Journal
/
Biochemistry
/
Dechiffrere de strukturelle effektene av aktivering av EGFR somatiske mutasjoner med molekylær dynamikksimulering
JoVE Journal
Biochemistry
This content is Free Access.
JoVE Journal Biochemistry
Deciphering the Structural Effects of Activating EGFR Somatic Mutations with Molecular Dynamics Simulation

Dechiffrere de strukturelle effektene av aktivering av EGFR somatiske mutasjoner med molekylær dynamikksimulering

DOI:
10.3791/61125-v

•

15:05 min

•

May 20, 2020

•

, , ,
1Structural Bioinformatics Laboratory, Biochemistry, Faculty of Science and Engineering,Åbo Akademi University, 2Medicity Research Laboratories and Institute of Biomedicine,University of Turku, 3Turku Bioscience Centre,University of Turku and Åbo Akademi University, 4Department of Oncology and Radiotherapy,University of Turku and Turku University Hospital

Chapters

  • 00:04Introduction
  • 00:47Structure Preparation
  • 04:12System Setup
  • 05:17Molecular Dynamics Simulation
  • 07:15Visual Inspection Analysis
  • 08:29Root-Mean Square Deviation (RMSD) and Root-Mean Square Fluctuation (RMSF) Analysis
  • 09:58Hydrogen Bond Analysis
  • 10:57Free Energy Calculations
  • 12:25Representative Results: Molecular Dynamics Simulation of EGFR Somatic Mutations
  • 14:23Conclusion

Summary

Automatic Translation

Automatic Translation

Målet med denne protokollen er å bruke molekylære dynamikksimuleringer for å undersøke de dynamiske strukturelle endringene som oppstår på grunn av aktivering av mutasjoner av EGFR kinaseproteinet.

Tags

Molecular Dynamics SimulationEGFRSomatic MutationsProtein StructureKinaseConformational ChangesLigand BindingCancerWild-typeDeletion MutantActiveInactiveAsymmetric DimerKymeraProtein Data BankModeling

Article

Embed

ADD TO PLAYLIST

Usage Statistics

Related Videos

Utarbeidelse og innlevering av Protein microcrystals i lipidic Cubic fase for Serial femtosecond Krystallografi

Protein Complex Affinity Capture fra Cryomilled pattedyrceller

Tilberedning av nukleosomer med Forskjellig Isotop-merket Sister Histoner

Høyoppløselig enkeltpartikkelanalyse fra elektronkryomikroskopi bilder ved hjelp av SPHIRE

Voksende Protein krystaller med forskjellige dimensjoner bruke automatisert krystallisering kombinert med In Situ dynamisk lysspredning

Strukturen løsning av fluorescerende Protein Cerulean bruker MeshAndCollect

Enkelt Liposome mål for studiet av Proton pumpe membran enzymer elektrokjemi og fluorescerende mikroskopi

Visualisere Surface T-cell reseptor Dynamics firedimensjonalt ved hjelp av gitter lysark mikroskopi

Produksjon av rekombinante PRMT-proteiner ved hjelp av Baculovirus Expression Vector System

Samtidig visualisering av dynamikken i krysskoblede og enkle mikrotubuler in vitro av TIRF mikroskopi

Read Article