यह पेपर लिपिड झिल्ली के न्यूट्रॉन स्पिन इको (एनएसई) अध्ययनों में नमूना तैयारी, डेटा में कमी और डेटा विश्लेषण के लिए प्रोटोकॉल का वर्णन करता है। लिपिड के विवेकपूर्ण ड्यूटेरियम लेबलिंग मेसोस्कोपिक लंबाई और समय तराजू पर विभिन्न झिल्ली गतिशीलता तक पहुंच को सक्षम बनाता है, जिस पर महत्वपूर्ण जैविक प्रक्रियाएं होती हैं।
लिपिड बिलेयर कोशिका झिल्ली का मुख्य मैट्रिक्स बनाते हैं और अन्य महत्वपूर्ण सेलुलर प्रक्रियाओं के बीच पोषक तत्वों के आदान-प्रदान, प्रोटीन-झिल्ली बातचीत और वायरल नवोदित के लिए प्राथमिक मंच हैं। कुशल जैविक गतिविधि के लिए, कोशिका झिल्ली को कोशिका की अखंडता को बनाए रखने के लिए पर्याप्त कठोर होना चाहिए और इसके डिब्बों को अभी तक पर्याप्त तरल पदार्थ होना चाहिए ताकि झिल्ली घटकों, जैसे प्रोटीन और कार्यात्मक डोमेन को फैलाना और बातचीत करने की अनुमति दी जा सके। लोचदार और द्रव झिल्ली गुणों का यह नाजुक संतुलन, और जैविक कार्य पर उनके प्रभाव, मेसोस्कोपिक लंबाई और प्रमुख जैविक प्रक्रियाओं के समय तराजू पर सामूहिक झिल्ली गतिशीलता की बेहतर समझ की आवश्यकता होती है, उदाहरण के लिए, झिल्ली विरूपण और प्रोटीन बाध्यकारी घटनाएं। इस गतिशील रेंज की प्रभावी जांच करने वाली तकनीकों में न्यूट्रॉन स्पिन इको (एनएसई) स्पेक्ट्रोस्कोपी है। ड्यूटेरियम लेबलिंग के साथ संयुक्त, एनएसई का उपयोग सीधे झुकने और मोटाई में उतार-चढ़ाव के साथ-साथ चुनिंदा झिल्ली सुविधाओं की मेसोस्कोपिक गतिशीलता तक पहुंचने के लिए किया जा सकता है। यह पत्र एनएसई तकनीक का संक्षिप्त विवरण प्रदान करता है और डेटा संग्रह और कमी के निर्देशों के साथ-साथ नमूना तैयारी और ड्यूटेरेशन योजनाओं के विवरण सहित लिपोसोमल झिल्ली पर एनएसई प्रयोगों के प्रदर्शन के लिए प्रक्रियाओं को रेखांकित करता है। कागज में प्रमुख झिल्ली मापदंडों को निकालने के लिए उपयोग किए जाने वाले डेटा विश्लेषण विधियों का भी परिचय दिया गया है, जैसे कि झुकने वाली कठोरता मोडुलस, क्षेत्र संपीड़न मोडुलस, और इन-प्लेन चिपचिपाहट। एनएसई अध्ययनों के जैविक महत्व को समझाने के लिए, एनएसई द्वारा जांच की गई झिल्ली घटनाओं के चुनिंदा उदाहरणों पर चर्चा की जाती है, अर्थात् झिल्ली झुकने वाली कठोरता पर एडिटिव्स का प्रभाव, झिल्ली के उतार-चढ़ाव पर डोमेन गठन का प्रभाव, और झिल्ली-प्रोटीन इंटरैक्शन के गतिशील हस्ताक्षर।
पिछले कुछ दशकों में कोशिका झिल्ली और उनके कार्य की समझ उल्लेखनीय रूप से विकसित हुई है। कोशिका झिल्ली के पूर्व दृष्टिकोण को निष्क्रिय लिपिड बिलायर के रूप में जो कोशिका सीमाओं और घर की झिल्ली प्रोटीन को परिभाषित करताहै, धीरे-धीरे एक गतिशील मॉडल में बदल गया है जिसमें लिपिड बिलायर सेलुलर सिग्नलिंग, आणविक विनिमय और प्रोटीन फ़ंक्शन सहित महत्वपूर्ण जैविक प्रक्रियाओं को विनियमित करने में महत्वपूर्ण भूमिका निभाते हैं – कुछ2,3,4,5, 6नाम के लिए। यह बोध है कि कोशिका झिल्ली अत्यधिक गतिशील हैं, लगातार रिमॉडलिंग और आणविक पुनर्वितरण के दौर सेगुजर रहे हैं, झिल्ली7,8,9की संतुलन संरचनाओं से परे वैज्ञानिक अन्वेषणों का आग्रह किया है । तदनुसार, जैविक और बायोइंपरेड लिपिड झिल्ली में विभिन्न गतिशील मोड का अध्ययन करने के लिए कई दृष्टिकोण विकसित किए गए हैं। आज तक, इनमें से अधिकांश अध्ययनों ने मुख्य रूप से डिफ्यूरिव आणविक गति10, 11,12,13और स्थूल आकार के उतार-चढ़ाव14,15,16पर ध्यान केंद्रित किया है, जिससे मध्यवर्ती झिल्ली गतिशीलता को समझने में एक महत्वपूर्ण अंतर है, यानी लिपिड विधानसभाओं के सामूहिक उतार-चढ़ाव जिनमें लिपिड अणुओं के कुछ 10-100 शामिल हैं । ये गतिशीलता कुछ दसियों से कुछ 100 Å के लंबाई तराजू पर होती है और उप-एनएस के समय के तराजू से कुछ सौ एनएस (चित्रा 1देखें), जिसे यहां मेसोस्कोपिक तराजू के रूप में संदर्भित किया जाता है। वास्तव में इन पैमानों पर ही प्रमुख जैविक गतिविधि झिल्ली स्तर17पर होती है . इसमें वायरल नवोदित18, चैनल गेटिंग19और झिल्ली-प्रोटीन इंटरैक्शन20शामिल हैं । यहां यह बताना भी महत्वपूर्ण है कि झिल्ली प्रोटीन21, 22 के ऊर्जा परिदृश्य से पता चलता है कि प्रोटीन में अनुरूप परिवर्तन -उनकी नियामक भूमिका के लिए आवश्यक – एनएस समय तराजू पर होता है सामूहिक झिल्ली उतार-चढ़ाव के23, आगे कोशिका झिल्ली के जैविक कार्य में मेसोस्कोपिक गतिशीलता के महत्व पर जोर देते हैं और उनके बायोइंस्पाइरेड एनालॉग20। यह पेपर लिपिड झिल्ली में दो प्राथमिक मेसोस्कोपिक गतिशील मोड पर केंद्रित है, अर्थात्, उतार-चढ़ाव और मोटाई में उतार-चढ़ाव को झुकाना।
इन उतार-चढ़ाव मोड की सीधे जांच करने में मुख्य चुनौती मानक स्पेक्ट्रोस्कोपी विधियों का उपयोग करके उनके स्थानिक और लौकिक तराजू तक पहुंचने में कठिनाई है। दूसरी चुनौती यह है कि प्रत्यक्ष संपर्क तकनीक16को मापने के लिए किए गए उतार – चढ़ाव को प्रभावित कर सकती है . यह जैविक झिल्ली24, 25की रचनात्मक और संरचनात्मक जटिलता से और अधिक बढ़ा है, जिसके परिणामस्वरूप लिपिड डोमेनगठन 26, 27, 28,29, 30और झिल्ली विषमता31,32,33– विभिन्न झिल्ली सुविधाओं की गतिशीलता को समझने के लिए चयनात्मक जांच की मांग शामिल है। सौभाग्य से, इन चुनौतियों को गैर-इनवेसिव न्यूट्रॉन स्पेक्ट्रोस्कोपी विधियों के साथ दूर किया जा सकता है, जैसे न्यूट्रॉन स्पिन इको (एनएसई), जो स्वाभाविक रूप से आवश्यक लंबाई और समय तराजू तक पहुंचते हैं, और अपने भौतिक रसायन वातावरण34को बदले बिना चयनात्मक झिल्ली सुविधाओं के अध्ययन को सक्षम करते हैं। दरअसल, पिछले कुछ वर्षों में एनएसई स्पेक्ट्रोस्कोपी सामूहिक झिल्ली गतिशीलता35की एक अनूठी और शक्तिशाली जांच के रूप में विकसित हुई है। लिपिड झिल्ली पर एनएसई अध्ययनों के परिणामों ने यांत्रिक36,37 और चिपचिपा38,लिपिड झिल्ली के39 गुणों में नई अंतर्दृष्टि उत्पन्न की है और जैविक कार्य40,41में अपनी संभावित भूमिका पर नई रोशनी दी है ।
एनएसई स्पेक्ट्रोस्कोपी तकनीक एक इंटरफेरोमेट्रिक इंस्ट्रूमेंट डिजाइन पर आधारित है, जो पहले मेज़ी42द्वारा प्रस्तावित है, जो न्यूट्रॉन स्पिन के प्रीसेसियन को नियंत्रित करने के लिए स्पिन-फ्लिपर्स और चुंबकीय कुंडल की एक श्रृंखला का उपयोग करके उपकरण को पार करता है। डिजाइन नमूना स्थिति(चित्रा 1A)के संबंध में चुंबकीय क्षेत्र तत्वों के चुंबकीय मिररिंग पर टिकी हुई है। इसका मतलब यह है कि न्यूट्रॉन और नमूने के बीच ऊर्जा विनिमय के अभाव में, न्यूट्रॉन उपकरण के पहले और दूसरे छमाही में विपरीत दिशाओं में स्पिन प्रीसेशन की एक ही संख्या करता है (दो precession कुंडल के बीच π-फ्लिपर पर ध्यान दें)। नतीजतन, न्यूट्रॉन की अंतिम स्पिन स्थिति प्रारंभिक स्थिति के सापेक्ष अपरिवर्तित बनी हुई है – स्पिन-इको के रूप में संदर्भित एक घटना (चित्रा 1 एमें पारदर्शी न्यूट्रॉन देखें)। हालांकि, जब न्यूट्रॉन ऊर्जावान रूप से नमूने के साथ बातचीत करता है, तो ऊर्जा विनिमय उपकरण की दूसरी छमाही में स्पिन प्रीसेशंस की संख्या को संशोधित करता है, जिससे एक अलग अंतिम स्पिन राज्य होता है (चित्रा 1 एदेखें)। यह प्रयोगात्मक रूप से ध्रुवीकरण में नुकसान के रूप में पाया जाता है, जैसा कि बाद में इस पेपर में दिखाया जाएगा । एनएसई तकनीक के बारे में अधिक जानकारी के लिए, पाठक को समर्पित तकनीकी पत्र42, 43,44, 45के लिए संदर्भित कियाजाताहै।
यहां, एनएसई के साथ सुलभ लंबाई और समय तराजू का मोटा अनुमान प्रदान करने के लिए एक सरलीकृत विवरण प्रस्तुत किया जाता है। लंबाई तराजू प्राप्त तरंग क्षेत्रों की सीमा से निर्धारित होते हैं, क्यू = 4 पाप θ/λ,जहां 2θ बिखरने का कोण है और λ न्यूट्रॉन तरंगदैर्ध्य है। कोई भी देख सकता है कि क्यू तरंगदैर्ध्य सीमा और स्पेक्ट्रोमीटर की दूसरी भुजा के रोटेशन की सीमा (चित्रा 1Aदेखें) द्वारा निर्धारित किया गया है। एनएसई स्पेक्ट्रोमीटर पर एक विशिष्ट क्यू-रेंज~ 0.02-2 Å-146,47है,और हाल ही में उन्नयन48,49केसाथ 0.01-4Å-1 तक, ~ 1-600 Å के स्थानिक तराजू के अनुरूप है। दूसरी ओर, सुलभ समय पैमाने की गणना चुंबकीय पूर्वाज कुंडल कुंडल के भीतर न्यूट्रॉन द्वारा अधिग्रहीत कुल प्रीसेशन कोण (या चरण) से की जाती है, औरयह 50पाया जाता है: । इस अभिव्यक्ति में, टी फोरियर समय के रूप में परिभाषित किया गया है, जहां न्यूट्रॉन जायरोमैग्नेटिक अनुपात है, कुंडली की लंबाई है, और कुंडली के चुंबकीय क्षेत्र की ताकत है। यह इंगित करने लायक है कि फोरियर समय एक मात्रा है जो उपकरण ज्यामिति, चुंबकीय क्षेत्र की ताकत और न्यूट्रॉन तरंगदैर्ध्य पर सख्ती से निर्भर है। उदाहरण के लिए, तरंगदैर्ध्य के न्यूट्रॉन का उपयोग करना = 8 Å और साधन सेटिंग्स = 1.2 मीटर और = 0.4 टी, फोरियर समय की गणना टी ~ 50 एनएस होने के लिए की जाती है। प्रायोगिक रूप से, फोरियर समय को प्रेग्नेंसी कॉइल (यानी चुंबकीय क्षेत्र की ताकत) में वर्तमान को बदलकर या विभिन्न न्यूट्रॉन तरंगदैर्ध्य का उपयोग करके ट्यून किया जाता है, जिसके परिणामस्वरूप ~ 1 पीएस से 100 एनएस के विशिष्ट एनएसई समय तराजू होते हैं। हालांकि, एनएसई स्पेक्ट्रोमीटर में हाल के उन्नयन ने लंबे समय तक फोरियर समय तक पहुंच को सक्षम किया है, हेंज मायर-लीबंटिट्ज ज़ेंड्रम51 और एसएनएस-एनएसई स्पेक्ट्रोमीटर पर जे-एनएसई-फीनिक्स स्पेक्ट्रोमीटर पर ~ 400 एनएस तक, ओक रिज नेशनल लैब 48 में, और इंस्टिट्यूट लॉ-लैंगविन (ILL)49में IN15 एनएसई स्पेक्ट्रोमीटर में ~1,000 एनएसतक।
झिल्ली की गतिशीलता की लंबाई और समय पैमाने तक सीधी पहुंच के अलावा, एनएसई में न्यूट्रॉन आइसोटोप संवेदनशीलता52की अंतर्निहित क्षमताएं हैं। विशेष रूप से, हाइड्रोजन के आइसोटोप के साथ अलग-अलग बातचीत करने के लिए न्यूट्रॉन की क्षमता, जैविक प्रणालियों में सबसे प्रचुर तत्व, एक अलग न्यूट्रॉन बिखरने वाली लंबाई घनत्व,34 या एनएसएलडी (अपवर्तन50के ऑप्टिकल इंडेक्स के बराबर) में परिणाम देता है, जब प्रोटियम को ड्यूटेरियम द्वारा प्रतिस्थापित किया जाता है। यह एक दृष्टिकोण को विपरीत भिन्नता के रूप में जाना जाता है, जिसका उपयोग आमतौर पर विशिष्ट झिल्ली सुविधाओं को उजागर करने या दूसरों को छुपाने के लिए किया जाता है – उत्तरार्द्ध परिदृश्य को विपरीत मिलान के रूप में संदर्भित किया जाता है। इसके विपरीत भिन्नता/मिलान का एक लगातार आवेदन पानी का प्रतिस्थापन है (NSLD =-0.56 ×10-6 Å-2)भारी पानी या डी2ओ (NSLD = 6. 4 × 10-6 Å-2)प्रोटेटेड लिपिड झिल्ली (NSLD ~ 0 × 10-6 Å-2)से न्यूट्रॉन सिग्नल बढ़ाना। झिल्ली संरचना के अध्ययन में यह दृष्टिकोण अत्यधिक प्रभावी है क्योंकि झिल्ली के हेडग्रुप क्षेत्र में डी2ओ का प्रवेश झिल्ली की मोटाई (चित्रा 2 ए, बाएंपैनल देखें) और विभिन्न लिपिड उपसमूहों के स्थान के सटीक निर्धारण की अनुमति देता है जब अधिक परिष्कृत मॉडल लागू किए जाते हैं53,54। यह पेपर बायोमिमेटिक झिल्ली और चुनिंदा झिल्ली सुविधाओं में सामूहिक गतिशीलता के अध्ययन के लिए विपरीत भिन्नता के उपयोग पर कुछ उदाहरणों पर प्रकाश डालता है।
यहां, एनएसई की गतिशील और कार्यात्मक झिल्ली गुणों में अद्वितीय अंतर्दृष्टि प्रदान करने में एनएसई की प्रभावशीलता को लिपोसोमल निलंबन के रूप में मुक्त-खड़े झिल्ली में मेसोस्केल गतिशीलता पर जोर देने के साथ मॉडल और जैविक रूप से प्रासंगिक लिपिड झिल्ली प्रणालियों पर एनएसई अध्ययनों के ठोस उदाहरणों के माध्यम से सचित्र है। इन-प्लेन झिल्ली गतिशीलता के एनएसई मापों के लिए, पाठक को चराई-घटना न्यूट्रॉन स्पिन-इको स्पेक्ट्रोस्कोपी (जीन्स)55, 56 और गठबंधन मल्टीलैमलर झिल्ली के अन्य अध्ययनों पर समर्पित प्रकाशनों के लिए संदर्भित किया जाता है57,58,59,60।
सादगी के लिए, यह पेपर झिल्ली के तीन अलग-अलग योजनाओं पर प्रकाश डालता है, जो अच्छी तरह से अध्ययन किए गए डोमेन-फॉर्मिंग पर सचित्र है, या चरण अलग, लिपिड बाइलेयर सिस्टम 1,2-डाइमारिस्टोइल-एसएन-ग्लाइसेरो-3-फॉस्फोकोलिन (डीएमपीसी) और 1,2-डिटेरोइल-एसएन-ग्लाइसेरो-3-फॉस्फोचोलिन (डीएसपीसी) मिश्रण61,62। दो लिपिड उनके हाइड्रोकार्बन चेन लंबाई में एक बेमेल की विशेषता है (14 कार्बन/डीएमपीसी बनाम 18 कार्बन/डीएसपीसी में पूंछ) और उनके जेल-द्रव संक्रमण तापमान (टीएम, डीएमपीसी = 23 डिग्री सेल्सियस बनाम टीएम, DSPC = ५५ डिग्री सेल्सियस) । इसके परिणामस्वरूप डीएमपीसी में पार्श्व चरण-पृथक्करण: मिश्रण के ऊपरी और निचले संक्रमण तापमान के बीच तापमान पर डीएसपीसी झिल्ली63। यहां विचार की गई ड्यूटेरेशन योजनाओं को लिपोसोमल झिल्ली पर एनएसई मापों में सुलभ विभिन्न गतिशील मोड प्रदर्शित करने के लिए चुना जाता है, अर्थात्, मोड़ उतार-चढ़ाव, मोटाई में उतार-चढ़ाव, और पार्श्व डोमेन के चयनात्मक झुकने/मोटाई में उतार-चढ़ाव । सभी लिपिड रचनाओं डीएमपीसी के लिए सूचित कर रहे हैं: डीएसपीसी bilayers 70:30 के एक तिल अंश पर तैयार, व्यावसायिक रूप से उपलब्ध प्रोटेटेड और DMPC और DSPC के छिद्रित वेरिएंट का उपयोग कर । सभी नमूना तैयारी कदम लिपोसोमल निलंबन के 4 एमएल पर आधारित हैं, डी2ओ में, 50 मिलीग्राम/एमएल की लिपिड एकाग्रता के साथ, एममुन्ना = 200 मिलीग्राम प्रति नमूना के कुल लिपिड द्रव्यमान के लिए।
एनएसई विभिन्न परिस्थितियों में लिपिड झिल्ली की मेसोस्कोपिक गतिशीलता को मापने में एक शक्तिशाली और अनूठी तकनीक है। एनएसई का प्रभावी उपयोग नमूना गुणवत्ता, न्यूट्रॉन कंट्रास्ट और सुलभ गतिशीलता की सीमा…
The authors have nothing to disclose.
आर अशकर धन्यवाद एम नागाओ, एल-आर कई उपयोगी चर्चाओं के लिए स्टिंगसियू, और पी. जोल्नियरज़ुक और उनके संबंधित बीमलाइंस पर एनएसई प्रयोगों के साथ उनकी लगातार सहायता के लिए। लेखक NIST और ORNL में न्यूट्रॉन स्पिन इको स्पेक्ट्रोमीटर के उपयोग को स्वीकार करते हैं । NIST में एनएसई स्पेक्ट्रोमीटर उच्च संकल्प न्यूट्रॉन बिखरने, राष्ट्रीय मानक और प्रौद्योगिकी संस्थान और समझौते के तहत राष्ट्रीय विज्ञान फाउंडेशन के बीच एक साझेदारी के लिए केंद्र द्वारा समर्थित है । डीएमआर-1508249। ओआरएनएल के स्पैलेशन न्यूट्रॉन स्रोत पर एनएसई स्पेक्ट्रोमीटर को वैज्ञानिक उपयोगकर्ता सुविधाएं प्रभाग, बुनियादी ऊर्जा विज्ञान कार्यालय, अमेरिकी ऊर्जा विभाग द्वारा समर्थित किया जाता है । ओक रिज राष्ट्रीय प्रयोगशाला यूटी द्वारा प्रबंधित किया जाता है-Batelle, अमेरिका डो अनुबंध नहीं के तहत LLC । DE-AC05-00OR22725।
Chloroform (biotech grade) | Sigma Aldrich | 496189 | Biotech. grade, ≥99.8%, contains 0.5-1.0% ethanol as stabilizer |
Circulating water bath | Julabo | SE-12 | Heating Circulator with smart pump, programmable temperature settings, and external sensor connection for measurement and control |
Deuterium Oxide | Cambridge Isotopes Laboratories | DLM-4 | Deuterated water; Heavy water (D2O) (D, 99.9%) |
Digital Semi-Microbalance | Mettler Toledo | MS105 | Semi-micro balance with 120 g capacity, 0.01 mg readability, high resolution weighing cell, ergonomic doors, and pipette-check application |
Ethanol (molecular biology grade) | Sigma Aldrich | E7023 | 200 proof ethanol for molecular biology applications |
Glass Pipets | VWR | 36360-536 | Disposable Soda Lime glass Pasteur pipets |
Glass Vials | Thermo Scientific | B7990-1 | Borosilicate glass vials with PTFE/Silione septum caps |
Lab grade freezer | Fisher Scientific | IU2886D | Ultra-low temprature freezer (-86 to -50 C) for long-term storage of lipids and proteins |
Lipids (protaited or perdeuterated) | Avanti Polar Lipids | varies by lipid | Lipids can be purchased from Avanti in powder form or in a chloroform solution with the required amounts and deuteration schemes. |
Millipore water purifier | Millipore Sigma | ZRQSVP3US | Direct-Q® 3 UV Water Purification System which deliver both pure and ultrapure water with a built-in UV lamp to reduce the levels of organics for biological applications |
Mini Extruder Set | Avanti Polar Lipids | 610020 | Mini-extruder set includes mini-extruder, heating block, 2 GasTight Syringes, and 2 O-rings, Polycarbonate Membranes, and Filter Supports |
Quick Connect Fittings | Grainger | 2YDA1 and 2YDA7 | Push-button tube fittings for QuickConnect water circulation applications, e.g. high temperature vesicle extrusion |
Syringe Pump | SyringePump.com | New Era-1000 | Fully programmable syringe pump for infusion and withdrawal; programs up to 41 pumping phases with adjustable pumping rates, dispensed volumes, and extrusion cycles |
Ultrasonic bath | Fisher Scientific | CPX2800 | Temperature controlled ultra sonic bath with programmable functionality for degassing and ultrasonic applications |
Vacuum Oven | Thermo Scientific | 3608 | 0.7 cu ft vaccum oven with built-in-high-limit thermostat guards against overheating |
Vortex Mixer | Fisher Scientific | 02-215-414 | Variable speed, analog control that allows low rpm start-up for gentle shaking or high-speed mixing for vigorous vortexing of samples |