Vi presenterar ett protokoll för lamella beredning av dopp frysta biologiska exemplar genom cryo-fokuserade jonstråle micromachining för högupplösta strukturella studier av makromolekyler på plats med cryo-elektron tomografi. Det presenterade protokollet innehåller riktlinjer för beredning av högkvalitativa lameller med hög reproducerbarhet för strukturell karakterisering av makromolekyler inuti Saccharomyces cerevisiae.