Här presenterar vi ett protokoll för att förbereda DNA-prover från mat och miljö microbiomes för samordnade upptäckt och subtypning av Salmonella genom quasimetagenomic-sekvensering. Den kombinerade användningen av kultur berikning, immunmagnetisk separation (IMS) och flera deplacement amplifiering (MDA) tillåter effektiv koncentration av Salmonella genomisk DNA från livsmedels- och miljöprov.