Summary

Effiziente Erzeugung von hiPSC Neural Lineage Spezifische Knockin Reporter Mit den CRISPR / Cas9 und Cas9 Doppel Nickase-System

Published: May 28, 2015
doi:

Summary

Genome editing tools such as the CRISPR (Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats)/Cas (CRISPR-associated) system have greatly improved gene targeting efficiency in human induced pluripotent stem cells (hiPSCs). This manuscript describes a protocol for generating lineage specific hiPSC reporter using CRISPR/Cas system assisted homologous recombination.

Abstract

Gene Targeting ist ein kritischer Ansatz zur Charakterisierung von Genfunktionen in der modernen biomedizinischen Forschung. Allerdings ist die Effizienz des Gen-Targeting in menschlichen Zellen ist gering, was die Herstellung von humanen Zelllinien mit einer gewünschten Geschwindigkeit verhindert. Die letzten zwei Jahre haben eine schnelle Progression auf die Verbesserung der Effizienz der genetischen Manipulation von Genom-Editing-Tools wie dem CRISPR (Clustered regelmäßig beabstandet Short Palindromic Repeats) / CAS (CRISPR-assoziierten) System erlebt. Diese Handschrift beschreibt ein Protokoll zur Erzeugung von linienspezifischen menschlichen induzierten pluripotenten Stammzellen (hiPSC) Reportern mit CRISPR / Cas-System unterstützt die homologe Rekombination. Verfahren für den Erhalt notwendigen Komponenten für die Herstellung von neuralen Abstammung Reporter Linien mit dem CRISPR / Cas-System, die sich auf Bau von Targeting-Vektoren und einzelne Führungs RNAs, werden beschrieben. Dieses Protokoll kann zu Plattform Einrichtung und Mutation Korrektur in hiPSCs verlängert werden.

Introduction

CRISPR (Clustered regelmäßig beabstandet Short Palindromic Repeats) / CAS (CRISPR-assoziierten) System, zusammen mit anderen Genom-Editing-Tools, hat das menschliche Genom Manipulation in den letzten Jahren 1-7 revolutioniert. Hauptkomponenten in der CRISPR / Cas9 System sind einzelne Führungs RNA (sgRNA) und Cas9. Cas9 ist ein RNA-geführten Typ-II-DNA-Endonuklease. Es hat zwei Nuklease Domänen HNH und RuvC, die neben einer protospacer benachbarten Motiv für die Herstellung von DNA-Doppelstrangbrüche (DSB) zu einem bestimmten genomischen Region verantwortlich sind (PAM) 7-10 .Ein sgRNA hat eine kombinierte Funktion derjenigen crRNA und tracrRNA, zwei adaptive in Bakterien (wie Streptococcus pyogenes) und Archaeen identifiziert Immunität RNA-Moleküle, gegen DNA Invasion von exogenen Quellen 9-11 kämpfen. Bei entsprechend gestalteten und auf Säugerzellen co-eingeführt erkennt der sgRNA die PAM-Sequenz, Basenpaare mit dem komplementären Strang der Ziel-DNA, und Führungen und transaktiviert Cas9 abzuspaltenan beiden DNA-Stränge unmittelbar stromauf von PAM 7. Anschließend homologen Rekombination (HDR, in Gegenwart eines Targeting-Vektors) oder nicht-homologen Endverbindung (NHEJ) auftreten wird, um die Doppelstrangbrüche zu reparieren. Transgene, wie beispielsweise cDNAs, Reporterkassetten oder Antibiotika-resistente Fragmente können integriert werden, und transgene oder knockin Linien.

Obwohl die CRISPR / Cas9 System ist sehr effizient und relativ spezifisch, unerwünschte Off-Target Aktivitäten wurden berichtet 12-15. Um Off-Target-Ereignisse zu minimieren, haben Cas9 nickases (Cas9n) auch ausgeführt worden, 9,10,14,16,17. Cas9n (Cas9 D10A oder Cas9 H840A) ist Cas9 Enzym mit Mutationen in einem der zwei Nuklease Domänen, die nur löst eine nick an einem DNA-Strang. Zur Spaltung an beiden Strängen zu erzielen, werden zwei sgRNAs gestaltet, um ein Paar nickases, die separat an den nahe gelegenen Orte der zwei verschiedenen DNA-Stränge schneidet führen. Die "Doppel Nicking" Strategie erfordert eine more strengen Design als die herkömmliche Cas9 Plattform und bietet sowohl eine hohe Effizienz und eine hohe Spezifität für die Gen-Bearbeitungs Experimenten.

Diese Handschrift beschreibt ein Protokoll zur Erzeugung von linienspezifischen menschlichen induzierten pluripotenten Stammzellen (hiPSC) Reporter mit CRISPR / Cas-System unterstützt die homologe Rekombination. Schritte zur Erlangung der erforderlichen Komponenten für die Herstellung von neuralen Abstammung Reporter Linien mit dem CRISPR / System vermittelt Cas Genom Bearbeitung beschrieben, mit einem Fokus auf Bau von Targeting-Vektoren und sgRNAs. Dieses Protokoll wurde erfolgreich in mehreren hiPSC Leitungen einschließlich von gesunden Personen und von Patienten mit Erkrankungen des ZNS abgeleitet wiederholt. Gene, die in unserem Labor gezielt gehören OLIG2, HB9 (MNX1), NEUROG2, SOX1, ALDH1L1 und SOD1. Targeting-Effizienz von CRISPR / Cas System vermittelte homologe Rekombination in hiPSCs im Bereich von 20-40%, was mit früheren Berichten 1,18,19 ist. Im Vergleich zu einem typical Effizienz von 1-2% in konventionellen Gen-Targeting-Experimente wird das Targeting-Effizienz deutlich verbessert.

Protocol

1. Design and Vector Construction for Targeting Vectors Once the lineage specific marker is determined, locate the genomic sequence of the gene and design the homology arms accordingly. The length of 5’ homology arm is ~1 kb and of 3’ homology arm is ~1.5 kb (Figure 1). Tag the reporter cassette sequentially downstream of the genomic sequence right before the stop codon, by subcloning, so that the endogenous expression is not altered or disrupted. Link the reporter, or d…

Representative Results

Targeting vectors with all necessary components including homology arms, reporter cassette, positive and negative selection cassettes are constructed (Figure 1). Based on the endogenous genomic locus, multiple (2 to 3) sgRNAs (if using the Cas9 system) or sgRNA pairs (if using the Cas9n double nickase strategy) are designed and constructed into human-gRNA-expression vector MLM3636 or pX335-U6-Chimeric_BB-CBh-hSpCas9n (D10A) backbones (Figure 2). Before transfecting hiPSCs, the sgRNAs are…

Discussion

Gene targeting is an essential tool in characterizing gene functions. However, the relatively low efficiency demands labor-intensive and time-consuming work. Recently development on genome editing tools such as the CRISPR (Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats)/Cas (CRISPR-associated) system has greatly improved the targeting efficiency. This manuscript describes a protocol for generating lineage specific human induced pluripotent stem cell (hiPSC) reporter using CRISPR/Cas system assisted homologous recombination. Steps …

Disclosures

The authors have nothing to disclose.

Acknowledgements

This work was supported by the Department of Neurosurgery, Memorial Hermann Foundation Staman Ogilvie Fund, the Bentsen Stroke Center at the University of Texas Health Science Center at Houston, and Mission Connect TIRR Foundation.

Materials

Name of Material/Equipment Vendor Catalog no.
pStart-K Addgene 20346
pWS-TK6  Addgene 20350
pKD3  Addgene 45604
pKD46 The Coli Genetic Stock Center, CGSC 7634
PGK-neo-bpA sequence  Addgene 13442
Human BAC clones of target genes  https://bacpac.chori.org
JDS246 (Cas9-003), Mammalian codon-optimized streptococcus pyogenes Cas9-3X Flag Addgene 43861
MLM3636, Human-gRNA-ExpressionVector with U6 promoter  Addgene 43860
pX335-U6-Chimeric_BB-CBh-hSpCas9n(D10A) Addgene 42335
sgRNA design, ZiFit http://zifit.partners.org/ZiFiT/
Off target prediction tool CasOT http://eendb.zfgenetics.org/casot/download.php
Perl http://www.perl.org/get.html
NCBI http://www.ncbi.nlm.nih.gov/
BLAT https://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgBlat?command=start
sgRNA Primer synthesis Sigma
One shot Top10 Electrocomp E. Coli Competent cells Life Technologies C4040-50
AccuPrime Pfx SupperMix Life Technologies 12344-040
Restriction enzymes NEB and Life Technologies
Zymoclean Gel DNA Recovery Kit Zymo Researech D4007
DNA quick extraction buffer  Epicentre QE0905T
Herculase II Fusion DNA Polymerases Agilent Technologies 600675
Digestion buffer 2 New England Biolab
6X DNA Loading Dye Thermo Scientific R0611
TeSR-E8 Kit for hESC/hiPSC Maintenance Stem Cell Technologies 05940
UltraPure Agarose  Life Technologies 16500-100
50xTAE Life Technologies B49
Essential 8 medium  Life Technologies A1517001
Dulbecco’s Phosphate Buffered Saline without Calcium and Magnesium  Life Technologies A12856-01
D-MEM/F12 with Glutamax  Life Technologies 10565018
D-MEM with Glutamax  Life Technologies 10566040
Fetal Bovine Serum-ES cell qualified  Life Technologies 10439
Knockout serum replacement  Life Technologies 10828010
2-mercaptoethanol 1000X  Life Technologies 21985023
Non Essential Amino Acid  Life Technologies 11140050
Stempro Accutase  Life Technologies A1110501
Dispase  Life Technologies 17105-041
0.25% Trypsin- EDTA solution  Life Technologies 25200-056
Geltrex  Life Technologies    12760-013
ROCK inhibitor Y-27632 Millipore    SCM075
SMC4 reagent  BD 354357
Neomycin resistant MEF  Millipore PMEF-NL
Hygromycin resistant MEF  Millipore PMEF-HL
G418 (Geneticin) LifeTechnologies 11811
Hygromycin B  Life Technologies 10687010
FIAU (Fialuridine, 1-2-Deoxy-2-fluoro-ß-D-arabinofuranosyl-5-iodouracil  Moravek Biochemicals and Radiochemicals    M251
Electroporator: Gene Pulser Xcell  Bio-Rad
0.4 cm electroporation cuvette  Bio-Rad 165-2088
DIG-High prime DNA labeling and detection starter kit II  Roche 11585614910
Hybridization denature solution  VWR 82021-478
PCR DIG probe synthesis kit  Roche 11636090910
DIG wash set  Roche 11585762001
Anti-Digoxigenin (DIG-AP) Roche 11093274910
CSPD chemiluminescence system  Roche 11755633001
DIG wash and block buffer set  Roche 11585762001
50X TAE buffer  Life Technologies 24710030
Blotting buffer (25 mM Tris pH 7.4,  0.15 M NaCl,  0.1% Tween20)
Hoefer Ultraviolet Crosslinker  Fisher Scientific 03-500-308
Spermidine  Fisher AC13274-0010
Tris HCl 2M ( pH 7.5 ) VWR    200064-506
Denville Scientific blue bio film 8×10  Fisher nc9550782
DNA molecular weight marker II ( DIG-labeled ) Roche 11218590910
Amersham Blotting membrane Hybond-N+  Roche 95038-400
Pyrex glass drying tray  Fisher 15-242A
Kimberly-Clark C-fold paper towels  Fisher 06-666-32B
Whatman 3MM paper ( 26X41) Fisher    05-713-336
Hybridization bag  Roche 11666649001
Hybridization tubes  Fisher 13-247-300
Hybridization oven rotisserie Shake 'n' Stack  Fisher HBMSOV14110

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Cite This Article
Li, S., Xue, H., Long, B., Sun, L., Truong, T., Liu, Y. Efficient Generation of hiPSC Neural Lineage Specific Knockin Reporters Using the CRISPR/Cas9 and Cas9 Double Nickase System. J. Vis. Exp. (99), e52539, doi:10.3791/52539 (2015).

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