Zika virüs belirli tanılama Epitope bulma

Immunology and Infection

Your institution must subscribe to JoVE's Immunology and Infection section to access this content.

Fill out the form below to receive a free trial or learn more about access:

Welcome!

Enter your email below to get your free 10 minute trial to JoVE!





We use/store this info to ensure you have proper access and that your account is secure. We may use this info to send you notifications about your account, your institutional access, and/or other related products. To learn more about our GDPR policies click here.

If you want more info regarding data storage, please contact gdpr@jove.com.

 

Summary

Bu protokol için bir yüksek yoğunluklu peptid Mikroarray kullanarak Zika virüs belirli tanılama peptidler keşfetmek için bir teknik açıklar. Bu iletişim kuralı readly ortaya çıkan diğer bulaşıcı hastalıklar için adapte edilebilir.

Cite this Article

Copy Citation | Download Citations

Sabalza, M., Barber, C. A., Abrams, W. R., Montagna, R., Malamud, D. Zika Virus Specific Diagnostic Epitope Discovery. J. Vis. Exp. (130), e56784, doi:10.3791/56784 (2017).

Please note that all translations are automatically generated.

Click here for the english version. For other languages click here.

Abstract

Yüksek yoğunluklu peptid microarrays tek standart mikroskobu slaytta altı binden fazla peptidler tarama sağlar. Bu yöntem ilaç bulma, terapötik hedef tanımlama ve geliştirme için uygulanabilir teşhis. Burada, belirli Zika virüs (ZIKV) tanı peptidler yüksek yoğunluklu peptid Mikroarray kullanarak keşfetmek için bir protokol mevcut. ZIKV enfeksiyon 3,423 benzersiz 15 doğrusal amino asit (aa) kalıntıları bir 14-aa kalıntısı örtüşme ile tercüme tüm ZIKV protein içeren bir yüksek yoğunluklu peptid Mikroarray ile inkübe için doğrulanmış bir insan serum örneği içinde yinelenen baskılı. Aynı dizi içinde farklı ikincil antikorlar ile boyama, immünglobulin M (IgM) ve immünoglobulin G (IgG) antikor serum içinde mevcut bağlayabilirsiniz peptidler tespit ettik. Bu peptidler daha fazla doğrulama denemeleri için seçildi. Bu protokol için tasarım, işlemek ve yüksek yoğunluklu peptid Mikroarray çözümlemek için takip strateji tanımlarlar.

Introduction

Vektörel çizimler, dağılım ve belirtiler Dang Chikungunya virüsü enfeksiyonu ve1ile paylaşır çünkü Zika virüs (ZIKV) tanı klinik belirtiler dayalı meydan okuyor. Olumsuz gebelik çıktıları gebelik sırasında ZIKV ile enfekte kadınlarda için risk göz önüne alındığında, 3 virüs arasında ayırt etmek önemlidir. Geçerli moleküler tanı testleri belirli olmasına rağmen onlar sadece akut enfeksiyon2,3nispeten kısa dönemde kan ya da tükürük yararlıdır. Serolojik deneyleri enfeksiyon4bu başlangıç dönemi dışında tanı için gereklidir.

ZIKV belirli serolojik tahlil gelişimi iki nedenden dolayı zordur: ilk olarak, insan bağışıklık sistemi yanıt Zika antijenleri şu anda bilinmemektedir; ve ikincisi, korunmuş flaviviruses amino asit dizileri antikor olan teşvik. Hedefimiz işlem Tanı'daki kullanılmak üzere benzersiz ZIKV belirli peptidler keşfetmek oldu. FAJ, bakteriyel, dahil olmak üzere tüm proteinler kapsayan ekran peptid kitaplıkları için farklı yaklaşımlar geliştirilmiştir ve Maya yüzey görüntülemek5,6,7,8,9, 10. Hızlı ve ucuz yüksek üretilen iş serolojik gösterimleri11,12 izin veren bir yüksek yoğunluklu peptid Mikroarray kullanmak bizim strateji olmuştur ve daha sonra belirlenen peptidler geçerli serolojik geliştirmek için kullanılabilir deneyleri ZIKV enfeksiyon algılanması için.

Bu iletişim kuralı bir yüksek yoğunluklu peptid Mikroarray (şekil 1) kullanarak Zika virüs belirli tanılama peptidler keşfi sağlar. Yüksek yoğunluklu peptid Mikroarray peptid lazer baskı teknolojisi kullanılarak üretilmiştir. 3,423 amino asit kalıntıları eklenmesi ile oluşan tüm ZIKV protein sıra tabanlı Fransız Polinezya strain (GenBank: KJ776791.2), 14 amino asit kalıntılarında için yinelenen bir çakışma ile 15 doğrusal kalıntılarının bloklar halinde standart cam slayt üzerinde yazılı bir Toplam 6,846 peptid noktalar. Tüm Zika protein sıra peptidler yanı sıra Mikroarray grip hemagglutinin kullanır (HA) peptidler iç kontrol için.

Bir Zika olumlu Wadsworth Merkezi'nden (Albany, NY), elde edilen serum örneği belirli immünglobulin M (IgM) ve immünoglobulin G (IgG) Reaktif peptidler tanımlamak için kullanılan geçerliliği. Örnek ile gecede kuluçka sonra Mikroarray bir ikincil fluorochrome konjuge antikoru (Anti-insan IgM veya anti-insan IgG) ile lekeli ve Mikroarray tarayıcı üzerinde analiz. Miktar spot yoğunluklarda ve peptid ek açıklama Mikroarray üretilen aynı şirket tarafından sağlanan özel bir yazılım ile gerçekleştirildi.

Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.

Protocol

Bu veri, New York University College, diş hekimliği bir devam eden araştırma parçasıdır ve New York Üniversitesi Tıp Fakültesi, IRB kurumsal inceleme kurulca onaylanmış # H10-01894. Bu çalışmada kullanılan klinik örnekler daha önce kullanılan tanı ve izinle üzerinden Wadsworth Center, New York Dışişleri Bakanlığı Sağlık, Albany, NY de-tespit edildi.

1. ZIKV yüksek yoğunluklu peptid Mikroarray slayt yükleme içinde belirli bir kuluçka tepsi

  1. Cam slayt pudrasız eldiven kullanarak kenarları tarafından ele. Cam slayt 75.4 mm 25.0 mm ve 1 mm kalın boyutlardır. Slaydı yukarı dönük olacak şekilde Mikroarray yüzeyli kuluçka tepsisine yerleştirin.
  2. Aşağıya doğru Mikroarray yazdırılan yüzeye karşı karşıya mühür parlak yanına koyun. İyi bir pozisyon sağlamak için vida deliklerini taban plakası ve mühür üst üste.
  3. Üst kısmındaki tepsiyi Mikroarray odası oluşturmak için mühür üzerine yerleştirin.
  4. Slayt içinde belgili tanımlık tepsi eşit taktıktan birbiri ardına sağ alt tarafından takip sol üst başlayarak bir alternatif model elle sıkılaştırma tarafından güvenli. Kuluçka tepsisi kapağını yerleştirin.

2. arka plan etkileşim algılama: Mikroarray ikincil antikorlar ile boyama

Not: bir pipet (Standart ve engelleme arabellekleri, seyreltilmiş ikincil antikorlar) çözümleri Mikroarray odası köşede yatırmak için kullanabilir.

  1. Standart arabelleği (0,45 µm filtre ile filtre 1 fosfat tamponlu tuz (PBS), %0.05 ara 20, pH 7.4, x) ile Mikroarray kuluçkaya (toplam hacmi 2.000 µL/Mikroarray), oda sıcaklığında (RT) üzerinde bir orbital Çalkalayıcı 140 devirde 15 dakika.
  2. Standart arabellek Mikroarray odası köşesinden bir pipet ile alıyorum tarafından kaldırın. Boş slayt sahipleri Mikroarray slayt kırma önlemek için boş slaytlar ile doldurun.
  3. RT üzerinde bir orbital Çalkalayıcı 140 RPM, 60 dk için engelleme arabellek (toplam hacmi 2.000 µL/Mikroarray) ile Mikroarray engelleyin.
  4. Engelleme arabellek Mikroarray odası köşesinden bir pipet ile alıyorum tarafından kaldırın.
  5. İkincil antikor, Birleşik Anti-insan IgM fluorochrome ile Mikroarray kuluçkaya, RT, 30 dk içinde bir orbital Çalkalayıcı 140, karanlık için (%10 standart arabellek arabellek engelleme) seyreltilmiş 1: boyama içinde 5.000 (toplam hacmi 2.000 µL/Mikroarray) tampon d/dak.
  6. İkincil antikor Mikroarray odası köşesinden bir pipet ile alıyorum tarafından kaldırın.
  7. 3 Mikroarray yıkama x, 1 min başına yıkama ile standart arabellek (2.000 µL/Mikroarray RT bir orbital Çalkalayıcı 140 devirde tarih itibariyle toplam hacmi. Her yıkama sonra standart arabellek Mikroarray odası köşesinden bir pipet ile alıyorum tarafından kaldırın.
  8. Slayt 2 sokmak içine taze hazırlanmış daldırma arabellek (1 mM Tris, pH 7,4) x, (toplam hacmi 200 mL).
  9. Mikroarray dikkatle, yaklaşık 1 dakika için slayt altına çok dikkatli bir şekilde üstten aşırı sıvı slayt yüzeyine dokunmadan alıyorum tarafından kuru. Slayt içinde a microarray tarayıcı okuyucu analiz.

3. Serum barındırması Mikroarray pozlama

Dikkat: Seviye 2 (BSL-2) serum örnekleri potansiyel bulaşıcı doğası nedeniyle laboratuvar güvenlik koşulları altında bu adımı gerçekleştirin. Bir sınıf II biyolojik güvenlik içinde dolap (BSC) çalışır.

  1. Serum örneği için 30 dk 56 ° C'de ve 16.000 rcf, santrifüj 4 ° C135 min için devre dışı bırakabilirsiniz.
    Not: bir pipet (boyama, standart tampon ve seyreltik serum) çözümleri Mikroarray odası köşede yatırmak için kullanabilir.
  2. Serum örneği boyama arabelleği 1:1,000 (toplam hacmi 2.000 μL/Mikroarray) seyreltme ile başlayan sulandırmak. 4 ° C'de kullanımı kadar devam et.
  3. RT bir orbital Çalkalayıcı 140 devirde tarih itibariyle 15 dakika Mikroarray boyama arabelleği (toplam hacmi 2.000 μL/Mikroarray) ile kuluçkaya.
  4. Boyama arabellek Mikroarray odası köşesinden bir pipet ile alıyorum tarafından kaldırın.
  5. Gecede 4 ° C'de bir orbital Çalkalayıcı 140 devirde üzerinde seyreltik serum örneği ile Mikroarray kuluçkaya.
  6. Seyreltik serum örneği tarafından Mikroarray odası köşesinden bir pipet ile alıyorum kaldırın.
  7. 3 Mikroarray yıkama x, 1 min başına yıkama ile standart arabellek (2.000 μL/Mikroarray RT bir orbital Çalkalayıcı 140 devirde tarih itibariyle toplam hacmi. Her yıkama sonra standart arabellek Mikroarray odası köşesinden bir pipet ile alıyorum tarafından kaldırın.

4. ikincil antikorlar ve etiketli denetim antikorlar ile boyama

Not: bir pipet (Standart arabellekleri, seyreltilmiş ikincil ve etiket antikorlar) çözümleri Mikroarray odası köşede yatırmak için kullanabilir.

  1. İkincil antikor boyama arabellekte sulandırmak.
    Not: Kullanım Anti-insan IgM fluorochrome antikor veya anti-insan IgG fluorochrome konjuge antikor 1:5,000 (toplam hacmi 2.000 µL/Mikroarray) Boyama arabellekte bir seyreltme, Birleşik.
  2. Mix kontrol etiket antikor (monoklonal anti-HA fluorochrome Birleşik), daha önce tampon boyama seyreltilmiş ikincil antikor ile tampon boyama içinde 1:1,000 (toplam hacmi 2 000 µL/Mikroarray) seyreltme.
  3. RT, 30 dk içinde karanlık bir orbital Çalkalayıcı 140 devirde Mikroarray ile kuluçkaya.
  4. Seyreltilmiş ikincil ve etiket antikorlar tarafından Mikroarray odası köşesinden bir pipet ile alıyorum kaldırın.
  5. 3 x standart arabellek (toplam hacmi 2.000 µL/Mikroarray) ile yıkayın. Her yıkama 1dk bir orbital Çalkalayıcı 140 devirde üzerinde içindir. Her yıkama sonra standart arabellek Mikroarray odası köşesinden bir pipet ile alıyorum tarafından kaldırın.

5. Mikroarray tarama

  1. Slayt 2 sokmak x içine taze hazırlanmış daldırma arabellek (1 mM Tris, pH 7,4) (toplam hacmi 200 mL).
  2. Kuru Mikroarray dikkatle, çok dikkatli bir şekilde en baştan slayt köküne slayt yüzeyine dokunmadan alıyorum tarafından yaklaşık 1 dk,.
  3. Tarayıcının talimatları Mikroarray inceden inceye gözden geçirmek. Slayt tarayıcı üzerine yazdırılan yüzeye yukarı dönük olacak şekilde yerleştirin.
  4. Yeni bir proje oluşturmak ve tarama alanını seçin. Tarayıcı parametreleri olarak belirleme: çözünürlük: 21 µm, 700 ve 800 nm kanallar için yoğunluğu: 7.0, tarama kalitesi: Orta ve uzaklık: 0.8.
  5. Elde etmek ve tarama raw görüntü bir 16-bit gri tonlamalı TIFF dosya biçiminde kaydedin.

6. Mikroarray belirli bir yazılım kullanarak çözümleme

  1. Ham görüntü (TIFF İmaj) açın. Dizi kılavuz dosyasını açın.
  2. Bilgisayar fare veya klavye ok tuşları ile tarama görüntü dizi kılavuza hizalayın.
  3. "Ölçmek seçimi" sinyal yoğunluğu her nokta için arka plan değeri ve karşılık gelen peptit dizisi içeren bir okuma dosyası oluşturur belirli yazılımında seçin.
    Not: Bu çıkış dosyası Ayrıca ek çözümleme ve grafik için bir elektronik tablo programına aktarılabilir.

7. Mikroarray depolama

  1. Oksijen serbest azot veya argon gazı altında 4 ° C'de karanlıkta mühürlü Mikroarray saklayın.

Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.

Representative Results

Açıklanan protokolü kullanılarak elde edilen sonuçları Şekil 2 ' de gösterilen ve şekil 3. Hiçbir arka plan etkileşimleri Mikroarray ikincil Anti-insan IgM (veri gösterilmez) ile önceden boyama zaman kaydedilmiştir. Anti-bir insanla IgM boyama eşlenik yukarıda arka plan yeşil Floresans yoğunluklarını, IgM ile Bu peptidler (Şekil 2) ana bilgisayar serum örneğinde bağlama gösteren birçok alanında sonuçlandı. Algılama IgG (kırmızı Floresans sinyal) ortaya sadece birkaç peptidler (Şekil 2).

Mikroarray üretilen aynı şirket tarafından sağlanan belirli yazılım Mikroarray taramadan sonra analiz eder. Oluşturulan okuma dosyası her nokta için sinyal yoğunluğu, arka plan değeri ve karşılık gelen peptit dizisi içerir. Her peptid IgM için güçlü bir tepki ile spot Floresans yoğunluklarda satır değeri (şekil 3) kökenli çıkarılarak sonra elde edilen yeşil ön plan ortanca değerler komplo tarafından görüntülenmiştir.

Figure 1
Şekil 1: Yüksek yoğunluklu peptid Mikroarray için analiz süreci gösterilen şematik. Bu rakam daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için buraya tıklayınız.

Figure 2
Resim 2: Peptid Mikroarray Taranan görüntüleri. ZIKV serum ile kuluçka sonra peptid Mikroarray boyama ham Floresans görüntüleri seyreltilmiş 1:250 örnek. IgG reaktivite kırmızı (sol) olarak tasvir edilir ve IgM reaktivite yeşil (doğru) gösterilir. HA denetim peptidler peptid Mikroarray çerçeve. Panelleri göster grubunda peptidler yüksek Floresans yoğunluklarını, IgM veya IgG güçlü bir tepki gösteren ile zoom. Bu rakam daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için buraya tıklayınız.

Figure 3
Şekil 3: Temsilcisi Zika virüs Epitope fikir birliği sıra IgM ana bilgisayar Serum örneğinde ile tepki. Yeşil ön plan medyan değerleri üzerinden peptidler örtüşen bir grafiğin üzerine çizilmiş. Peptidler epitope fikir birliği serisinden kırmızıyla vurgulanır. En yüksek floresan yoğunluğu ile peptid kalın olarak işaretlenir. Vektör grafik tasarım yazılımı bu rakam oluşturmak için kullanılan temel. Bu rakam daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için buraya tıklayınız.

Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.

Discussion

Biz tüm Zika virüs protein (Fransız Polinezya zorlanma) sıra içeren bir yüksek yoğunluklu peptid Mikroarray kullanan bir iletişim kuralı tasarlanmıştır. Mikrodizi yazdırma 3,423 farklı örtüşen doğrusal peptidler tarafından üretildi. Her peptid 15 amino asitler yapıldı ve onun en yakın komşu sırada (Yani, 14 kalıntı örtüşme) üzerinden tek bir kalıntı tarafından çeşitli. Daha kısa örtüştüğü yazdırılabilmesi için epitope eşleme ile uzun örtüştüğü daha kesin olsa da. Her peptid güvenilirliği artırmak için yinelenen basıldı.

Önceden Mikroarray olası arka plan etkileşimleri algılamak ve onları örnek belirli sinyalini ayırmak için ikincil antikor ile boyama ile işlemini başlatmak için gereklidir. Belirli bir engelleme arabellek kullanarak da sığır Serum Albumin (BSA) veya kurutulmuş süt tozu düşük sinyal şiddeti neden olabilir gibi diğer engelleme arabellek olarak önemlidir. Doğrulanmış serum örneği ZIKV IgM antikorları için ilk 1:1,000, Mikroarray ile inkübe ama hiçbir sinyal algılandı. Sonraki kuluçka 1:500 daha düşük bir seyreltme, IgM antikor örnek ile tepki peptidler gelen düşük yoğunluklu sinyal sonuçlandı. Zika doğrulanmış serum örneği 1:250 seyreltilmiş zaman en iyi sonuçlar elde. Biz arka plan sinyal artış önlemek için daha yüksek bir konsantrasyon, serum örneği tekrar test değil. Mikrodizi dikkatli işleme Mikroarray yüzeyi çizilmemesi önlemek için önemlidir. Bu nedenle, böyle bize serum ve standart arabellek seyreltilmiş için eklendiğinde ve kaldırıldığında Mikroarray odası köşesinden çözümleri. Ayrıca, başarılı bir sonuç için en az örnek birimler ile çalışma izin vermek için tasarlanmıştır Mikroarray imal şirketi tarafından sağlanan slayt belirli kuluçka tepsi önemlidir. Kuluçka tepsi 13.0 cm 9, 0 cm ve 3 cm kalın boyutlardır. Orada 3 slaytlar aynı anda 3 farklı slaytlar raporlaması izin boşluklar kuluçka tepsisinde belirlenmiş. Ancak, bu deneyde sadece 1 slayt kullandık. Boş mikroskop slaytlar Denge tepsi ve dizi slayt kırma önlemek için diğer iki boşluklar içinde yerleştirildi. Kuluçka tepsi 4 bölümden oluşur: belirlenen boşluklar içinde; slaytların yerleştirildiği bir taban plakası Her slayt diğerlerinden ayırmak için silikon uydurduğum bir mühürleyen; mühürleyen taban plakası ile katılmak ve arabellek veya serum örneği yıkama gibi tahlil için çözümler eklemek için Mikroarray chambers oluşturmak üzere parmak vidası içeren bir üst bölümü. Mühürleyen ve üst kısmı kirlenme veya çözümleri slaytlar arasında karıştırma önlemek. Son bölümde buharlaşma riskini veya çevresel kirlenme örneklerin en aza indirmek için bir kapak bileşenidir. Orbital Çalkalayıcı ıslatma ve koşullar boyama en iyi almak için tercih edilir.

Ne zaman bağlı olarak bulaştırmak virüs ana bilgisayar elde edilen belirli Zika IgM antikor konsantrasyon sera yüksek veya düşük olabilir. Bu nedenle, IgM yoğun ile serum örneği kullanarak göreli Floresans sinyal şiddeti artıracak beklenen oldu. IgM algılama sonra aynı serum örneği 1:250 Mikroarray ile seyreltme, inkübe ama bir anti-insan IgG ikincil antikor kullanıldı. Alternatif olarak, farklı antikor sınıfları aynı anda farklı floresan boyalar ile ikincil antikorlar her Birleşik karışımı kullanarak aynı Mikroarray içinde tespit edilebilir. Sinyal yoğunluğu düşük ise aynı Mikroarray daha fazla konsantre serum örneği ile Boyanabilen. Eğer düzgün depolanan Mikroarray birkaç ay için kararlı ve muhtemelen tekrar kullanılabilir.

Miktar spot yoğunluklarda ve peptid ek açıklamalar da dizi biçimi şablon ile bir ".psf" dosyası sağlar Mikroarray imal şirket özel mülk yazılım kullanılarak gerçekleştirildi. Psf dosya aslında ham tarayıcı görüntü özel mülk yazılım kullanarak uyumlu bir kılavuzdur. Bir bilgisayar yazılımı algoritma her spot göreli Floresans yoğunluklarda ham içine çözümler (yoğunluk değeri Spot'un sinyal), ön ve arka (non-spesifik bağlama tarafından neden sinyal tahmini değeri) (düşülen arka plandan ham değer) sinyal. Ayrıca ön plan medyan değerleri ve toplama ön plan ortanca karşılık gelen her peptid yinelenen içinde iki medyan spot değerlerin ortalamasını hesaplar. Buna ek olarak, fikir birliği motifleri/epitope peptidler örtüşen içinde belgili tanımlık bilgisayar yazılımı tanımlar. Alternatif olarak, sinyali yoğunluklarda sayısal peptit dizisi Mikroarray tarayıcı yazılımı ve sonra dizi biçimi şablon kullanılarak belirlenebilir.

Bu iletişim kuralı birkaç umut verici peptid aday floresan yoğunluğu dayalı tespit edilmiştir. Sonraki patlama14 analizi ile diğer flavivirus için potansiyel olan artıkları tanımlamak için kullanıldı. 14 tanımlanan peptidler toplam 3 Proteom veritabanlarında tanımlanan gibi ZIKV mevcut bulunmaktadır. Microarrays ikinci bir dizi planlanan ilk dizideki seçili peptidler içerecektir. Bu birden fazla doğrulanmış örneklerin yanı sıra sadece flavivirus'ın dışında ZIKV ile enfekte insanlar örnekleri özgüllüğü onaylamak için test sağlar. Tarama için seçili peptidler pilakalar kaplama ve ZIKV belirli antikor bağlanma insan serum ve tükürük örnekleri test ELISA tahlil biçimi uyum sağlayacaktır.

ZIKV işlem seviye 2 (BSL-2) tesis15dakika içinde çalışma gerektirir. ZIKV enfeksiyon için doğrulanmış bir serum örneği ile çalışırken tüm örnek manipülasyon içinde bir sınıf II (veya üstü) biyolojik güvenlik kabini (BSC) gerçekleştirme BSL-2 tesiste çalıştık. Bu yüzden biz Mikroarray13örnekle kuluçka önce serum örneği için 30 dk 56 ° C'de Isıtma virüsü inaktive olur. Isı inactivation da tavsiye edilir enfeksiyon olasılığını önlemek için bir BSL-2 tesiste uygun iyi laboratuar Emanet uygulaması ile çalışmaya devam.

Biz tasarlanmış Mikroarray yalnızca doğrusal peptidler ve tanılama kaçırdım bu değerli olabilir dolayısıyla konformasyon epitopları içerir. Bu sınırlama bir yüksek yoğunluklu kullanarak ele alınması Mikroarray ilmekledi epitope taklit döngüsel kısıtlanmış peptidler içeren yapıları16. Protein sırası bilinir bir kez yeni bir Mikroarray olası tanı peptidler keşfi için tasarlanmamış için bu protokolü hızla diğer patojenleri için adapte edilebilir. Biyomarker keşif17, antijen ve epitope bulma için aşı geliştirme veya tedavi hedefleri18,19gibi diğer uygulamalar için uyarlanabilir.

Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.

Disclosures

Yazarlar ifşa gerek yok.

Acknowledgments

Geçerli destek NIDCRR44 DE024456 bir SBIR (küçük iş yenilik araştırma) yönetim ek grant tarafından sağlanır. NIDCR dışında gelişti NIDCR HIV verme doğrulayıcı bir bakım noktası kontrol kalkınma HIV U01 DE017855 verin. Biz minnetle kabul Silke Weisenburger(PEPperPRINT Heidelberg, Germany) onun teknik yardım ve tür destek için. Ayrıca NYU Langone Tıp Merkezi LI-COR Odyssey görüntüleme sistemi için teşekkür ediyoruz.

Materials

Name Company Catalog Number Comments
PEPperCHIP Custom Peptide Microarray PEPperPRINT PPC.001.001 Custom peptide micarray: our microarray contains the entire Zika virus protein sequence
PEPperCHIP incubation tray 3/1 PEPperPRINT PPC.004.001
PEPperCHIP Staining Kit (680 nm) (anti-HA, DyLight labeling) PEPperPRINT PPC.037.002
PepSLide Analyzer PEPperPRINT PSA.004.001 14-days free License for Windows
Rockland Blocking buffer Rockland MB-070
anti-human IgM (mu chain) DyLight 800 Rockland 609-145-007
anti-human IgG Fc DyLight 680 Thermo Scientific SA5-10138
LI-COR Odyssey Imaging System LI-COR
Orbital shaker device IKA MTS 2/4 digital microtiter shaker
Adobe Illustrator Adobe
Deltagraph Redrocks

DOWNLOAD MATERIALS LIST

References

  1. Kelser, E. A. Meet dengue's cousin. Zika. Microbes Infect. 18, (3), 163-166 (2016).
  2. Musso, D., et al. Detection of Zika virus in saliva. J Clin Virol. 68, 53-55 (2015).
  3. Siqueira, W. L., et al. Oral Clinical Manifestations of Patients Infected with Zika Virus. Oral Health. (2016).
  4. Duarte, G. Challenges of Zika Virus Infection in Pregnant Women. Rev Bras Ginecol Obstet. 38, (6), 263-265 (2016).
  5. Buus, S., et al. High-resolution mapping of linear antibody epitopes using ultrahigh-density peptide microarrays. Mol Cell Proteomics. 11, (12), 1790-1800 (2012).
  6. Kouzmitcheva, G. A., Petrenko, V. A., Smith, G. P. Identifying diagnostic peptides for lyme disease through epitope discovery. Clin Diagn Lab Immunol. 8, (1), 150-160 (2001).
  7. Hamby, C. V., Llibre, M., Utpat, S., Wormser, G. P. Use of Peptide library screening to detect a previously unknown linear diagnostic epitope: proof of principle by use of lyme disease sera. Clin Diagn Lab Immunol. 12, (7), 801-807 (2005).
  8. t Hoen, P. A., et al. Phage display screening without repetitious selection rounds. Anal Biochem. 421, (2), 622-631 (2012).
  9. Townend, J. E., Tavassoli, A. Traceless Production of Cyclic Peptide Libraries in E. coli. ACS Chem Biol. 11, (6), 1624-1630 (2016).
  10. Turchetto, J., et al. High-throughput expression of animal venom toxins in Escherichia coli to generate a large library of oxidized disulphide-reticulated peptides for drug discovery. Microbial Cell Factories. 16, (1), 6 (2017).
  11. Carmona, S. J., Sartor, P. A., Leguizamon, M. S., Campetella, O. E., Aguero, F. Diagnostic Peptide Discovery: Prioritization of Pathogen Diagnostic Markers Using Multiple Features. Plos One. 7, (12), e50748 (2012).
  12. Lagatie, O., Van Dorst, B., Stuyver, L. J. Identification of three immunodominant motifs with atypical isotype profile scattered over the Onchocerca volvulus proteome. PLoS Negl Trop Dis. 11, (1), e0005330 (2017).
  13. Basile, A. J. Development and validation of an ELISA kit (YF MAC-HD) to detect IgM to yellow fever virus. J Virol Methods. 225, 41-48 (2015).
  14. Madden, T. The BLAST Sequence Analysis Tool. The NCBI Handbook. 2nd ed, (2013).
  15. Services, U. S. D. oH. aH. Biosafety in Microbiological and Biomedical Laboratories (BMBL). 5th ed, Vol. HHS Publication No. (CDC) 21-1112 (2009).
  16. Pellois, J. P., et al. Individually addressable parallel peptide synthesis on microchips. Nat Biotech. 20, (9), 922-926 (2002).
  17. Stafford, P., et al. Physical Characterization of the "Immunosignaturing Effect". Mol Cell Proteomics. 11, (4), (2012).
  18. Gardner, T. J., et al. Functional screening for anti-CMV biologics identifies a broadly neutralizing epitope of an essential envelope protein. Nat Commun. 7, (2016).
  19. Nixon, C. E., et al. Identification of protective B-cell epitopes within the novel malaria vaccine candidate P. falciparum Schizont Egress Antigen-1. Clin Vaccine Immunol. (2017).

Comments

0 Comments


    Post a Question / Comment / Request

    You must be signed in to post a comment. Please or create an account.

    Usage Statistics