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Apesar da importância dos patógenos da mucosa para a saúde pública (incluindo o HIV), relativamente pouco se sabe sobre a imunidade da mucosa, particularmente no trato genital feminino (FGT). Como a transmissão heterossexual agora representa o mecanismo dominante de transmissão do HIV, e dada a disseminação contínua de infecções sexualmente transmissíveis (DSTs), é fundamental entender a interação entre hospedeiro e patógeno na mucosa genital. As lacunas substanciais no conhecimento sobre a imunidade ao FGT são parcialmente devidas à dificuldade em coletar e processar amostras de mucosa com sucesso. Para facilitar estudos com tamanho amostral suficiente, as técnicas de coleta devem ser minimamente invasivas e eficientes. Para tanto, foi otimizado um protocolo para a coleta de amostras de escova citográfica cervical e posterior isolamento de células mononucleares cervicais (CMC). Usando imunofenotipagem baseada em citometria de fluxo ex vivo, é possível quantificar com precisão e confiabilidade as frequências e fenótipos da população de linfócitos/monócitos CMC. Essa técnica pode ser acoplada à coleta de lavagem cérvico-vaginal (CVL), que contém mediadores imunológicos solúveis, incluindo citocinas, quimiocinas e antiproteases, que podem ser usadas para determinar o ambiente anti ou pró-inflamatório na vagina.