Mer enn halvparten av proteiner er små proteiner (molekylvekt <200 kDa) som er utfordrende for både elektronmikroskop bildebehandling og tredimensjonale rekonstruksjoner. Optimalisert negativ farging er en robust og høy gjennomstrømming protokollen for å oppnå høy kontrast og relativt høy oppløsning (~ 1 nm) bilder av små asymmetriske proteiner eller komplekser under ulike fysiologiske forhold.