Pålideligheden af resultater i metabolomics eksperimenter afhænger af effektiviteten og reproducerbarheden af prøveforberedelse. Beskrevet er en streng og grundig metode, der gør det muligt for udvinding af metabolitter fra biologiske væsker med mulighed for efterfølgende at analysere op til tusindvis af forbindelser, eller kun de sammensatte klasser af interesse.