Transcriptome profilage des In-Vivo embryons de bovins pré-implantation à l'aide de deux couleurs Microarray Plate-forme

Reza Salehi; Stephen C.M. Tsoi; Marcos G. Colazo; Divakar J. Ambrose; Claude Robert; Michael K. Dyck

doi:10.3791/53754

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Article de méthode

Transcriptome profilage des In-Vivo embryons de bovins pré-implantation à l'aide de deux couleurs Microarray Plate-forme

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DOI :

10.3791/53754

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30 janvier 2017

Reza Salehi^*¹ , Stephen C.M. Tsoi^*¹ , Marcos G. Colazo² , Divakar J. Ambrose¹^,² , Claude Robert³ , Michael K. Dyck¹

¹Department of Agricultural, Food and Nutritional Science, University of Alberta, ²Livestock Research Branch, Alberta Agriculture and Forestry, ³Laboratory of Functional Genomics of Early Embryonic Development, Université Laval

^* These authors contributed equally

Dans cet article

Résumé

La technologie des microréseaux permet une mesure quantitative et un profilage de l’expression génique des transcrits à l’échelle du génome. Par conséquent, ce protocole fournit une procédure technique optimisée dans un réseau bovin bicolore fabriqué sur mesure à partir d’embryons de bovins du jour 7 pour démontrer la faisabilité de l’utilisation d’une faible quantité d’ARN total.

Résumé

La perte embryonnaire précoce est un facteur important d’infertilité chez les bovins. De plus, le bovin devient un modèle intéressant pour étudier le développement de l’embryon préimplantatoire humain en raison de leur processus de développement similaire. Bien que l’on sache que les facteurs génétiques affectent le développement embryonnaire précoce, la découverte de ces facteurs a été un sérieux défi. La technologie des microréseaux permet de mesurer quantitativement et d’établir le profil de l’expression génique des niveaux de transcrits à l’échelle du génome. L’une des principales décisions à prendre lors de la planification d’une expérience de microréseau est d’utiliser une approche unicolore ou bicolore. La conception bicolore augmente la réplication technique, minimise la variabilité, améliore la sensibilité et la précision et permet d’avoir des conceptions en boucle, définissant les échantillons de référence communs. Bien que les puces à ADN soient un outil biologique puissant, il existe des pièges potentiels qui peuvent atténuer sa puissance. Par conséquent, dans cet article technique, nous démontrons un protocole optimisé pour l’extraction, l’amplification, le marquage, l’hybridation de l’ARN amplifié marqué à la puce, le balayage de la matrice et l’analyse des données en utilisant la stratégie d’analyse bicolore.

Introduction

Perte embryonnaire précoce chez les vaches laitières à forte production est l' un des principaux défis dans l'industrie laitière ^{^1,} ^2. Bovine est devenu un modèle intéressant pour étudier le développement préimplantatoire d'embryons humains en raison de leur processus similaire de développement ^{^3,} ^4. Cependant, plus de recherche est nécessaire pour avoir une meilleure compréhension des gènes impliqués dans le développement embryonnaire précoce bovine.

Après vingt ans depuis la première technologie de microrésea....