Summary
Akış Sitometresi ve yüksek işlem hacmi sıralama genom kopyası geç kopyalayan bölgeleri tanımlamak için birleştirme tekniği tarif.
Abstract
DNA ikileşmesi S aşaması hücre döngüsünün ilerlemesini takip etmek çok sayıda teknikleri geliştirilmiştir. Bu tekniklerin çoğu aydınlatma konumunun ve inisiyasyon tamamlanması yerine genom çoğaltma zamanlaması doğru yönetti. Ancak, bu bölgelerde yüksek seviyede kromozom kırılma ve mutasyon muzdarip çünkü son çoğaltma, tamamlamak üzere olan bölgeler genom kopyası anlıyoruz ve hastalık ve yaşlanma ile ilişkili olmuştur önemlidir. Burada nasıl yerine bölgelere genom kopyası son tam çoğaltma için tanımlamak için çoğaltma başlatma izlemek için kullanılan bir teknik genişletilmiş var açıklar. Bu yaklaşım Akış Sitometresi ve yüksek işlem hacmi sıralamanın kombinasyonuna dayanmaktadır. Bu rapor bu tekniği uygulamaya Maya üzerinde duruluyor olsa da, yaklaşım, bir Akış Sitometresi DNA içeriği göre sıralanan hücreler ile kullanılabilir.
Introduction
Ökaryotik genom çoğaltma çoğaltma, hangi çoğaltma dışında çatal (Fragkos ve ark.içinde 20151gözden) her iki yönde devam kökenleri denilen birden çok ayrı site başlatılır. Kökenleri değişir hem kendi zamanlama ve ateş verimliliğini ve çoğaltma kaynağı etkinliğini izlemek ve bu değişim nedenleri aydınlatmak için çeşitli teknikler geliştirilmiştir. Etkinlik bireysel kökenli tek iplikçikli DNA2, hangi formların etkin kökenleri, çevresinde düzeylerinden anlaşılmaktadır olabilir veya 2D Jel Elektroforez belirli çoğaltma ara ürün3izlemek için kullanarak, her ikisi ile tespit edilebilir radyoaktif sondalar. Kökeni eski belirli bilinen sıralarını sınırlı olduğu için bu tekniklerin her ikisi de daha kolay S. cerevisiae memeli hücrelerinde uygulanır. Microarrays gelişiyle, genel olarak ateş kökenli değerlendirmek mümkün oldu. Bu ilk DNA ile ağır izotoplar etiketleme, orta içeren hafif izotopların bir G1 blok hücrelerden serbest ve ağır-hafif hibrid DNA genom4arasında oluşumu izleme tarafından yapıldı. Yüksek işlem hacmi sıralama giriş benzer genom geniş izleme kökenli faaliyet pahalı izotopik etiketleme zorunluluğu olmadan izin. Hücreleri DNA içeriği göre Akış Sitometresi ve derin sıralama için tabi DNA'ları sıralanmış. Sıra kapsama 1 x 2 x S faz boyunca devam eder çünkü göreli çoğaltma zamanlaması S aşamasında G1 veya G25,6, olanlar için hücre okuma derinliği karşılaştırarak tespit edilebilir. Bu teknikler, özellikle Maya için uygulanan kaynak zamanlaması ve verimlilik nasıl DNA dizisi, Kromatin yapısı ve DNA çoğaltma proteinler düzenleyen daha derin bir anlayış için yol açtı.
Sadık iletim hücresel proliferasyonu sırasında genetik bilgi DNA ikileşmesi, kökeni yer alan yalnızca başarılı inisiyasyon, aynı zamanda başarılı bir şekilde tamamlanması, çoğaltma, çoğaltma çatal buluştuğu oluşur gerektirir. Çoğaltma başlatma gibi genom arasında bile geç Hücre döngüsünde çoğaltılmamış kalan belirli bölgelerde tamamlama çoğaltma zamanlaması göre değişir. Gibi bölgelerden özellikle etkin çoğaltma kökeni uzak olabilir veya dizileri veya DNA polimerazlar engel Kromatin yapıları içerebilir. Geç bölgeleri çoğaltma kendilerini kromozom kırılma ve yüksek mutasyon oranları ile ilişkili olan ve kanser ve yaşlanma7,8,9karıştığı kırılgan siteler olarak bildirilebilir. Ancak, uygun bakım DNA ikileşmesi genom istikrar tamamlanması önemini rağmen bizim anlayış nerede ve nasıl bu gerçekleşir kadar bu çoğaltma başlatma gecikmeli. Ve bireysel genler olan geç çoğaltma hastalığı ile ilişkili olduğu süre ile örneğin, qPCR10, yerleri elucidating ve nedenleri geç çoğaltma eksik yatan, yönetmen küresel çalışmalar incelenmiştir. Burada "Biz Akış Sitometresi ile yüksek işlem hacmi sıralama genom çoğaltmasında tamamlanması ışık içinde birleştirmek G2 seq" olarak11Maya anlamlara bir tekniğini tanımlamak. Küçük değişiklikler ile bu iletişim kuralı akışı DNA içeriği göre sıralanmış olabilir herhangi bir hücre için adapte edilebilir.
Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.
Protocol
1. hazırlık için hücre Akış Sitometresi sıralama
- 15 mL test tüpleri kültürler 1,5 mL başına 107 hücre x 5 x 106 yoğunluğu sonra gece büyüme ulaşmak öyle ki 8 mL her YEPD suyu içeren aşılamak (bkz: tartışma Not 1).
- Spin aşağı 15 mL vidalı kapak santrifüj tüpü 5 min için Maya hücrelerinde (1400 x g, oda sıcaklığında veya 4 ° C), 1,5 mL % 70 etanol ve oda sıcaklığında 1 h veya buz (en az 3 h için bu oturup icar transferi bir 1.6 mL microfuge tüp hücrelerde resuspend süresiz olarak 4 ° C-ebilmek var olmak stok) (bkz: tartışma noktası (2)).
- Spin aşağı Maya hücrelerinde microfuge (14.000 x g, 4 ° C'de) 1 dakika, 1 mL 50 mM sodyum sitrat, pH 7.2, (14.000 x g, 4 ° C) aşağı spin için 1 dk resuspend, süpernatant Aspire edin, 1 mL 50 mM sodyum sitrat pH 7.2 resuspend , 0.25 mg/mL 1 h 50 ° C veya gecede 37 ° C ısı blok veya su banyosunda RNAse çözüm içeren.
- 50 µL İndinavir K çözüm (20 mg/mL 10 mM Tris pH 7.5, 2 mM CaCl2, % 50 ağırlık birimi gliserol için resuspended) ekleyin ve 50 ° C'de 1 h için kuluçkaya
- (14. 000 x g, 4 ° C) hücreleri aşağı spin, 1 mL 50 mM sodyum sitrat, pH 7.2 hücrelerde resuspend, (14.000 x g, 4 ° C) spin, vakum süpernatant Aspire edin, 1 mL 1 µM yeşil nükleik asit zorlanma 50 mM sodyum sitrat içinde resuspended içinde resuspend , pH 7.2 ve karanlık oda sıcaklığında 1 h için kuluçkaya, 2 x 2 için solüsyon içeren temizleyicide s her (çıkış gücü 2 watt).
2. hücre sıralama
- Bir hücre sıralayıcısı kullanarak, her hücre döngüsü aşama olduğu gibi Resim 1 en az 1.6 milyon haploit hücreleri toplama hücreleri DNA içeriği aşamada G1, S, "erken G2" ve "geç G2", içine göre sıralamak (bkz: tartışma noktası (3)).
- Hücreleri microfuge tüpler için transfer ve hücreler için 14.000 x g microfuge 4 ° C'de 20 dakika aşağı spin ve süpernatant vakum ile Aspire edin (Pelet süresiz-20 ° C'de dondurulmuş depolanabilir; nokta (4) tartışma bakın).
3. DNA ekstraksiyon ve kitaplıkları sıralama hazırlık
Not: Aşağıdaki adımları "protokol ben" Maya genomik DNA ekstraksiyon kiti temel alır ( Tablo malzemelerigörmek).
- "Sindirim arabelleği," Maya litik enzim hücre duvarı ve Maya litik enzim 5 µL sindirmek, vortexing tarafından resuspend ve 40-60 dk 37 ° C'de kuluçkaya sağlar özel bir arabellek 120 µL ekleyin.
- "Lizis arabelleği," deterjan ve girdap için 10-20 s sabit içeren özel bir arabelleği 120 µL ekleyin.
- 250 µL kloroform add - iyice karıştırın 1 dk için.
- Bir microfuge 2 min için maksimum hızda çevir.
- Süpernatant DNA bağlama sütun ve 1 dk. için bir microfuge maksimum hızda santrifüj üzerine yükleyin.
- "DNA yıkama arabelleği," etanol ve bir microfuge maksimum hızda 1 dk santrifüj içeren özel bir arabelleği 300 µL ekleyin. Aracılığıyla akış atmak, DNA yıkama arabelleği 300 µL eklemek ve yıkama işlemi yineleyin.
- Spin sütun bir taze microfuge tüp transferi, su (değil TE) 60 µL eklemek - 1-3 dakika bekleyin ve 10 için santrifüj kapasitesi s DNA elute.
- Konsantrasyon dsDNA yüksek hassasiyet arabelleği seyreltilmiş 1: 200 ve sonra sağlanan standart 10 µL için ayarı'nı kullanarak bir yer ölçü Floresans dsDNA yüksek hassasiyet reaktif 195 µL DNA'ın 5 µL ekleyerek ölçün; DNA toplam verim 10 ve 50 ng arasında bekliyoruz.
- Solüsyon içeren temizleyicide (Peak olay gücü 450, görev faktörü % 30, döngüleri patlama başına 200, tedavi süresi 60 s, su seviyesi 6) DNA ' 250-350 bp parçalara kırmak için.
- DNA örneği hazırlık seti kullanarak bir kitaplığı hazırlamak ve bu (en az 10 milyon 50 bp tek taraflı kenar okuma) DNA sıralama cihazda hızlı modda sıra (bkz: tartışma Not (5)).
4. analiz veri ve çoğaltma nesil Sekanslama profilleri
- Saccharomyces cerevisiae sacCer3 genom Gsnap12 kullanarak serileri hizalamak (tartışma Not (6) bakınız).
- Ücret baz çifti derinliklerinde Bedtools' "genomeCoverageBed" yazılım13kullanarak okundu öğrenmek.
- Artefactual sivri okuma derinliklerinde varsa kaldırın (tartışma Not (7) bakınız).
- Düz okumak derinlikleri kromozom 20 kayar pencere "runMean" işlevi R kullanarak KB medians kullanarak tarafından paket "caTools" (bkz: tartışma Not (8)).
- Arsa derinlikleri S faz, erken G2 ve geç G2 (bkz: tartışma Not (9)) tamamen çoğaltılmış okuma derinliklerinde bir yüzdesi olarak okuyun.
Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.
Representative Results
Mayası geç kopyalayan siteleri belirlemek için yukarıda açıklanan yordamı kullandık. Bu yaklaşım bir bilinen geç kopyalayan bölgesi yapay bir kromozom üzerinde kullanmayı test doğru ve güvenilir olduğu için teknik kanıtladı. Sonuçlarımız de çoğaltma zamanında tamamlanması biyolojik önemi kromozom 7, biz geç çoğaltma olarak G2-seq sonuçlarımız temelinde tanımlanan, bir geç kopyalayan bölge kayıp göstererek yaklaşık göstermiştir üç kat daha sık sık--dan bir karşılaştırılabilir kontrol bölge11.
G2-seq sonuçlarla dosyasının örnek Şekil 2' de gösterilmiştir. Biz bu orada özellikle geç hücrelerde çoğaltılan genom bölgelerinde Sir2 adı verilen bir protein deacetylase eksik olacaktır onaylanmadığına karar. Şekil 2A ilerlemesini veri analizi için vahşi türü (mavi) ve sir2 (kırmızı) gösterir. Ham veri (üst satır) çoğu Ty elemanların varlığı nedeniyle büyük sivri içerir. Bu sivri 2.5 x Derinlik (orta satır) her örnek için okumak medyan, okuma derinlikleri kapatma tarafından kaldırılır. Despiked veri sonra 20 kb sürgülü pencere (alt satır) ile düzgünleştirilir. Son olarak, veri normalleştirilmiş ve G1 seviyelerinde oranları olarak çizilen. Sir2 mutant görünen tipik bir geç çoğaltılıyor bölgesi şekil 2Ciçinde vurgulanır.
Şekil 1. Akış Sitometresi profil kullanılan hücre döngüsü kesirler gösteren; Tüm Gates dış sınırları işaretlenmiş. Bu rakam daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için buraya tıklayınız.
Şekil 2. (A-B) Veri işleme'den ham veri (üst satırları), ilerlemesini veri (orta satır) despiked ve vahşi türü(a)ve sir2 (B) için verileri (alt satır) düzeltti. (C) oranları S faz-, erken G2-ve geç G2-G1 modeline derinlikleri okuyun. Mavi ve kırmızı sir2 vahşi yazın. Vurgulanan bölgenin sağ üst bir geç kopyalayan bölgesi sir2 mutant için belirli gösterir. Ölçeği tam (2N) çoğaltma kısmını gösterir; 0.5, 1 tamamen çoğaltılmış bir hücre, tamamen çoğaltılmamış hücrede görünür. Bu rakam daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için buraya tıklayınız.
Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.
Discussion
Bu teknik sağlamdır ve nispeten düz ön, özellikle dikkat için aşağıdaki ayrılmış ise:
(1) biz yoksa kültürleri istenen yoğunluk sadece 4 h aşı sonra ulaşmış sonra hasat farklılıklar hücre döngüsü dağıtımları içinde tezahür beri onlar log fazı, ulaşmadan kültürler en az 12 h için büyümek öneririz. Varsayımımız nispeten istikrarlı bir denge ulaştı bir hücre döngüsü dağıtım daha iyi doymuş bir kültür son zamanlarda taze ortamına Transfer edildiğinde hala Flux bir dağıtım daha bir "gerçek" günlük faz dağıtım temsil eder.
(2) sabitleme önce hücreleri aşağı iplik yerine, hücreleri de etanol son konsantrasyonu % 70 olması doğrudan % 100 etanol Maya kültür ekleyerek sabit olabilir. Hücreleri sentetik veya zengin (YEPD) ortamda yetiştirilen olabilir.
(3) hücre döngüsü aşamaları 530 nm emisyon alan bir fonksiyonu olarak çizdirme hücre numarasına göre sıralamak için görüntülenir. Biz bulduk dönüm noktaları S arasındaki G1 ve G2 arasındaki S S faz operasyona için sağlam yerler olarak hizmet ve biz G2 maksimum sınır erken ve geç G2 ayırmak için kullanın. "Erken G2" ve belki de teknik olarak onlar DNA ikileşmesi tamamlanıncaya kadar S aşamasında hücrelerdir anlamda doğruluğu pahasına netlik ve kısalık, "geç G2" terimlerini kullanıyoruz. G2-seq amacı geç G2 kesir ortaya bekleniyor, çok geç çoğaltılıyor sitelerini tanımlamak için olsa da S faz ve hücre döngüsünün bütün aşamalarında çoğaltma izlemek için erken G2 hücreleri toplamak.
(4) kritik öneme sahip hücreleri aşağı hemen sonra sıralama bükülmüş olduğunu. Hücreleri önce gecede onları aşağı iplik oturmak izin vermeyin. Eğer onlar 4 ° C'de depolanmış olan hücreler tarafından Santrifüjü kurtarma, sıralama üzerine kırılgan olur ve zamanla koşullar öne problemleri yaşamıştı.
(5) 5 milyon okuma yeterli, ancak araziler az olarak okuma daha düşük sayıda daha az düzgün olmak. Bile daha az okuma veri kümeleriyle windows 20 KB'den daha büyük ile yumuşatma tarafından ağırladı mümkün olabilir, ama biz-si olmak değil güvenilir bu.
(6) herhangi bir hizalama yaygın olarak kullanılan yazılım (örneğin, papyon14, Novalign (http://www.novocraft.com), BWA15veya Gsnap12)-ecek iş.
(7) Maya yüksek işlem hacmi sıralama verileri zaman zaman sivri kez Ty öğeleri yansıtacak okuma derinliklerinde gösterilecek. Biz bunlar 2.5 x medyan örnek derinlikleri 2.5 x medyan fazladır tekrarlayan uzanır (örneğin, rDNA) içerdiği bilinen bölgeler dışında okuma derinlikleri için okumak yerine tarafından ortadan kaldırmak. Tekrarlayan öğeleri içerecek şekilde bilindiği rDNA ve kromozomlar sonuna bırakılır. Bu "R dil kullanarak despiking" bir örnek aşağıda verilmiştir:
# "okuma verileri içeren" olarak adlandırılan bir veri çerçevesi oluşturun:
Chr <-rep ('İsa', 10)
POS <-seq (1, 10)
RD <-c (3, 4, 6, 5, 88, 2, 9, 10, 900, 1)
okur <-data.frame ('kromozom' chr, =
'konum' pos, =
'read_depth' rd =)
# "despike" okuma derinlikleri:
okuma [, 'despiked'] <-ifelse (okuma [, 3] > (2,5 * median(reads[,3])),
(2,5 * median(reads[,3])),
Reads[,3])
"Kapatma" veya "despiking" aynı zamanda birden fazla konuma harita okuma hariç elde edilebilir, ama bu, örneğin, sadece iki konum eşleme okuma ortadan kaldırır. S. cerevisiaekimin genom bir atalarının çoğaltma16' dan sonuçlandı, çalışırken birden fazla konuma harita, ama hala değerli bilgileri okuma örneklerini nadir değildir.
(8) "rollmedian" işlevi R paket "Hayvanat Bahçesi" (https://cran.r-project.org/web/packages/zoo/index.html) ve "runmean" fonksiyonu "caTools" (https://cran.r-project.org/web/packages/caTools/index.html) R paketinde karşılaştırılabilir sonuçlar elde etmiş olursunuz.
(9) biz okuma derinliklerinde, hepsi de benzer sonuçlar verdi normalleştirmek için çok sayıda yöntem tecrübe var. Tercih yaklaşımımız genom en azından bazı bölümlerine tam olarak bizim S faz örnekte çoğaltılacak varsayımına dayanmaktadır. Biz ortanca en erken güvenilirliği yüksek ateş 12'ye karşılık gelen siteleri bizim veri kümesinin derinlemesine okurken tam çoğaltma temsil okuma derinliği tespit ("güven" puanı > = 7) genel kullanıma sunulan bir veri kümesindeki kökenleri. (http://cerevisiae.oridb.org/data_output.php?main=sc_ori_studies & Tablo = Raghu2001_ori & ext_format = & format = sekme). Çoğu uygulama için yaklaşım normalleştirme için alınan kritik değildir ve en sade bir şekilde adil sayısı toplamları okumak için normalize çok makul seçenekleri vardır. Ancak, bu tekrarlayan dizileri sayıda örnekleri arasında büyük farklılıklar varsa, normalleştirme sayısı toplamları okumak için yanıltıcı olabilir fazlalaştı. Örneğin, iki suşlar kimin rDNA dizileri tarafından birkaç kat farklı karşılaştırırken, toplam sayıları okumak için normalize bölgeleri gerilme ile daha büyük rDNA dizi genomunun artefactually gerilme ile daha küçük'dan sonra çoğaltmak için görünür emin olabilirim dizi.
Özetle, G2-seq çoğaltma profil oluşturma için varolan teknikleri bir mantıksal uzantısı temsil eder. Gibi diğer sıralama ve Mikroarray dayalı teknikler, G2-seq 2D genom geniş kapsama analizini ve çoğaltma kökenleri konumunu bilgisine gereksinimi eksikliği jel avantajları vardır. Memeli hücrelerinde nerede, aksine içinde mayası, çoğaltma kökenleri belirli dizileri için sınırlı değildir özellikle ilgili ikincisidir. Öte yandan, 2D jelleri bir düzeyde kararlılık-in DNA tamamen ulaşılamaz çoğaltma G2-seq. Geniletmek G2-seq olan hücreleri DNA içeriği göre sıralanabilir diğer organizmalar tarafından Moleküler ara ürün nispeten düz ön olmalıdır sağlamak, Ancak, daha yüksek Ökaryotlar genleri çok tekrarlanan doğa çok daha zorlu kısa okuma dizileri hizalamasını yapar. Artık bu önemli ölçüde sağlamak sıralama teknolojileri ortaya çıkan özellikle G2-seq nispeten daha uzun okunma17ile ilişkili olabilir yüksek hata oranları için sağlam olmalıdır beri uzunluğu bu bağlamda yararlı olabilecek okuyun. Deneyim, sonra onlar sıralanmış ve yalıtım DNA'ın önce oturup hücreler sorunlara en yüksek olduğu teknik sorun izin veriyor. Bu hücreler özellikle kırılgan ve zamanla lyse görünür ve en az bir saat içinde iki sıralama DNA izole olmalıdır. Bu tekniği için umut verici gelecek yön S ve G2 aşamaları içine artan sayıda daha yüksek çözünürlük genom çoğaltma, dinamiklerinin geç tamamlanması için erken başlatma edinmek için kesirler bölme içerir.
Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.
Disclosures
Yazarlar ifşa gerek yok.
Acknowledgments
Bu eser hibe A.B. NIH GM117446 tarafından desteklenmiştir
Materials
| Name | Company | Catalog Number | Comments |
| YeaStar Genomic DNA kit | Genesee Scientific | 11-323 | |
| 1 µM SYTOX Green | ThermoFisher | 57020 | resuspend in 50 mM sodium citrate, pH 7.2 |
| 50 mM sodium citrate, pH 7.2 | |||
| RNase solution (0.25 mg / mL) | Sigma | R6513 | 0.25 mg / mL RNaseA resuspended in 50 mM sodium citrate, pH 7.2, boil RNase solution for 10 minutes before the first use only, and from then on store at -20° |
| proteinase K solution (20 mg / mL) | ThermoFisher / Invitrogen | 25530-015 | resuspend in 10 mM Tris, pH 7.5, 2 mM CaCl2, 50% glycerol, store at -20°C |
| Model 50 Sonic Dismembrator | Fisher Scientific | FB50A220 | |
| BD Biosciences FACSAria II | BD Biosciences | 644832 | |
| Zymo-spin III columns | Zymo Research | C1005 | |
| Qubit dsDNA HS Assay Kit | ThermoFisher | Q32851 | |
| Qubit 3.0 Fluorometer | ThermoFisher | Q33216 | |
| Covaris Model LE220 Focused-Ultrasonicator | Covaris | 500219 | |
| Illumina TruSeq DNA LT Sample Prep Kit | Illumina | 15026486 | |
| Illumina HiSeq 2500 instrument | Illumina | SY–401–2501 | |
| gsnap alignment software | open source software / Genentech | http://research-pub.gene.com/gmap |
References
- Fragkos, M., Ganier, O., Coulombe, P., Mechali, M. DNA replication origin activation in space and time. Nat Rev Mol Cell Biol. 16, 360-374 (2015).
- Santocanale, C., Diffley, J. F. A Mec1- and Rad53-dependent checkpoint controls late-firing origins of DNA replication. Nature. 395, 615-618 (1998).
- Brewer, B. J., Fangman, W. L. A replication fork barrier at the 3' end of yeast ribosomal RNA genes. Cell. 55, 637-643 (1988).
- Raghuraman, M. K., et al.
- Muller, C. A., Nieduszynski, C. A. Conservation of replication timing reveals global and local regulation of replication origin activity. Genome Res. 22, 1953-1962 (2012).
- Koren, A., Soifer, I., Barkai, N. MRC1-dependent scaling of the budding yeast DNA replication timing program. Genome Res. 20, 781-790 (2010).
- Lang, G. I., Murray, A. W. Mutation rates across budding yeast chromosome VI are correlated with replication timing. Genome Biol Evol. 3, 799-811 (2011).
- Durkin, S. G., Glover, T. W.
- Dillon, L. W., Burrow, A. A., Wang, Y. H. DNA instability at chromosomal fragile sites in cancer. Curr Genomics. 11, 326-337 (2010).
- Widrow, R. J., Hansen, R. S., Kawame, H., Gartler, S. M., Laird, C. D. Very late DNA replication in the human cell cycle. Proc Natl Acad Sci U S A. 95, 11246-11250 (1998).
- Foss, E. J., et al. SIR2 suppresses replication gaps and genome instability by balancing replication between repetitive and unique sequences. Proc Natl Acad Sci U S A. 114, 552-557 (2017).
- Wu, T. D., Reeder, J., Lawrence, M., Becker, G., Brauer, M. J. GMAP and GSNAP for Genomic Sequence Alignment: Enhancements to Speed, Accuracy, and Functionality. Methods Mol Biol. 1418, 283-334 (2016).
- Quinlan, A. R., Hall, I. M. BEDTools: a flexible suite of utilities for comparing genomic features. Bioinformatics. 26, 841-842 (2010).
- Langmead, B. Aligning short sequencing reads with Bowtie. Curr Protoc Bioinformatics. , Chapter 11, Unit 11 17 (2010).
- Li, H., Durbin, R. Fast and accurate short read alignment with Burrows-Wheeler transform. Bioinformatics. 25, 1754-1760 (2009).
- Kellis, M., Birren, B. W., Lander, E. S. Proof and evolutionary analysis of ancient genome duplication in the yeast Saccharomyces cerevisiae. Nature. 428, 617-624 (2004).
- Goodwin, S., McPherson, J. D., McCombie, W. R. Coming of age: ten years of next-generation sequencing technologies. Nat Rev Genet. 17, 333-351 (2016).
