Aquí, presentamos un protocolo para preparar muestras de ADN de alimentos y medio ambiente microbiomes de detección concertada y subclasificación de Salmonella a través de la secuencia quasimetagenomic. El uso combinado de enriquecimiento de la cultura, la separación inmunomagnética (IMS) y múltiples desplazamiento amplificación (MDA) permite la concentración efectiva de la DNA genomic de la Salmonella de muestras alimentarias y ambientales.