Kombinasjonen av antistoff merking, optisk clearing, og avansert lys mikroskopi tillater tredimensjonal analyse av komplette strukturer eller organer. Beskrevet her er en enkel metode for å kombinere immunolabeling av tykke nyre skiver, optisk clearing med etanol Cinnamate, og konfokalmikroskopi Imaging som muliggjør visualisering og kvantifisering av tredimensjonale nyre strukturer.