Fænotypiske variation for egenskaber kan skyldes mutationer i cis-regulerende element (CRE) sekvenser, der kontrollerer genekspression mønstre. Metoder afledt til brug i Drosophila melanogaster kan kvantitativt sammenligne niveauet af rumlige og tidsmæssige mønstre af genekspression medieret ved ændret eller naturligt forekommende CRE varianter.