O sistema nervoso entérico é formado por células da crista neural que proliferam, migram e colonizam o intestino. Após a colonização, as células da crista neural devem se diferenciar em neurônios com marcadores específicos para seu fenótipo de neurotransmissor. Os neurônios colinérgicos, um importante fenótipo de neurotransmissor no sistema nervoso entérico, são identificados pela coloração da colina acetiltransferase (ChAT), a enzima sintetizadora da acetilcolina. Esforços históricos para visualizar neurônios colinérgicos foram prejudicados por anticorpos com especificidades diferentes para ChAT do sistema nervoso central versus sistema nervoso periférico. Nós e outros superamos essa limitação usando um anticorpo contra ChAT placentário, que reconhece ChAT central e periférico, para visualizar com sucesso neurônios colinérgicos entéricos embrionários. Além disso, comparamos esse anticorpo com repórteres genéticos para ChAT e mostramos que o anticorpo é mais confiável durante a embriogênese. Este protocolo descreve uma técnica de dissecação, fixação e imunocoloração do trato gastrointestinal embrionário murino para visualizar a expressão de neurotransmissores do sistema nervoso entérico.