Summary

ポジティブセンスRNAウイルス変異体を改変するためのリバースジェネティクス

Published: June 09, 2022
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Summary

プロトコルは間違いが傾向があるPCRおよび逆の遺伝学を使用して完全長の突然変異体のRNAの統合の結合によって肝炎のウイルスのゲノムの制御可能な遺伝の多様性をもたらすための方法を記述する。この方法は、表現型選択のモデルを提供し、長さ10 kbのポジティブセンスRNAウイルスゲノムに使用できます。

Abstract

多様な完全長ウイルス変異体を繰り返し生成するための便利な方法の欠如は、RNAウイルスの指向性進化の研究を妨げてきました。フルRNAゲノムエラーを起こしやすいPCRとリバースジェネティクスを統合することで、ランダムなゲノムワイドな置換突然変異誘発を誘導することができます。私たちは、この手法を用いて多様なライブラリを合成し、目的の表現型を持つウイルス変異体を同定する方法を開発しました。完全長変異体RNA合成(FL-MRS)と呼ばれるこの方法は、次の利点を提供します:(i)非常に効率的なワンステップエラーを起こしやすいPCRを介して大規模なライブラリを作成する能力。(ii)DNAポリメラーゼの忠実度を操作することにより、さまざまなレベルの遺伝的多様性を有するライブラリのグループを作成する能力。(iii)変異体RNA合成の鋳型として直接役立つことができる完全長PCR産物の作成。(iv)所望の表現型のウイルス変異体をスクリーニングするための非選択インプットプールとして宿主細胞に送達できるRNAを作製する能力。我々は、逆遺伝学アプローチを用いて、FL-MRSがC型肝炎ウイルスであるJFH1分離株のライフサイクルのすべての段階でウイルス指向性進化を研究するための信頼できるツールであることを発見しました。この手法は、ポジティブセンスRNAウイルスの病因と抗ウイルス耐性における適応、複製、およびウイルス遺伝子の役割を理解するために、指向性進化を採用するための非常に貴重なツールであるように思われます。

Introduction

フォワード遺伝子スクリーニングは、目的のウイルス表現型から始まり、そのゲノム配列を決定し、元の株と比較することで、その表現型の原因となる変異を特定しようとします。対照的に、逆遺伝子スクリーニングでは、標的遺伝子にランダムな変異を導入し、その後、結果として生じる表現型を調べます1。リバースジェネティクスアプローチでは、in vitro突然変異誘発は、その後、関心のある表現型についてスクリーニングされるバリアントのプールを作成するために最も広く使用されている手法です。RNAウイルスのゲノムワイドなランダム突然変異誘発を実現するために、エラーを起こしやすいPCR(ep-PCR)2,3、環状ポリメラーゼ伸長4、ミュートランスポゾン挿入突然変異誘発5,6,7など、さまざまな遺伝的ツールが報告されています。後者の2つの方法では、配列の多様性が限られており、大きな挿入や欠失が発生しやすく、ウイルスにとって致死性が高く、感染性ウイルス変異体の回復を著しく制限します。

ep-PCRは、熱安定性、基質特異性、触媒活性の向上など、所望の特性を持つ表現型を選択するための変異酵素を生成するために、タンパク質工学で広く使用されている有名な強力な突然変異誘発技術です8,9,10。この手法は、簡単な機器を必要とし、面倒な操作を必要とせず、市販の試薬を使用し、迅速であるため、実行が簡単です。さらに、高品質のライブラリを生成します。

本研究では、ゲノムワイドなランダム置換突然変異誘発とリバースジェネティクスを誘導するep-PCRを組み込んで、C型肝炎ウイルス(HCV)の全ゲノムを作製する完全長変異RNA合成法(FL-MRS)を開発しました。単一のヌクレオチドの挿入または欠失でさえ、ポジティブセンスRNAウイルス([+]ssRNA)にとって非常に有害です。したがって、PCRベースの置換突然変異誘発は、生存率の良いフル(+)ssRNAウイルスゲノムの大規模で多様なライブラリを繰り返し生成するための好ましい方法です。

FL-MRSは、ウイルスcDNAクローンに結合するプライマーセットの細心の注意を払った設計により、ゲノム長が~10 kbのポジティブセンスRNAウイルスに適用できる簡単なアプローチです。pJFH1は、HCV遺伝子型2aをコードする感染性cDNAクローンであり、ウイルスライフサイクルのすべてのステップを再現することができます。FL-MRSアプローチを用いて、ランダムに変異原化された全ゲノムライブラリー(変異体ライブラリー[ML])を合成し、変異に関連する特性に関する予備知識がなかった複製能力のあるJFH1変異体を作製することを実証しました。抗ウイルス薬に曝露すると、一部のウイルス変異体は、望ましい表現型の変化により、薬剤圧力を迅速に克服しました。ここで説明するプロトコルを使用すると、多数のウイルス変異体を生成することができ、(+)ssRNAウイルスの進化を研究する機会が生まれます。

Protocol

(注)ここで使用したJFH1株(WT)は、国立感染症研究所の脇田隆治さんからのご厚意によるものです。ヒト肝細胞腫細胞株Huh7.5は、ロックフェラー大学のチャールズ・ライスからの親切な贈り物でした。この方法の概略図を 図1に示します。 1. エラーを起こしやすいPCRを用いたJFH1のゲノムワイド置換突然変異誘発 ep-PCRを実施するには…

Representative Results

多数の完全長HCV多様体を作製し、 図1に記載の手順に従って目的の薬剤耐性表現型をスクリーニングすることができる。全ゲノム変異体ライブラリーは、 図2に示すように、Clonnal-pJFH1を用いて量を減らして(100-10 ng)合成しました。ep-PCR産物(変異体ライブラリ)の平均収量は3.8-12.5 ng/μLの範囲でした。 図3 に、クローンpJFH1と代?…

Discussion

この研究では、HCV全ゲノムライブラリを合成するためにep-PCR18 とリバースジェネティクスを統合し、細胞培養システムで使用して、薬剤耐性表現型のスクリーニングのための複製可能なバリアントを生成できる、シンプルで迅速なFL-MRS手順を詳しく説明しました。低忠実度のTaq DNAポリメラーゼの使用は、完全長ウイルスゲノムのPCR増幅中に置換の取り込みを可能にするep-PCR…

Disclosures

The authors have nothing to disclose.

Acknowledgements

この研究の資金援助(助成金番号BT/PR10906/MED/29/860/2014)は、インド政府バイオテクノロジー局によって提供されました。

Materials

1 kb plus DNA ladder  Thermo Fisher 10787018
1.5 ml centrifuge tube Tarsons 500010
15 ml centrifuge tube Tarsons 546021
35 mm cell culture dish  Tarsons 960010
50 ml centrifuge tube Tarsons 546041
Acetic acid Merck A6283
Agarose  HiMedia MB080
Agrose gel electrophoresis unit BioRad 1704406
Biosafety Cabinet, ClassII ESCO AC2 4S
Bovine serum albumin HiMedia MB083
Centrifuge  Eppendorf 5424-R
CFX Connect Real-Time PCR Detection System BioRad 1855201
Cloning plates 90 mm  Tarson 460091
CO2 Incubator  New Brunswick Galaxy 170R
Colibri Microvolume Spectrometer Titertek-Berthold 11050140
DAB Substrate Kit  Abcam ab94665
dATP Solution NEB N0440S
Deoxynucleotide (dNTP) Solution Set NEB N0446
Diethyl Pyrocarbonate (DEPC)  SRL chemical 46791
Dimethyl sulphoxide (DMSO) HiMedia MB058
DMEM high glucose Lonza BE12-604F
EcoR1-HF NEB R3101
EDTA tetrasodium salt dihydrate HiMedia GRM4918
Ethidium Bromide Amresco X328
Fetal bovine serum  Gibco 26140079
Formaldehyde  Fishser Scientific 12755
Gel Documentation System ALPHA IMAGER
Goat anti-Mouse IgG (H+L) Secondary Antibody, HRP Thermo Fisher A16066
Hydrogen peroxide 30% Merck 107209
Inverted microscope Nickon  ECLIPSE Ts2
LB broth  HiMedia M1245
Lipofectamine 2000  Thermo Fisher 116680270 transfection reagent
Mechanical Pipette Set Eppendorf   3120000909
Methanol Merck 106009
Micro Tips 0.2-10 µl  Tarsons 521000
Micro Tips 10 – 100 µl  Tarsons 521010
Micro Tips 200-1000 µl  Tarsons 521020
MOPS buffer  GeNei 3601805001730
Nonessential aminoacids (NEAA) Gibco 11140050
One Shot TOP10 Chemically Competent E. coli Invitrogen C404010 E.coli DH5α
Opti-MEM Gibco 1105-021 minimal essential medium
PCR tubes 0.2 ml Tarsons 510051
Pencillin/streptomycin  Gibco 15070063
pGEM-T Easy Vector System Promega A1360 T-vector DNA
Phosphate buffer saline (PBS) HiMedia TI1099
Phusion High-Fidelity DNA Polymerase NEB M0530S
Pibrentasvir Cayman Chemical 27546
Pipette controller  Gilson  F110120
Platinum Taq DNA Polymerase  Thermo 10966034
Prism GraphPad statistical analysis software
QIAamp Viral RNA Mini kit  Qiagen 52904 viral isolation kit
QIAprep Spin Miniprep Kit Qiagen 27106
QIAquick PCR Purification Kit QIAGEN 28104 cokum purification kit
RNeasy Mini Kit  QIAGEN 74104 RNA cleanup kit
Serological Pipettes 25 ml Thermo Fisher 170357N
Serological Pipettes 5 ml Thermo Fisher 170355N
Serological Pipettes10 ml Thermo Fisher 170356N
Single strand RNA Marker 0.2-10 kb Merck R7020
Skim milk  HiMedia M530
Sodium azide 0.1 M solution Merck 8591
SuperScript III Reverse Transcriptase  Invitrogen 18080044 reverse transcriptase
T100 Thermal Cycler BioRad 1861096
T175 cell culture flask  Tarsons 159910
T25 cell culture flask  Tarsons 950040
T7 RiboMax Express Large Scale RNA Production System  Promega P1320  Large Scale RNA Production System 
T75 cell culture flask  Tarsons 950050
Taq DNA Polymerase Genetix Biotech (Puregene) PGM040
TaqMan RNA-to-CT 1-Step Kit Applied Biosystems 4392653
TaqMan RNA-to-CT 1-Step Kit Thermo Fisher 4392653 commercial qRT-PCR kit 
TOPO-XL–2 Complete PCR Cloning Kit Thermo Fisher K8050-10 kit for cloning of long-PCR product 
Tris base HiMedia TC072
Trypsin-EDTA solution HiMedia TCL007
Tween 20 HiMedia MB067
Vacuum Concentrator  Eppendorf, Concentrator Plus 100248
Water bath  GRANT JBN-18
Xba1 NEB R0145S

References

  1. Desselberger, U. Reverse genetics of rotavirus. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 114 (9), 2106-2108 (2017).
  2. Singh, D., et al. Genome-wide mutagenesis of hepatitis C virus reveals ability of genome to overcome detrimental mutations. Journal of Virology. 94 (3), 01327 (2020).
  3. Agarwal, S., Baccam, P., Aggarwal, R., Veerapu, N. S. Novel synthesis and phenotypic analysis of mutant clouds for hepatitis E virus genotype 1. Journal of Virology. 92 (4), 01932 (2018).
  4. Edmonds, J., et al. A novel bacterium-free method for generation of flavivirus infectious DNA by circular polymerase extension reaction allows accurate recapitulation of viral heterogeneity. Journal of Virology. 87 (4), 2367-2372 (2013).
  5. Arumugaswami, V., et al. High-resolution functional profiling of hepatitis C virus genome. PLoS Pathogens. 4 (10), 1000182 (2008).
  6. Heaton, N. S., Sachs, D., Chen, C. -. J., Hai, R., Palese, P. Genome-wide mutagenesis of influenza virus reveals unique plasticity of the hemagglutinin and NS1 proteins. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 110 (50), 20248-20253 (2013).
  7. Eyre, N. S., et al. Genome-wide mutagenesis of dengue virus reveals plasticity of the NS1 protein and enables generation of infectious tagged reporter viruses. Journal of Virology. 91 (23), 01455 (2017).
  8. Cobb, R. E., Chao, R., Zhao, H. Directed evolution: Past, present, and future. AIChE Journal. American Institute of Chemical Engineers. 59 (5), 1432-1440 (2013).
  9. Sen, S., Venkata Dasu, V., Mandal, B. Developments in directed evolution for improving enzyme functions. Applied Biochemistry and Biotechnology. 143 (3), 212-223 (2007).
  10. Yuan, L., Kurek, I., English, J., Keenan, R. Laboratory-directed protein evolution. Microbiology and Molecular Biology Reviews. 69 (3), 373-392 (2005).
  11. Green, M. R., Sambrook, J. Analysis of DNA by agarose gel electrophoresis. Cold Spring Harbor Protocols. 2019 (1), (2019).
  12. Desjardins, P., Conklin, D. NanoDrop microvolume quantitation of nucleic acids. Journal of Visualized Experiments. (45), e2565 (2010).
  13. Rio, D. C. Denaturation and electrophoresis of RNA with formaldehyde. Cold Spring Harbor Protocols. 2015 (2), 219-222 (2015).
  14. Lindenbach, B. D. Measuring HCV infectivity produced in cell culture and in vivo. Methods in Molecular Biology. 510, 329-336 (2009).
  15. Lei, C., Yang, J., Hu, J., Sun, X. On the calculation of TCID50 for quantitation of virus infectivity. Virologica Sinica. 36 (1), 141-144 (2021).
  16. Soni, S., Singh, D., Aggarwal, R., Veerapu, N. S. Enhanced fitness of hepatitis C virus increases resistance to direct-acting antivirals. The Journal of General Virology. 103 (2), (2022).
  17. Khan, S., Soni, S., Veerapu, N. S. HCV replicon systems: Workhorses of drug discovery and resistance. Frontiers in Cellular Infection Microbiology. 10, 325 (2020).
  18. Cadwell, R. C., Joyce, G. F. Randomization of genes by PCR mutagenesis. PCR Methods and Applications. 2 (1), 28-33 (1992).

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Cite This Article
Soni, S., Agarwal, S., Aggarwal, R., Veerapu, N. S. Reverse Genetics to Engineer Positive-Sense RNA Virus Variants. J. Vis. Exp. (184), e63685, doi:10.3791/63685 (2022).

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