形質の表現型変異は、シス調節エレメント(CRE)のシーケンスを制御する遺伝子の発現パターンの変異に起因することができます。キイロショウジョウバエで使用するために派生メソッドは、定量的に変更されたり、天然に存在するCREの亜種によって媒介遺伝子発現の空間的および時間的パターンのレベルを比較することができます。