Negatif leke EM makromoleküllerin yapısı görselleştirme için güçlü bir tekniktir, ancak farklı boyama teknikleri bir örnek bağımlı şekilde değişen sonuçlar üretebilir. Burada birkaç negatif boyama yaklaşım zorlu sistemleri görselleştirme mücadele için ilk bir iş akışı sağlamak için ayrıntılı olarak açıklanmıştır.