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Decifrando os efeitos estruturais da ativação de mutações somáticas do EGFR com simulação de dinâmica molecular
JoVE Journal
Biochemistry
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JoVE Journal Biochemistry
Deciphering the Structural Effects of Activating EGFR Somatic Mutations with Molecular Dynamics Simulation
DOI:

15:05 min

May 20, 2020

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Chapters

  • 00:04Introduction
  • 00:47Structure Preparation
  • 04:12System Setup
  • 05:17Molecular Dynamics Simulation
  • 07:15Visual Inspection Analysis
  • 08:29Root-Mean Square Deviation (RMSD) and Root-Mean Square Fluctuation (RMSF) Analysis
  • 09:58Hydrogen Bond Analysis
  • 10:57Free Energy Calculations
  • 12:25Representative Results: Molecular Dynamics Simulation of EGFR Somatic Mutations
  • 14:23Conclusion

Summary

Automatic Translation

O objetivo deste protocolo é usar simulações de dinâmica molecular para examinar as mudanças estruturais dinâmicas que ocorrem devido à ativação de mutações da proteína quinase EGFR.

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