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Biochemistry
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분자 역학 시뮬레이션을 통해 EGFR 체형 돌연변이를 활성화하는 구조적 효과 해독
JoVE Journal
Biochemistry
This content is Free Access.
JoVE Journal
Biochemistry
Deciphering the Structural Effects of Activating EGFR Somatic Mutations with Molecular Dynamics Simulation
Please note that all translations are automatically generated.
Click here for the English version.
분자 역학 시뮬레이션을 통해 EGFR 체형 돌연변이를 활성화하는 구조적 효과 해독
DOI:
10.3791/61125-v
•
15:05 min
•
May 20, 2020
•
Mahlet Z. Tamirat
,
Kari J. Kurppa
,
Klaus Elenius
3,4
,
Mark S. Johnson
1
Structural Bioinformatics Laboratory, Biochemistry, Faculty of Science and Engineering
,
Åbo Akademi University
,
2
Medicity Research Laboratories and Institute of Biomedicine
,
University of Turku
,
3
Turku Bioscience Centre
,
University of Turku and Åbo Akademi University
,
4
Department of Oncology and Radiotherapy
,
University of Turku and Turku University Hospital
Chapters
00:04
Introduction
00:47
Structure Preparation
04:12
System Setup
05:17
Molecular Dynamics Simulation
07:15
Visual Inspection Analysis
08:29
Root-Mean Square Deviation (RMSD) and Root-Mean Square Fluctuation (RMSF) Analysis
09:58
Hydrogen Bond Analysis
10:57
Free Energy Calculations
12:25
Representative Results: Molecular Dynamics Simulation of EGFR Somatic Mutations
14:23
Conclusion
Summary
Automatic Translation
English (Original)
العربية (Arabic)
中文 (Chinese)
Nederlands (Dutch)
français (French)
Deutsch (German)
עברית (Hebrew)
italiano (Italian)
日本語 (Japanese)
한국어 (Korean)
português (Portuguese)
русский (Russian)
español (Spanish)
Türkçe (Turkish)
Automatic Translation
이 프로토콜의 목적은 분자 역학 시뮬레이션을 사용하여 EGFR 키나아제 단백질의 돌연변이를 활성화하기 때문에 발생하는 동적 구조적 변화를 검사하는 것입니다.
Tags
Molecular Dynamics Simulation
EGFR
Somatic Mutations
Protein Structure
Kinase
Conformational Changes
Ligand Binding
Cancer
Wild-type
Deletion Mutant
Active
Inactive
Asymmetric Dimer
Kymera
Protein Data Bank
Modeling
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