Kombinationen av antikropps märkning, optisk clearing och avancerad ljusmikroskopi möjliggör tredimensionell analys av kompletta strukturer eller organ. Beskrivs här är en enkel metod för att kombinera immunolabeling av tjocka njure skivor, optisk clearing med etylcinnamate, och konfokal avbildning som möjliggör visualisering och kvantifiering av tredimensionella njure strukturer.