Kombinationen af antistof mærkning, optisk clearing, og avanceret lys mikroskopi tillader tredimensionel analyse af komplette strukturer eller organer. Beskrevet her er en simpel metode til at kombinere immunolabeling af tykke nyre skiver, optisk clearing med ethyl cinnamat, og confokale Imaging, der muliggør visualisering og kvantificering af tredimensionelle nyre strukturer.