 2. Groottes ontworpen voor soorten andere gebieden / dissectie zijn beschikbaar. Hoewel het rapport beschrijft de geannoteerde gebied als 0 mm 2, dit is onjuist. Als we verwijderen de gemicrodissecteerde dia uit de machine en fysiek kijken naar het gebied van belang zelf, kunnen we het overeenkomstige gebied zien op de dia die niet langer weefsel en daarom is ontleed. Opgemerkt moet worden dat de auteurs huren het instrument en het probleem is verholpen andere instrumegen. Klik hier om een grotere versie van deze afbeelding te bekijken.
| Primaat | Infectieuze State | RNA-concentratie in ng / gl | Totaal RNA ng | 260/280 | 260/230 |
| EB23 | Actief | 48.3 | 724,5 | 1.71 | 1,59 |
| HB12 | Latent | 61.4 | 921 | 1.7 | 1.86 |
| HP41 | Gereactiveerd via co-infectie met SIV | 22.3 | 334,5 | 1.9 | 2.18 |
Tabel 1. RNA concentraties plaatsen extractie. Het monster werd DNAsed en RNA-extractie werd uitgevoerd met behulp van de Qiagen RNAeasy FFPE kit. RNA contratie werd verkregen met behulp van een nanodrop. NHP infectieuze stadia zijn ook afgebeeld. RNA werd geëlueerd in 15 pi RNAse vrij water.
| Primaat | Infectieuze State | cDNA-concentratie in ng / gl | Totaal cDNA in ng | 260/280 | 260/230 |
| EB23 | Actief | 31.7 | 951 | 2.08 | 2.37 |
| HB12 | Latent | 156.5 | 4695 | 1.94 | 4.4 |
| HP41 | Gereactiveerd via co-infectie met SIV | 41.7 | 1251 | 2.19 | 3.44 |
Tabel 2. CDNA concentraties plaatsen amplificatie en zuivering. NHP infectieuze stadia zijn ook afgebeeld. RNA werd geamplificeerd met behulp van Ovation RNA-Seq FFPE System (Part no. 7150) en de daaruit voortvloeiende versterkte cDNA werd gezuiverd met behulp van de QIAGEN QIAquick PCR Purification Kit zoals voorgesteld door Nugen op pagina 26 van 's versterkingssysteem handleiding. cDNA werd geëlueerd in 30 pi TE-buffer.
| Goed | Verslaggever | Ct | Tm waarde |
| 16S 10-1 | Standaard | 12,35138 | 79.4 |
| 16S 10-2 | Standaard | 16.144611 | 79.4 |
| 16S 10-3 | Standaard | 17.911345 | 79.4 |
| 16S 10-4 | Standaard | 21.762596 | 79.4 |
| 16S 10-5 | Standaard | 25.746624 | 79.4 |
| 16S 10-6 | Standaard | 28.505266 | 79.1 |
| HB12 | Onbekend 25.771492 | 77.8 | |
| HP41 | Onbekend | 17.760149 | 78 |
| EB23 | Onbekend | 24.754618 | 78.2 |
| Negatieve controle | NTC | 33.544422 | 79.7 |
Tabel 3. RT-PCR resultaten met betrekking tot 16S ribosomale subeenheid. Geschikte amplificatie waargenomen en het blijkt de aanwezigheid van Mtb binnen monsters. Genomisch DNA van stam CDC1551 Mtb werd gebruikt als standaard.
Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.
Discussion
Mesodissection is een techniek die kan worden toegepast op RNA-extractie uit pathologische laesie dia veroorzaakt door een breed scala van pathogenen. Het is een noodzaak dat de gebruiker het beeld volgt en lijnt de afbeelding correct. Om dit te bereiken, moet het instrument worden gekalibreerd volgens de aanwijzingen op de imaging software. Bij het ontleden, als de glijbaan en interessegebied wordt ontleed niet op een lijn, de gebruiker moet het kalibreren. Een andere belangrijke stap in de dissectie proces is het verbruiksartikel molen bit laden zodanig dat het zonder bellen vóór dissectie (stap 5.1). Wij hebben gevonden dat de aanwezigheid van bellen vermindert de dissectie opbrengst. Om dit probleem te verhelpen, raden wij voortbewegen en het uiten van de zuiger meerdere keren. De gebruiker kan dit oefenen door het toevoegen van kleurstof om een praktijk buffer om bellen te visualiseren, zoals aanbevolen door de fabrikant. Eenmaal effectief, moet de gebruiker vervolgens verder met normale dissectie. De last kritieke stap is om het monster tegen de klok in te ontleden. De machine molens tegen de klok in; Daarom hebben we gevonden dat de joystick te bewegen in een cirkelvormige beweging tegen de klok manier verhoogt weefsel opbrengst als de voorste rand snijdt schoner dan de achterrand 6. Een andere manier om weefsel opbrengst te verbeteren is de snelheid van de dissectie proces verminderen. We hebben ontdekt dat het instellen van de aspiratie snelheid en motortoerental op de laagste snelheid, terwijl tegelijkertijd op het podium snelheid op "low" produceren de hoogste weefsel opbrengst. Er zijn twee belangrijke beperkingen aan deze microdissectie benadering. De eerste beperking is dat we punt dissectie zeer moeilijk vanwege de noodzaak de joystick rijden tegen kringen in de dissectie proces gevonden. De tweede beperking is dat de camera op het instrument genereert een beeld dat de cellulaire detail van een beeld gegenereerd uit een geavanceerde microscoop ontbreekt.
Mtb. Granuloma formatie is een kenmerk van tuberculose-infectie en de resultaten van de poging van de gastheer om de ziekteverwekker in een beperkte regio van long 5 bevatten. Omgekeerd is er voorgesteld dat Mtb geëvolueerd zijn persistentie in granulomateuze lesies 7 mogelijk. MTB onderworpen aan verschillende spanningen afhankelijk van het stadium van de infectie. Sommige van deze spanningen omvatten maar zijn niet beperkt tot redox stress, lage pH, membraan schade, hypoxie, gebrek aan voeding, enz 7-13. Doorheen deze verschillende fasen kan Mtb nog overleven in een latente vorm en zelfs opnieuw te activeren. Dit betekent dat verschillende genen opgereguleerd en downgereguleerd in verschillende infectieve stadia. Bijvoorbeeld, Mtb codeert voor meer dan 200 transcriptiefactoren 4. Bovendien is aangetoond dat de expressie evenwicht tussen verschillende chemokinen, such als α en β chemokinen, in het granuloom kunnen belangrijke tellers bescherming 8. Evaluatie van mycobacteriële transcriptomics in granulomateuze weefsel is waarschijnlijk ons begrip van de bij hun vorming mechanismen en onderhoud, alsmede die genen die zijn uitgedrukt in elke staat van de infectie te bevorderen. Dit zal ons toelaten om mycobacteriële transcriptomics evalueren in verschillende TB infectieuze stadia met inbegrip van actieve, latente en gereactiveerd ziekte, evenals verschillende regio's binnen de granuloom zelf. Naast het feit dat we mycobacteriële transcriptomics verder te beoordelen, de bovenstaande procedure maakt het ook voor de beoordeling van gastheer transcriptomics in dezelfde infectieuze toestanden. Verder heeft deze methode kan dan worden gebruikt voor de vergelijking, contrast en analyseren van de relatie tussen gastheer en bacteriën.
Hoewel een belangrijk instrument in TB onderzoek, kan de eerder genoemde protocol worden toegepast op andere ziekteverwekkers ook. Bovenstaandeprotocol gebruikt FFPE dia's uit geïnfecteerde longsteekproeven, maar kan ook worden toegepast op laesies van andere organen. We demonstreren hoe het systeem gebruiken om RNA te extraheren, maar het kan theoretisch worden gebruikt voor DNA-en eiwit-extractie even doeltreffend en tijd gevoelige manier. FFPE blokken zijn beschikbaar in de meeste laboratoria histologie afdelingen; derhalve de hier beschreven techniek heeft de mogelijkheid exponentieel de kennis uit deze nog ongebruikte monsters.
Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.
Disclosures
De auteurs beschrijven dat er geen concurrerende financiële belangen.
Acknowledgments
De auteurs willen graag de volgende NIH awards / subawards voor de ondersteuning van dit onderzoek luidt: R01HL106790, R01HL106790-S1, R01HL106786, R01AI089323, R21AI091457, R21RR026006, P20RR020159, C06RR017563, 8T32OD011124-08, en P51OD011104.
Materials
| Name | Company | Catalog Number | Comments |
| MeSectr | AvanSci Bio | Mesodissector | |
| 400 nm xScisors | AvanSci Bio | Other sizes available | |
| THOR | AvanSci Bio | Programmable Heater-Shaker | |
| NanoDrop2000 | ThermoScientific | ND-2000 | |
| RNeasy FFPE extraction kit | Qiagen | 73504 | |
| Ovation RNA-Seq FFPE System | Nugen | 7150 | |
| QIAquick PCR Purification Kit | Qiagen | 28104 |
References
- Fend, F., Raffeld, M.
- Esposito, G. Complementary techniques: laser capture microdissection--increasing specificity of gene expression profiling of cancer specimens. Adv Exp Med Biol. 593, 54-65 (2007).
- Adey, N., Bosh, D., Emery, D., Birch, L., Parry, R. Mesodissection of Paraffin Embedded Slide Mounted Tissue Sections. Journal of Molecular Diagnostics. 14 (6), (2012).
- Fleischmann, R. D., Alland, D., Eisen, J. A., Carpenter, L., White, O., Peterson, J., et al. Whole-genome comparison of Mycobacterium tuberculosis clinical and laboratory strains. J Bacteriol. 184 (19), 5479-5490 (2002).
- Russell, D. G., Barry 3rd, C. E., Flynn, J. L. Tuberculosis: what we don't know can, and does, hurt us. Science. 328 (5980), 852-856 (2010).
- Paige, C., Bishai, W. R. Penitentiary or penthouse condo: the tuberculous granuloma from the microbe's point of view. Cell Microbiol. 12 (3), 301-309 (2010).
- Mehra, S., Alvarez, X., Didier, P. J., Doyle, L. A., Blanchard, J. L., Lackner, A. A., et al. Granuloma correlates of protection against tuberculosis and mechanisms of immune modulation by Mycobacterium tuberculosis. J Infect Dis. 207 (7), 1115-1127 (2013).
- Kaushal, D., Schroeder, B. G., Tyagi, S., Yoshimatsu, T., Scott, C., Ko, C., et al. Reduced immunopathology and mortality despite tissue persistence in a Mycobacterium tuberculosis mutant lacking alternative sigma factor, SigH. Proc Natl Acad Sci U S A. (12), 8330-8335 (2002).
- Mehra, S., Kaushal, D. Functional genomics reveals extended roles of the Mycobacterium tuberculosis stress response factor sigmaH. J Bacteriol. 191 (12), 3965-3980 (2009).
- Rohde, K. H., Veiga, D. F., Caldwell, S., Balazsi, G., Russell, D. G. Linking the transcriptional profiles and the physiological states of Mycobacterium tuberculosis during an extended intracellular infection. PLoS Pathog. 8 (6), (2012).
- Fontan, P. A., Voskuil, M. I., Gomez, M., Tan, D., Pardini, M., Manganelli, R., et al. The Mycobacterium tuberculosis sigma factor sigmaB is required for full response to cell envelope stress and hypoxia in vitro, but it is dispensable for in vivo growth. J Bacteriol. 191 (18), 5628-5633 (2009).
- Rustad, T. R., Harrell, M. I., Liao, R., Sherman, D. R. The enduring hypoxic response of Mycobacterium tuberculosis. PLoS One. 3 (1), (2008).
Tags
Immunologie Microdissection mesodissection formaline gefixeerde in paraffine ingebedde,Erratum
Formal Correction: Erratum: A Novel Microdissection Approach to Recovering Mycobacterium tuberculosis Specific Transcripts from Formalin Fixed Paraffin Embedded Lung Granulomas
Posted by JoVE Editors on 07/01/2014.
Citeable Link.
The corresponding author was changed for the article, A Novel Microdissection Approach to Recovering Mycobacterium tuberculosis Specific Transcripts from Formalin Fixed Paraffin Embedded Lung Granulomas. The corresponding author was changed from:
Teresa A. Hudock
to:
Deepak Kaushal
