Her præsenterer vi en automatiseret plasmaproteinfordøjelsesmetode til massespektrometribaseret kvantitativ proteomisk analyse. I denne protokol strømlines og automatiseres de væskeoverførende og inkubationstrin ne for proteindenaturering, reduktion, alkylering og trypsinfordøjelsesreaktioner. Det tager cirka fem timer at forberede en 96-brønds plade med den ønskede præcision.