यहां वर्णित मच्छरों से उच्च गुणवत्ता वाले डीएनए निष्कर्षण का उत्पादन करने के लिए चुंबकीय मोतियों का उपयोग करके एक डीएनए निष्कर्षण प्रोटोकॉल है। ये निष्कर्षण एक डाउनस्ट्रीम अगली पीढ़ी के अनुक्रमण दृष्टिकोण के लिए उपयुक्त हैं।
चुंबकीय मोतियों और एक स्वचालित डीएनए निष्कर्षण उपकरण का उपयोग करके हाल ही में प्रकाशित डीएनए निष्कर्षण प्रोटोकॉल ने सुझाव दिया कि डाउनस्ट्रीम पूरे जीनोम अनुक्रमण के लिए पर्याप्त एक अच्छी तरह से संरक्षित व्यक्तिगत मच्छर से उच्च गुणवत्ता और मात्रा डीएनए निकालना संभव है। हालांकि, एक महंगे स्वचालित डीएनए निष्कर्षण उपकरण पर निर्भरता कई प्रयोगशालाओं के लिए निषेधात्मक हो सकती है। यहां यह अध्ययन बजट के अनुकूल चुंबकीय-मनका आधारित डीएनए निष्कर्षण प्रोटोकॉल प्रदान करता है, जो कम से मध्यम थ्रूपुट के लिए उपयुक्त है । यहां वर्णित प्रोटोकॉल का व्यक्तिगत एडीज एजिप्टी मच्छर के नमूनों का उपयोग करके सफलतापूर्वक परीक्षण किया गया । उच्च गुणवत्ता वाले डीएनए निष्कर्षण से जुड़ी कम लागत संसाधन सीमित प्रयोगशालाओं और अध्ययनों के लिए उच्च थ्रूपुट अनुक्रमण के आवेदन में वृद्धि होगी।
बेहतर डीएनए निष्कर्षण प्रोटोकॉल1 के हालिया विकास ने कई उच्च प्रभाव वाले डाउनस्ट्रीम अध्ययनों की अनुमति दी है जिसमें संपूर्ण जीनोम अनुक्रमण 2 ,3,4,5,6शामिल हैं । यह चुंबकीय मनका आधारित डीएनए निष्कर्षण प्रोटोकॉल व्यक्तिगत मच्छर नमूनों से विश्वसनीय डीएनए उपज प्रदान करता है, जो बदले में क्षेत्र संग्रह से पर्याप्त संख्या में नमूने प्राप्त करने से जुड़े लागत और समय को कम करता है।
जनसंख्या और परिदृश्य जीनोमिक्स में हाल की प्रगति सीधे पूरे जीनोम अनुक्रमण की घटती लागत के साथ सहसंबद्ध हैं। हालांकि पिछले डीएनए निष्कर्षण प्रोटोकॉल1 उच्च थ्रूपुट अनुक्रमण के साथ जुड़े क्षमता बढ़ जाती है, छोटे प्रयोगशालाओं/धन के बिना अध्ययन प्रोटोकॉल को लागू करने की लागत के कारण इन नए शक्तिशाली परिदृश्य और जनसंख्या जीनोमिक्स उपकरणों का उपयोग करने से बाहर निकलना हो सकता है (जैसे, विशेष उपकरणों की लागत) ।
यहां, एक संशोधित डीएनए निष्कर्षण प्रोटोकॉल प्रस्तुत किया गया है जो उच्च शुद्धता डीएनए प्राप्त करने के लिए Neiman एट अलके रूप में एक समान चुंबकीय मनका निष्कर्षण कदम का उपयोग करता है, लेकिन ऊतक लाइसिस और डीएनए निष्कर्षण के लिए उच्च लागत वाले उपकरणों पर भरोसा नहीं करता है। यह प्रोटोकॉल उच्च गुणवत्ता वाले डीएनए के >10 एनजी की आवश्यकता वाले प्रयोगों के लिए उपयुक्त है।
यहां वर्णित प्रोटोकॉल को अन्य कीट प्रजातियों के लिए अनुकूलित किया जा सकता है। निमैन एट अल में पेश किए गए प्रोटोकॉल के मूल संस्करण का परीक्षण कई प्रजातियों पर किया गयाहै, जिनमें एडीज एजिप्टी,…
The authors have nothing to disclose.
हम वेक्टर जनित रोगों के लिए उत्कृष्टता के प्रशांत दक्षिण पश्चिम क्षेत्रीय केंद्र से धन समर्थन स्वीकार रोग नियंत्रण और रोकथाम के लिए अमेरिका के केंद्रों द्वारा वित्त पोषित (सहकारी समझौता 1U01CK000516), सीडीसी अनुदान NU50CK000420-04-04, USDA राष्ट्रीय खाद्य और कृषि संस्थान (हैच परियोजना 1025565), UF/IFAS फ्लोरिडा मेडिकल कीट विज्ञान प्रयोगशाला फैलोशिप TSE-यू चेन, NSF CAMTech IUCRC चरण द्वितीय अनुदान (AWD05009_MOD0030), और फ्लोरिडा स्वास्थ्य विभाग (अनुबंध CODQJ) । इस लेख में निष्कर्ष और निष्कर्ष लेखक (ओं) के हैं और जरूरी नहीं कि अमेरिकी मछली और वन्यजीव सेवा के विचारों का प्रतिनिधित्व करें।
AE Buffer | Qiagen | 19077 | Elution buffer |
AL Buffer | Qiagen | 19075 | Lysis buffer |
AW1 Buffer | Qiagen | 19081 | Washing buffer 1 |
AW2 Buffer | Qiagen | 19072 | Washing buffer 2 |
MagAttract Suspension G | Qiagen | 1026901 | magnetic bead |
Magnetic bead separator | Epigentek | Q10002-1 | |
Nanodrop | ThermoFisher | ND-2000 | microvolume spectrophotometer |
PK Buffer | ThermoFisher | 4489111 | Proteinase K buffer |
Proteinase K | ThermoFisher | A25561 | |
Qubit | Invitrogen | Q33238 | fluorometer |