Organoid intestinale culture sono stabilite da cripte interi e non consentono l'analisi di auto-rinnovamento e differenziazione in modo specifico delle cellule. Questo protocollo descrive la ricostituzione del gambo ordinato (Lgr5+) e cellule (Paneth), che danno luogo a organoids consentendo loro previa modificazione biochimica e genetica e analisi funzionale di nicchia.