Nós apresentamos um protocolo para análise estrutural e de composição do biofilme oral natural de aparelhos ortodônticos com<em> In situ</em> Hybridization (FISH) e microscopia de varredura confocal a laser (CLSM). Amostras de biofilme oral foram coletados de expansores palatinos, raspagem de resina acrílica flocos de fora de sua superfície e encaminhá-los para o processamento molecular.