Summary

Markerless Gene Deletion von Floxed Cassette Allelic Exchange Mutagenesis in Chlamydia trachomatis

Published: January 30, 2020
doi:

Summary

Hier wird eine Methode zur gezielten, markerlosen Genlöschung bei Chlamydia trachomatis mit Floxed Cassette Allelic Exchange Mutagenese, FLAEM beschrieben.

Abstract

Chlamydia trachomatis ist ein obligate intrazellulärer Erreger, der historisch schwer zu manipulieren war. Der endgültige Fortschritt bei der Aufklärung der Mechanismen, die C. trachomatis verwenden, um eine privilegierte intrazelluläre Nische zu schaffen und zu erhalten, war aufgrund des Mangels an genetischen Werkzeugen begrenzt. Glücklicherweise hat es in letzter Zeit mehrere neue Fortschritte bei den Techniken der genetischen Manipulation gegeben. Dazu gehört die Entwicklung der fluoreszenzgemeldeten allelischen Austauschmutagenese (FRAEM). Diese Methode ermöglicht die gezielte Genlöschung in Verbindung mit dem Einsetzen einer Selektionskassette, die für Antibiotikaresistenz und grünes fluoreszierendes Protein (GFP) kodiert. Die Abhängigkeit von dieser Strategie kann kompliziert sein, wenn Gene innerhalb polycistronischer Operonen auf das Potenzial polarer Effekte auf nachgeschaltete Gene abzielen. Floxed Kassette allelic Exchange Mutagenesis (FLAEM), das Protokoll, für das hier beschrieben wird, wurde entwickelt, um Kassetten-induzierte Polareffekte zu lindern. FLAEM nutzt die Cre-loxP-Genombearbeitung, um die Auswahlkassette nach gezieltem Löschen durch Allelaustausch zu entfernen. Die resultierenden Stämme enthalten markerlose Genlöschungen einer oder mehrerer Codierungssequenzen. Diese Technik erleichtert die direkte Beurteilung der Genfunktion und erweitert das Repertoire an Werkzeugen zur genetischen Manipulation bei C. trachomatis.

Introduction

Chlamydia trachomatis ist die Hauptursache für bakterielle sexuell übertragbare Krankheiten und stellt eine erhebliche Belastung für die menschliche Gesundheit dar. Über 100 Millionen Menschen sind jedes Jahr mit C. trachomatis1infiziert. Ungefähr 70% der Infektionen bei Frauen sind asymptomatisch, trotz schädlicher reproduktiver Gesundheitlichen Auswirkungen, wie beckenentzündliche Erkrankungen, ektopische Schwangerschaft, und/oder Unfruchtbarkeit. Krankheitsfortsetzungen stehen in direktem Zusammenhang mit der Immunpathologie, die durch die Infektion mit C. trachomatis initiiert wurde2. Ein wirksamer Impfstoff muss noch entwickelt werden; Daher ist das Verständnis der Funktion von bakteriellen Virulenzfaktoren und anderen bakteriellen Genprodukten eine wichtige und dringende Forschungsfrage.

Als intrazelluläre Bakterien, Wirtszellinvasion, intrazelluläre Replikation, Freisetzung von Nachkommen, und Ausweichen von Host immunologischen Reaktionen sind kritische Prozesse. C. trachomatis bildet ein parasitophores membrangebundenes Vakuol, das als Inklusion bezeichnet wird, für die intrazelluläre Entwicklung. Die Etablierung der Inklusion und viele andere kritische Prozesse werden durch Sekretion von Effektorproteinen über ein Typ-III-Sekretionssystem (T3SS)3erreicht. Die Aufklärung der Funktionen dieser sezernierten Effektoren war für viele Jahre aufgrund der genetischen Unnachgiebigkeit von C. trachomatisbegrenzt. Im Gegensatz zu E. colisind viele klassische Klontechniken nicht auf Chlamydienanwendbar. Einige wichtige Einschränkungen sind Transformationseffizienz, mangels Gegenauswahl-Reporter wie sacB und Plasmid-Wartung. Während E. coli-Plasmide in der Regel auf unbestimmte Zeit mit einem Ursprung der Replikation und einem angemessenen selektiven Druck aufrechterhalten werden können, benötigt C. trachomatis plasmide weitere acht offene Leserahmen(pgp1-8) für die Wartung, die auf dem nativen pL2-Plasmid innerhalb des L2-Serovar4gefunden werden.

In den letzten Jahren wurden mehrere genetische Werkzeuge generiert, die Chlamydias einzigartige Biologie aufnehmen, aber es gibt immer noch Einschränkungen5,6,7. Chemische Mutagenese durch Ethylmethansulfonat (EMS) Behandlung kann Fehlsinne Mutationen führen, oder (weniger häufig) kann in Nukleotid-Übergänge führen Einführung eines vorzeitigen Stop-Codon, um eine Unsinn-Mutation zu ergeben8. Transposon-Einfügung ist effizient für Genstörungen, aber die aktuelle Technologie in der Chlamydien-Forschung ist mühsam und zeitaufwändig9. Sowohl EMS-Behandlung als auch Transposon-Mutagenese-Techniken erzeugen zufällige Mutationen und erfordern strenge Screening-Methoden, um mutierte Stämme zu isolieren. Eine Methode zur Störung von Genen durch Einsetzen von Introns der Gruppe II (z. B. TargeTron) ermöglicht eine gerichtete Mutagenese; Diese Methode ist jedoch durch die Effizienz eingeschränkt, und die Einfügestelle wird nicht immer richtig vorhergesagt10.

Fluoreszenz-gemeldete allelische Austauschmutagenese (FRAEM) ist eine Strategie für die gezielte Genlöschung gekoppelt mit dem Einsetzen einer Selektionskassette mit Antibiotikaresistenz und einem Fluoreszenzreporter11. FraEM wird jedoch durch das Potenzial von kassetteninduzierten Polareffekten auf nachgeschaltete Gene erschwert, insbesondere wenn es um Gene innerhalb polycistronischer Operonen geht. Floxed Kassette allelic Exchange Mutagenesis (FLAEM) ist ein neuartiger genetischer Ansatz entwickelt, um die Kassette-induzierten Polareffekte zuvor mit der FRAEM-Auswahlkassette12beobachtet zu lindern. FLAEM nutzt die Cre-loxP-Genombearbeitung, um die Selektionskassette zu entfernen und die Expression nachgeschalteter Gene wiederherzustellen. Die Selektionskassette mit Antibiotikaresistenz und grünem Fluoreszenzprotein (GFP) wird mit flankierenden LoxP-Standorten umgestaltet. Diese loxP-Sites können in Gegenwart von Cre Recombinase rekombinieren und zur Exzision der Kassette aus dem Genom13führen. Diese Strategie hat gezeigt, Kassette induzierte Polareffekte zu lindern, wenn tmeA zum Löschen12,14.

Sowohl FRAEM- als auch FLAEM-Methoden verwenden denselben Selbstmordvektor, pSUmC 4.0, der durch induzierbare Expression von pgp6 bedingt aufrechterhalten werden kann. Die Expression von pgp6 hat sich bisher als notwendig für die Plasmidretention erwiesen und wird daher zur Kontrolle der Plasmidpflege11,15genutzt. Wenn C. trachomatis in Medien angebaut wird, die mit wasserfreiem Tetracyclin (aTc) ergänzt werden, um pgp6 Expression zu induzieren, wird der Vektor beibehalten. In Ermangelung von aTc geht der Vektor verloren. Die gezielte Genlöschung wird durch den allelischen Austausch des Gens für die Selektionskassette erreicht. Die 3 kb Regionen direkt vor und flussabwärts des Zielgens dienen als Homologiearme zur Rekombination. Diese Arme werden in den pSUmC 4.0-Vektor geklont, der die Auswahlkassette flankiert. Erfolgreiche C. Trachomatis Transformation und Rekombination summieren sich an Fluoreszenzberichten. Der Ausdruck von mCherry auf dem Vektor-Backbone und gfp innerhalb der Selektionskassette ergeben rote und grüne fluoreszierende Einschlüsse. Sobald aTc aus Kulturmedien entfernt wurde, weisen nur grüne Einschlüsse auf erfolgreiche Rekombinationsereignisse mit dem Verlust des Selbstmordvektors und der Integration der Selektionskassette in das bakterielle Genom hin.

FLAEM stellt eine Erweiterung von FRAEM durch nachfolgende Transformation eines Cre Recombinase-expressing Vektors, pSU-Cre, in den neu geschaffenen mutierten Stamm dar. Die Cre-Rekombinantase erleichtert die Rekombination zwischen loxP-Standorten und die Exzision der Selektionskassette. Rekombinationsereignisse werden über die Fluoreszenzberichterstattung angezeigt. Der pSU-Cre-Vektor kodiert mCherry; Daher wird eine erfolgreiche Transformation durch Zugabe von roter Fluoreszenz zu gfp-exezierenden Einschlüssen angezeigt. Der Anbau ohne selektiven Druck für die Kassette führt zu einer cre-vermittelten Rekombination an den LoxP-Standorten, und der Verlust der Kassette wird durch reine Roteinschlüsse angezeigt. Wie bei pSUmC-4.0 wird die induzierbare Expression von pgp6 verwendet, um pSU-Cre bedingt aufrechtzuerhalten. Sobald aTc und Antibiotika-Auswahl entfernt sind, wird das Plasmid ausgehärtet, und der resultierende markerlose Deletionsstamm ist nicht fluoreszierend. Diese Methode befasst sich mit dem Problem der kassetteninduzierten Polareffekte.

Protocol

1. Entwurf und Montage von pSUmC-4.0 mit Homologie-Waffen spezifisch für das Gen von Interesse Identifizieren Sie 3 kb Regionen direkt vor und nach dem Gen, das zum Löschen bestimmt ist, um als 5′ und 3′ Homologiearme für homologe Rekombination zu dienen (Abbildung 1). Design PCR Primer auf 1) verstärken den 3 kb 5′ Homologiearm aus chlamydialgenomer DNA und 2) enthalten einen 15–30 bp Überhang spezifisch für pSUmC-4.0, wenn er an der Sall-Restriktionsenzym-Site v…

Representative Results

Die Methode zur markerlosen Genlöschung bei C. trachomatis mit FLAEM ist auf sorgfältige Klon- und Transformationstechniken angewiesen. Eine erfolgreiche allelische Rekombination ist ein wesentlicher erster Schritt und erfordert die Identifizierung und Einfügung von Homologiearmen in den pSUmC-4.0 Klonvektor (Abbildung 1). Ein wesentlicher zweiter Schritt für die markerlose Genlöschung ist die Entfernung des Fluoreszenzreporters und der Antibiotikaauswahlkassette durch Cre-lox-…

Discussion

Das hier beschriebene Protokoll zur Erzeugung von markerlosen Genlöschungen in C. trachomatis durch FLAEM ermöglicht die gezielte Löschung nicht essentieller Gene und eliminiert kassetteninduzierte Polareffekte. Das Protokoll stützt sich auf eine sorgfältige Gestaltung von 5′ und 3′ Homologiearmen, die in den pSUmC 4.0 Selbstmordvektor eingesetzt werden, eine effiziente Transformation von C. trachomatis und ein sorgfältiges Screening isolierter mutierter Stämme. Erfolgreiche Genom-Engineering mit…

Disclosures

The authors have nothing to disclose.

Acknowledgements

Diese Arbeit wurde durch Zuschüsse des National Institute of Health, NIAID (Grants A1065530 und Al124649) an K.A. Fields unterstützt.

Materials

Agarose KSE Scientific BMK-A1705 Molecular Biology Grade
Anhydrotetracycline hydrochloride ACROS Organics 233131000
CaCl2 Buffer 10 mM Tris pH 7.4, 50 mM Calcium Chloride Dihydrate
Calcium Chloride Dihydrate Sigma C7902-500G Suitable for cell culture
Cycloheximide Sigma 7698-1G
dam/dcm Competent E. coli New England BioLabs C2925H
DMSO ATCC 4-X Sterile filtered cell culture tested
Glutamic acid Sigma G8415-100G L-Glutamic acid
Growth Media #1 RPMI 1640 media supplemented with 10 % (vol/vol) heat-inactivated fetal bovine serum (FBS).
Growth Media #2 RPMI 1640 media supplemented with 10 % (vol/vol) heat-inactivated fetal bovine serum (FBS) and 1 µg/mL cycloheximide
Hanks' Balanced Salt Solution (HBSS) (1x) Gibco 24020-117
Heat Inactivated Fetal Bovine Serum Qualified One Shot (FBS) Gibco A38402-02
McCoy Cells ATCC CRL-1696
Monarch Plasmid Miniprep Kit New England BioLabs T1010S Small scale DNA purification
NaH2PO4 Sigma S3139-250G Sodium phosphate monobasic
Na2HPO4 Sigma S5136-500G Sodium phosphate dibasic
NEB 10-beta Electrocompetent E. coli Cells New England BioLabs C3020K
NEBuilder HiFi DNA assembly Cloning Kit New England BioLabs E5520S Gibson Assembly Kit
Penicillin G sodium salt Sigma P3032-10MU Bioreagent suitable for cell culture
QIAGEN Plasmid Maxi Kit QIAGEN 12162 Large scale DNA purification
Q5 Hot Start High-Fidelity DNA Polymerase New England BioLabs M0515 Fragment PCR Polymerase
RPMI 1640 Medium (1x) Gibco 11875-093 Containing 2mM L-glutamine
Sall-HF New England BioLabs R3138S
Sbfl-HF New England BioLabs R3642S
Selection Media #1 RMPI 10 % FBS, 1 µg/mL cycloheximide, 500 µg/mL spectinomycin, and 50 ng/mL anhydrous tetracycline dissolved in DMSO
Selection Media #2 RMPI 10 % FBS, 1 µg/mL cycloheximide, 500 µg/mL spectinomycin
Selection Media #3 RPMI 10 % FBS, 1 µg/mL cycloheximide, 50 ng/mL aTc, and 0.6 µg/mL penicillin
Sodium Acetate Buffer Solution Sigma S7899-100ML 3M
SOC Outgrowth Medium New England BioLabs B9020SVIAL
Spectinomycin dihydrochloride pentahydrate, Cell Culture Grade Alfa Aesar J61820
Sucrose Sigma S1888-1KG Bioreagent suitable for cell culture
Sucrose-Phosphate-Glutamate Buffer (SPG) 37.5g sucrose, 1.25 g Na2HPO4, 0.18 g NaH2PO4, 0.36 glutamic acid for 500 ml tissue culture grade water
Tris AMRESCO 0497-5KG Ultrapure grade
Trypsin-EDTA (1x) Gibco 25200-056 0.25%
Water Sigma W3500-500ML Sterile-filtered, BioReagent, Suitable for cell culture

References

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Cite This Article
Keb, G., Fields, K. A. Markerless Gene Deletion by Floxed Cassette Allelic Exchange Mutagenesis in Chlamydia trachomatis. J. Vis. Exp. (155), e60848, doi:10.3791/60848 (2020).

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