Journal
/
Biology
/
Genomomfattande profilering av transkriptionsfaktor-DNA-bindande interaktioner i Candida albicans: En omfattande CUT & RUN-metod och dataanalysarbetsflöde
JoVE Journal
Biology
A subscription to JoVE is required to view this content.  Sign in or start your free trial.
JoVE Journal Biology
Genome-wide Profiling of Transcription Factor-DNA Binding Interactions in Candida albicans: A Comprehensive CUT&RUN Method and Data Analysis Workflow
Please note that all translations are automatically generated. Click here for the English version.

Genomomfattande profilering av transkriptionsfaktor-DNA-bindande interaktioner i Candida albicans: En omfattande CUT & RUN-metod och dataanalysarbetsflöde

DOI:
10.3791/63655-v

•

07:48 min

•

April 01, 2022

•

, , , , , ,
1Department of Molecular and Cell Biology,University of California, Merced, 2Quantitative and Systems Biology Graduate Program,University of California, Merced, 3Department of Applied Mathematics,University of California, Merced, 4Health Sciences Research Institute,University of California, Merced

Chapters

  • 00:04Introduction
  • 00:49Isolation of Nuclei and Primary Antibody Binding
  • 02:40Binding of pAG-MNase to Antibody
  • 03:36Library Preparation for Sequencing
  • 05:22CUT&RUN Sequence Analysis
  • 05:54Results: Quality Control Steps and Evaluation of Ndt80 and Efg1 Enriched Peaks Using CUT&RUN Protocol
  • 07:22Conclusion

Summary

Automatic Translation

Automatic Translation

Detta protokoll beskriver en experimentell metod och dataanalysarbetsflöde för klyvning under mål och frisättning med nukleas (CUT & RUN) i den humana svamppatogenen Candida albicans.

Tags

Keywords: Genome-wide ProfilingTranscription Factor-DNA BindingCandida AlbicansCUT&RUNChIP-chipChIP-seqEpitope TaggingNuclei IsolationFluorescence MicroscopyAntibody IncubationProtein AG-MNaseData Analysis Workflow

Article

Embed

ADD TO PLAYLIST

Usage Statistics

Related Videos

check_url/63655?article_type=v

Genomvid Analys av Aminoacylation (laddning) Nivåerna av tRNA Använda Microarrays
check_url/63655?article_type=v

Genomvid Analys med hjälp av chip för att identifiera isoform-specifik gen mål
check_url/63655?article_type=v

En kvantitativ Fitness analys Workflow
check_url/63655?article_type=v

A Novel Bayesian Change-punkt Algoritm för Genomvid analys av olika ChIPseq datatyper
check_url/63655?article_type=v

Polysom ​​Fraktione och analys av däggdjur Translatomes på ett Genomvid Scale
check_url/63655?article_type=v

Genomvid Kartläggning av narkotika DNA interaktioner i celler med COSMIC (Tvärbindning av små molekyler att isolera Chromatin)
check_url/63655?article_type=v

DamID-punkter: Genomvid Kartläggning av protein-DNA interaktioner från hög genomströmning sekvensering av Adenine-metylerade DNA-fragment
check_url/63655?article_type=v

Komplett arbetsflöde för analys av Histon posttranslationella modifieringar med botten upp masspektrometri: Från Histon Extraction till dataanalys
check_url/63655?article_type=v

Heltäckande arbetsflöde för Genome-wide identifiering och uttryck Meta-analys av ATL E3 Ubiquitin Ligase gen familjen i Grapevine
check_url/63655?article_type=v

Omfattande arbetsflöde för masspektrometribaserade hagelgevärsproteomik av vävnadsprover

Read Article