Summary

리포터 단백질을 발현하는 재조합 로타바이러스를 회수하는 역유전학 방법 간소화

Published: April 17, 2020
doi:

Summary

플라스미드 DNA로부터의 재조합 로타바이러스 생성은 로타바이러스 복제 및 병인, 및 로타바이러스 발현 벡터 및 백신의 개발을 위한 필수적인 도구를 제공한다. 본 명세서에서, 우리는 형광 리포터 단백질을 발현하는 균주를 포함하는 재조합 로타바이러스를 생성하기 위한 단순화된 역유전학 접근법을 설명한다.

Abstract

Rotaviruses는 인간을 포함하여 많은 포유류 및 조류 호스트 종의 젊은에 있는 가혹한 위장염을 일으키는 원인이 되는 분할된 이중 좌초된 RNA 바이러스의 크고 진화하는 인구입니다. 로타바이러스 역유전학 시스템의 최근 출현으로, 로타바이러스 생물학을 탐구하고, 기존 로타바이러스 백신을 수정 및 최적화하고, 로타바이러스 다표적 백신 벡터를 개발하기 위해 지시된 돌연변이 발생을 사용할 수 있게 되었다. 이 보고서에서는 재조합 로타바이러스의 효율적이고 신뢰할 수 있는 복구를 허용하는 단순화된 역유전학 시스템을 설명합니다. 이 시스템은 전신 로타바이러스(+)RNAs를 발현하는 T7 전사 벡터의 공동 형질감염과 BHK 세포에 RNA 캡핑 효소를 코딩하는 CMV 벡터를 구성하여 T7 RNA 폴리머라제(BHK-T7)를 생성한다. 재조합 로타바이러스는 바이러스 성장을 위해 매우 허용되는 원숭이 신장 세포주인 MA104 세포로 형질감염된 BHK-T7 세포를 감독함으로써 증폭된다. 본 보고서에서, 우리는 또한 게놈 세그먼트 7(NSP3)으로 2A 번역 정지 재시작 원소의 도입을 통해 별도의 형광 리포터 단백질을 발현하는 재조합 로타바이러스를 생성하기 위한 접근법을 설명한다. 이 접근법은 바이러스 성 개방 판독 프레임 중 어느 것을 삭제하거나 수정하는 것을 방지하여 형광 단백질을 발현하면서 완전한 기능의 바이러스 성 단백질을 유지하는 재조합 로타바이러스의 생산을 허용합니다.

Introduction

로타 바이러스는 유아와 어린 아이들에 있는 가혹한 위장염의 중요한 원인, 뿐만 아니라 많은 그밖 포유류 및 조류 종의 젊은1. Reoviridae 가족의 일원으로서, 로타바이러스는 분할된 이중 가닥 RNA (dsRNA) 게놈이 있습니다. 게놈 세그먼트는 단백질2의3개의 동심 층에서 형성된 비 봉투에 싸인 icosahedral virion 안에 포함됩니다. 게놈 세그먼트의 시퀀싱 및 계통유전학 적 분석에 기초하여, 9종의 로타바이러스(A−D, F−J)가3가지로정의되었다. 로타바이러스 종 A를 포함하는 이들 균주는 대부분의 인간 질환에 대한 책임이 있다4. 지난 10 년 에서 시작 된 어린 시절 예방 접종 프로그램에 로타 바이러스 백신의 도입은 로타 바이러스 사망률과 이환율의 상당한 감소와 상관 관계가 있습니다. 가장 주목할 만한, 로타 바이러스 관련 어린 시절 죽음의 수는 2000년에 대략 528,000에서 2016년에 128,500에4,,5로감소했습니다. 로타바이러스 백신은 생후 6개월까지 어린이에게 2~3회 투여되는 살아있는 감쇠 균주에서 제조됩니다. 인간 과 다른 포유류 종에서 순환하는 유전적으로 다양한 로타 바이러스 균주의 많은 수, 돌연변이 발생 및 재분류를 통해 빠르게 진화하는 능력과 결합, 어린이를 감염로 타 바이러스의 유형에 항원 변화를 초래할 수있다6,,7,,8. 이러한 변화는 기존 백신의 효능을 약화시킬 수 있으며, 대체 또는 수정이 필요합니다.

11개의 로타바이러스 게놈 세그먼트 중 어느 한 쪽의 조작을 가능하게 하는 완전 플라스미드 기반 역유전학 시스템의 개발은 최근에9개달성되었다. 이러한 시스템의 가용성으로, 그것은 로타 바이러스 복제 및 병인의 분자 세부 사항을 해명 할 수있게되었다, 안티 로타 바이러스 화합물에 대한 개선 된 높은 처리량 스크리닝 방법을 개발하고, 로타 바이러스 백신의 새로운 잠재적으로 더 효과적인 클래스를 만들 수 있게되었다. 로타바이러스 복제 동안, 바이러스 성 (+)RNAs는 바이러스 성 단백질의 합성을 안내 할뿐만 아니라 자손 dsRNA 게놈 세그먼트10,,11의합성을위한 템플릿역할을합니다. 현재까지 기술된 모든 로타바이러스 역유전학 시스템은 재조합 바이러스9,,12,,13을회수하는데 사용되는 cDNA 유래(+)RNA의 공급원으로서 포유류 세포주내로 T7 전사 벡터의 형질감염에 의존한다. 전사 벡터 내에서, 전신 바이러스 성 cDNA는 상류 T7 프로모터와 다운스트림 간염 델타 바이러스 (HDV) ribozyme 사이에 위치되어 바이러스 (+)RNA가 본격적인 5’및 3’termini를 포함하는 T7 RNA 폴리머라제에 의해 합성됩니다(그림 1A). 1세대 역유전학 시스템에서, 재조합 바이러스는 11T7(pT7) 전사 벡터로 T7 RNA 폴리머라제(BHK-T7)를 발현하는 아기 햄스터 신장 세포를 트랜스펙팅함으로써 만들어졌으며, 시미안 SA11 바이러스 균주의 독특한(+)RNA및 3개의 CMV 프로모터-구동 발현 플라스미드의 각각의 지시 합성, 조류 류바이러스 p10FAST 융합 단백질을 인코딩한 1개 및 백시니아 바이러스 D1R-D12L 캡핑 효소 복합체의 2개의 인코딩서브유닛. 형질감염된 BHK-T7 세포에서 생성된 재조합 SA11 바이러스는 로타바이러스 성장을 허용하는 세포주인 MA104 세포를 감독함으로써 증폭되었다. 1세대 역유전학 시스템의 변형된 버전은 더 이상 지지플라스미드(12)를사용하지 않는다고 기술되었다. 대신, 수정된 시스템은 단순히 BHK-T7 세포를 11개의 SA11 T7 전사 벡터로 트랜스펙팅함으로써 재조합 로타바이러스를 성공적으로 생성하며, 바이러스 성 공장(viroplasm) 빌딩 블록(비구조적 단백질 NSP2 및 NSP5)에 대한 벡터가 다른 벡터14, 15보다,153배 높은 수준으로 추가된다는 경고와 함께. 역유전학 시스템의 변형된 버전은 또한 로타바이러스16,,17의인간 KU 및 Odelia 균주의 회복을 지원하는 개발되었다. 로타바이러스 게놈은 VP418,NSP19,NSP219,NSP320,,21,NSP522,,23에도입된 돌연변이와 함께 현재까지 생성된 재조합 바이러스와 함께 역유전학에 의한 조작이 현저하게 가능하다. 지금까지 생성된 가장 유용한 바이러스 중에는 형광 리포터 단백질(FPs)9,,12,,21,,24,,25를발현하도록 설계된 바이러스가 있다.

이 간행물에서는, 우리는 우리가 SA11 로타바이러스의 재조합 긴장을 생성하기 위하여 우리의 실험실에서 사용하는 역유전학 시스템을 위한 프로토콜을 제공합니다. 당사의 프로토콜의 주요 특징은 11개의 pT7 전사 벡터(pT7/NSP2SA11 및 pT7/NSP5SA1 벡터의 3배 수준을 포함하도록 변형된 변형)와 아프리카 돼지 열바이러스(ASFV) NP868R 캡핑 효소를 코딩하는 CMV 발현 벡터를 가진 BHK-T7 세포의 병용화이다.21 Figure 2 우리의 손에, NP868R 플라스미드의 존재는 형질감염된 BHK-T7 세포에 의한 재조합 바이러스의 더 높은 역가의 생산으로 이어집니다. 본 공보에서는, 우리는 또한 세그먼트 7 단백질 생성물 NSP3뿐만 아니라 별도의 FP를 발현하는 재조합 바이러스가 생성될 수 있도록 pT7/NSP3SA11 플라스미드를 수정하기 위한 프로토콜을 제공한다. 이는 fp ORF(도1B)24,,26에이어 다운스트림 2A 번역 정지-재시작 엘리먼트를 포함하는 pT7/NSP3SA11 플라스미드에서 NSP3 오픈 판독 프레임(ORF)을 재엔지니어링함으로써 달성된다. 이러한 접근법을 통해, 우리는 다양한 FPs를 발현하는 재조합 로타바이러스를 생성하였다: UnaG (녹색), mKate (원빨색), mRuby (빨강), TagBFP (청색), CFP (시안), 및 YFP (노란색)24,,27,,28. 이러한 FP 발현 로타바이러스는 NSP3 ORF를 삭제하지 않고 만들어지므로 기능하는 바이러스 단백질의 완전한 보완을 인코딩할 것으로 예상되는 바이러스를 산출합니다.

Protocol

1. 배지 준비 및 세포 배양 유지 보수 T7 RNA 폴리머라제(BHK-T7) 및 아프리카 녹색 원숭이 신장 MA104 세포를 구성하는 아기 햄스터 신장 세포를 구한다.참고: BHK-T7 (또는 BSR-T7) 세포는 상업적으로 유효하지 않습니다, 그러나 RNA 바이러스 생물학을 공부하기 위하여 역유전학을 사용하여 실험실의 일반적인 세포주입니다. 본 프로토콜에 사용된 BHK-T7 세포주박사는 T7 RNA 폴리머라제…

Representative Results

이 문서에서 기술된 역유전학 프로토콜은 여러 가지 뚜렷한 단계를 통해 진행됩니다: (1) 로타바이러스 pT7 전사 벡터와 pCMV/NP868R 발현 플라스미드를 가진 BHK-T7 세포의 공동 형질전환, (2) MA104 세포를 이용한 형질감염된 BHK-T7 세포의 감독, (3) MA104 세포를 사용하여 BHK-T7/MA104 세포에 존재하는 재조합 바이러스의 증폭, (4) MA104 세포를 이용한 재조합 바이러스의 플라크분리(그림 2).</strong…

Discussion

우리의 실험실에서, 우리는 재조합 SA11 로타바이러스를 생성하기 위하여 본원에 기술된 역유전학 프로토콜에 일상적으로 의존한다. 이 접근으로, 분자 생물학 기술에 있는 작은 경험이 있는 개별 또는 rotaviruses로 일하는 것은 그들의 첫번째 시도조차 재조합 바이러스를 복구합니다. 우리는 이 프로토콜에 따라 거의 100개의 재조합 바이러스를 생성했는데, 여기에는 외래 단백질(예를 들어, FPs)을 ?…

Disclosures

The authors have nothing to disclose.

Acknowledgements

이 작품은 NIH 보조금 R03 AI131072 및 R21 AI144881, 인디애나 대학 창업 자금, 로렌스 M. 블랫 인다우먼트에 의해 지원되었다. 우리는 IU 로타후시에 실험실의 구성원, 울리히 Desselberger, 및 귀도 파파 역 유전학 프로토콜을 개발에 그들의 많은 기여와 제안에 감사드립니다.

Materials

Baby Hamster Kidney – T7 RdRP (BHK-T7) Cells Contact: ubuchholz@niaid.nih.gov
Bio-Rad 8-16% Tris-Glycine Polyacrylamide Mini-Gel Bio-Rad 45608105
Cellometer AutoT4 viable cell counter Nexcelom
ChemiDoc MP Gel Imaging System Bio-Rad
Chloroform MP 194002
Clarity Western Enhanced Chemiluminescence (ECL) Substrate Bio-Rad 170-5060
Competent E.coli DH5alpha Bacteria Lucigen 60602-2
Complete Protease Inhibitor Pierce A32965
Disposable Transfer Pipettes, Ultrafine Extended Tips MTC Bio P4113-11
Dulbecco's Modified Eagle Medium (DMEM) Lonza 12-604F
Eagle's Minimal Essential Medium, 2x (2xEMEM) Quality Biological 115-073-101
Ethanol, Absolute (200 proof) Fisher Bioreagents BP2818-500
Ethidium Bromide Solution (10 mg/ml) Invitrogen 15585-011
Fetal Bovine Serum (FBS) Corning 35-010-CV
Fetal Bovine Serum (FBS), Heat Inactivated Corning 35-011-CV
Flag M2 Antibody, Mouse Monoclonal Sigma-Aldrich F1804
GenEluate HP Plasmid Midiprep Kit Sigma NA0200-1KT
Geneticin (G-418) Invitrogen 10131-027
Gibco FluroBrite DMEM ThermoFisher A1896701 DMEM with low background fluorescence
Glasgow Minimal Essential Medium (GMEM) Gibco 11710-035
Goat Anti-Rabbit IgG, Horseradish Peroxidase (HRP) Conjugated Cell-Signaling Technology 7074S
Guinea Pig Anti-NSP3 Antiserum Patton lab lot 55068
Guinea Pig Anti-VP6 Antierum Patton lab lot 53963
Horse Anti-Guinea Pig IgG, Horseradish Peroxidase (HRP) Conjugated KPL 5220-0366
Horse Anti-Mouse IgG, Horseradish eroxidase (HRP) Conjugated Cell-Signaling Technology 7076S
iNtRON Biotechnology e-Myco Mycoplasma PCR Detection Kit JH Science 25235
Isopropyl alcohol Macron 3032-02
L-glutamine Solution (100x) Gibco 25030-081
Luria Agar Powder (Miller's LB Agar) RPI research products L24020-2000.0
Medium 199 (M199) Culture Medium Hyclone Sh30253.01
Minimal Essential Medium -Eagle Joklik's Forumation (SMEM) Lonza 04-719Q
Monkey Kidney (MA104) Cells ATCC ATCC CRL-2378.1
NanoDrop One Spectrophotometer ThermoScientific
Neutral Red Solution (0.33%) Sigma-Aldrich N2889-100ml
Non-Essential Amino Acid Solution (100x) Gibco 11140-050
Novex 10% Tris-Glycine Polyacrylamide Mini-Gel Invitrogen XP00102BOX
Nuclease-Free Molecular Biology Grade Water Invitrogen 10977-015
NucleoSpin Gel and PCR Clean-Up Kit Takara 740609.25
Opti-MEM Reduced Serum Medium Gibco 31985-070
Pellet pestle (RNase-free, disposable) Fisher 12-141-368
Penicillin-Streptomycin Solution, (100x penn-strep) Corning 30-002-Cl
Phosphate Buffered Saline (PBS), 10x Fisher Bioreagents BP399-20
Porcine Trypsin, Type IX-S Sigma-Aldrich T0303
PureYield Plasmid Miniprep System Promega A1223
Qiagen Plasmid Maxi Kit Qiagen 12162
Qiagen Plasmid Midi Kit Qiagen 12143
QIAprep Spin Miniprep Kit Qiagen 27104
SA11 pT7 Transcription Vectors Addgene 89162-89172
SA11 pT7/NSP3 Transcription Vectors Expressing Fluorescent Proteins Contact: jtpatton@iu.edu
SeaKem LE Agarose Lonza 50000 For gel electrophoresis
SeaPlaque agarose Lonza 50100 For plaque assay
Superscript III One-Step RT-PCR kit Invitrogen 12574-035
Trans-Blot Turbo Nitrocellulose Transfer Kit Bio-Rad 170-4270
Trans-Llot Turbo Transfer System Bio-Rad
TransIT-LTI Transfection Reagent Mirus MIR2306
Tris-Glycine-SDS Gel Running Buffer (10x) Bio-Rad 161-0772
Triton X 100 Fisher Bioreagents BP151-500
Trizol RNA Extraction Reagent Ambion 15596026
Trypan blue Corning 25-900-CI
Trypsin (0.05%)-EDTA (0.1%) Cell Dissociation Solution Quality Biological 118-087-721
Tryptose Phosphate Broth Gibco 18050-039
Tween-20 VWR 0777-1L
Vertrel VF solvent Zoro G0707178
Zoe Fluorescent Live Cell Imager Bio-Rad

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Philip, A. A., Dai, J., Katen, S. P., Patton, J. T. Simplified Reverse Genetics Method to Recover Recombinant Rotaviruses Expressing Reporter Proteins. J. Vis. Exp. (158), e61039, doi:10.3791/61039 (2020).

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