Summary
В протоколе представлен неинвазивный метод экспресс-диагностики инфекций желудка Helicobacter pylori с помощью струнного теста и определения его антибиотикорезистентности к кларитромицину и левофлоксацину с помощью количественной полимеразной цепной реакции (кПЦР).
Abstract
Helicobacter pylori является основным патогеном человека, который заражает примерно половину населения мира и становится серьезной угрозой для здоровья из-за растущей устойчивости к антибиотикам. Он является возбудителем хронического активного гастрита, язвенной болезни и рака желудка и был классифицирован Международным агентством по изучению рака как канцероген I группы. Поэтому быстрая и точная диагностика H. pylori и определение его устойчивости к антибиотикам важны для эффективной эрадикации этого бактериального патогена. В настоящее время методы диагностики H. pylori в основном включают дыхательный тест на мочевину (UBT), тест на антиген, тест на антитела в сыворотке, гастроскопию, экспресс-тест на уреазу (RUT) и бактериальный посев. Среди них первые три метода обнаружения являются неинвазивными, что означает, что их легко проводить. Однако бактерии не могут быть извлечены с помощью этих методов; Таким образом, тестирование на лекарственную устойчивость не может быть выполнено. Последние три являются инвазивными исследованиями, но они являются дорогостоящими, требуют высоких навыков и могут нанести вред пациентам. Таким образом, неинвазивный, быстрый и одновременный метод обнаружения H. pylori и тестирования лекарственной устойчивости очень важен для эффективной эрадикации H. pylori в клинической практике. Этот протокол направлен на то, чтобы представить конкретную процедуру, включающую струнный тест в сочетании с количественной полимеразной цепной реакцией (кПЦР) для быстрого выявления инфекции H. pylori и устойчивости к антибиотикам. В отличие от бактериальных культур, этот метод позволяет легко, быстро, неинвазивно диагностировать инфекционный статус H. pylori и лекарственную устойчивость. В частности, мы использовали кПЦР для обнаружения инфекции H. pylori и мутаций в генах 23S рРНК и gyrA, которые кодируют резистентность к кларитромицину и левофлоксацину соответственно. По сравнению с обычно используемыми методами культивирования, этот протокол обеспечивает неинвазивный, недорогой и экономящий время метод выявления инфекции H. pylori и определения ее устойчивости к антибиотикам с помощью кПЦР.
Introduction
H. pylori представляет собой спиралевидную, высокоподвижную, грамотрицательную бактерию, которая в основном обитает в привратной области желудка1. Это распространенный патоген, который заражает почти 50% населения мира2. Большинство людей с инфекцией H. pylori не имеют клинических проявлений, и у большинства из них после нескольких лет инфекции развиваются различные заболевания, включая хронический гастрит, язвенную болезнь, язву желудка и рак желудка3. В нескольких исследованиях, основанных на различных популяциях, была продемонстрирована эффективность элиминации H. pylori для профилактики рака желудка и предраковых поражений 4,5. Поэтому Международное агентство по изучению рака Всемирной организации здравоохранения (ВОЗ) рекомендовало ликвидацию H. pylori в качестве профилактической меры6.
Использование неинвазивных методов для выявления инфекции H. pylori является ключевым компонентом лечения большинства людей с бессимптомной диспепсией. Дыхательный тест на мочевину (UBT), тест на фекальный антиген H. pylori (SAT) и серологическое тестирование являются популярными неинвазивными методами. Среди них UBT является наименее навязчивой и наиболее точной доступной процедурой. UBT использует уреазу, в изобилии присутствующую в H. pylori, для гидролиза изотопно меченной мочевины в аммиак и углекислый газ (13C или 14C). Напротив, иммунохроматографический анализ (ICA)7 удобен, прост и неинвазивен для отбора проб. Однако на точность теста влияет несколько факторов, таких как качество образца стула, температура и интервал между сбором образца и тестированием. Другим тестом, основанным на иммунном ответе, является сывороточный тест на антитела к H. pylori , который обнаруживает антитела в сыворотке крови пациента. Однако этот тест не подходит для анализа после лечения, поскольку антитела остаются еще долго после того, как бактерии были очищены8. Другим серьезным недостатком является то, что эти методы только диагностируют инфекцию H. pylori и не позволяют проводить тестирование лекарственной устойчивости для лечения на основе чувствительности.
Для инвазивных методов тестирования биопсия ткани желудка должна быть взята с помощью эндоскопии, а затем подвергнута гистологии, экспресс-тесту на уреазу и бактериальному посеву. Эти методы тестирования также очень ограничены из-за нескольких факторов. В настоящее время эти методы ограничены пожилыми пациентами, пациентами с высоким риском предраковых или злокачественных заболеваний и пациентами, которые не смогли провести терапию первой линии по поводу гастроэзофагеальной рефлюксной болезни или инфекции H. pylori 9. Во-вторых, из-за уникальных характеристик роста H. pylori вероятность успеха бактериальной культуры достигает только 50%10. Таким образом, молекулярные методы обнаружения дают новую надежду на преодоление высоких требований к инвазивным методам обнаружения и руководству лечением, основанным на чувствительности. Среди молекулярных методов обнаружения количественная ПЦР в последние годы претерпела огромные изменения. кПЦР, в отличие от традиционной ПЦР, не требует гель-электрофореза и точно количественно определяет ДНК/РНК в образцах путем добавления праймеров и зондов на стадии отжига. В настоящее время коммерчески доступны наборы для ПЦР для выявления инфекции H. pylori и лекарственной устойчивости. Тем не менее, каждый метод имеет свои ограничения; Поэтому клинический диагноз и лечение пациента следует рассматривать в сочетании с его симптомами, признаками, анамнезом, другими лабораторными тестами и ответом на лечение.
В настоящее время основным методом лечения инфекций H.pylori является прием антибиотиков, но в последнее время становится все труднее лечить эти инфекции из-за роста устойчивости к антибиотикам. Впоследствии во всем мире наблюдалось значительное снижение эффективности лечения H . pylori , что сделало ликвидацию H. pylori одной из основных проблем общественного здравоохранения11.
Кларитромицин и левофлоксацин являются двумя антибиотиками широкого спектра действия, используемыми для лечения инфекций, вызванных H.pylori, но в нескольких исследованиях сообщалось о широко распространенной резистентности к этим двум препаратам в изолятах H.pylori. A2143G, A2142G и A2142C являются тремя из многочисленных точечных мутаций, обнаруженных в гене 2.9 kb 23S рРНК, которые приводят к резистентности к кларитромицину, предотвращая связывание макролида. При этом мутационные локусы гена резистентности к левофлоксацину в основном расположены в шести мутационных сайтах (A260T, C261A, T261G, G271A, G271T, A272G) гена gyrA 12. Открытие этих механизмов резистентности, основанных на генетических мутациях, привело к постепенному переходу к выявлению H. pylori посредством культуральных исследований к молекулярному тестированию.
В целом, существует острая клиническая потребность в неинвазивном, эффективном и одновременном методе диагностики для выявления инфекций H. pylori и лекарственной устойчивости. Мы приняли комбинированный метод струнного теста и кПЦР, чтобы преодолеть трудности отбора проб и достичь цели одновременного выявления инфекции H. pylori и лекарственной устойчивости с использованием различных праймерных зондов.
Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.
Protocol
Настоящее исследование было проведено в соответствии с этическими соображениями, установленными этическим комитетом Народной больницы провинции Гуандун, Южный медицинский университет, Гуанчжоу, Китай (номер утверждения: KY-Q-2022-384-02). В исследование были включены пациенты в возрасте от 18 до 60 лет. Пациенты, принимающие антибиотики, антибактериальные китайские препараты, такие препараты, как ингибиторы протонной помпы (ИПП) или антагонистыН2-рецепторов и т. д., в течение 2 недель до тестирования, не были включены в это исследование. Те пациенты, которые получали лечение против H.pylori в течение последних 3 месяцев, также были исключены из этого исследования. Люди с серьезными проблемами с сердцем, печенью, почками, тяжелой невропатией или психическими заболеваниями также не были допущены к участию в этом исследовании. В это исследование не были включены беременные женщины и кормящие матери. Подробная информация о расходных материалах (реагентах, химикатах, оборудовании и программном обеспечении), используемых в этом исследовании, приведена в таблице материалов.
1. Струнный тест для забора желудочной жидкости
- Попросите пациента поститься в течение ночи перед взятием образца.
- На следующий день откройте набор для тестирования струны, возьмите капсулу и удерживайте петлю на конце струны.
- Привяжите веревку к щеке пациента и попросите его поместить капсулу на язык рядом с задней частью горла и проглотить ее, запивая глотком воды.
- Позвольте капсуле раствориться в желудке пациента, тем самым подвергая нить внутри капсулы поглощению желудочной слизи.
- Попросите обученного помощника осторожно вытащить веревочку через 1 ч после того, как пациент проглотил капсулу.
- Отрежьте нижний конец нити (40 см), пропитанной желудочной жидкостью, поместите ее в раствор для консервации образца TSE (Tris/физиологический раствор/ЭДТА), а затем отправьте в клиническую лабораторию при комнатной температуре (ЛТ) для последующего выявления H. pylori и определения профилей антибиотикорезистентности с помощью кПЦР.
2. Экстракция ДНК
- Поместите пробирки для сбора образцов на стойку для пробирок с надлежащей маркировкой и вращайте их в течение 10 секунд.
- Переверните 32-луночную пластину (набор для экстракции или очистки нуклеиновых кислот) несколько раз, чтобы ресуспендировать магнитные шарики. После непродолжительного вихря в течение 10 с осторожно снимите уплотнитель алюминиевой фольги с пластины.
- Перенесите 200 мкл желудочной жидкости из каждого образца и ДНК H. pylori в качестве положительного контроля в отдельные лунки.
- Поместите 32-луночную пластину в соответствующий слот для образца машины для извлечения нуклеиновых кислот для автоматической экстракции ДНК.
- После экстракции и подтверждения ДНК инициируйте тестирование на устойчивость к антибиотикам для кларитромицина и левофлоксацина с помощью кПЦР на положительных образцах.
- Поместите избыточную желудочную жидкость и извлеченные образцы ДНК при -20 ° C для длительного хранения и использования в будущем.
- Выполните все эти действия в шкафу биобезопасности, чтобы избежать загрязнения.
3. кПЦР для выявления H. pylori и резистентности к антибиотикам (кларитромицину и левофлоксацину)
- Проведите кПЦР для обнаружения H. pylori и предполагаемых мутаций устойчивости к антибиотикам в его геноме.
- Разморозьте реакционную смесь для кПЦР (набор для обнаружения нуклеиновых кислот H. pylori ) на льду и перемешайте ее, щелкая и вращая, чтобы предотвратить потерю реагента.
- Для каждого образца на 32-луночном планшете смешайте 20 мкл реакционной смеси ПЦР (премикс реакции генотипирования [содержащий фермент Taq, дезоксирибонуклеозидтрифосфат, реакционный буфер и хлорид магния] с прямым и обратным праймерами мочевины и зондом мочевины ) и 5 мкл экстрагированной ДНК.
- Запустите 32-луночную планшет qPCR на машине qPCR. Запрограммируйте термоциклер: реакционная смесь сначала будет реагировать последовательно при 42 °C и 95 °C (оба в течение одного цикла) в течение 2 мин каждый; затем 40 циклов при 95 °C, денатурация в течение 10 с и отжиг и удлинение при 58 °C в течение 45 с.
- Установите сбор флуоресцентного сигнала на FAM (H. pylori), а сбор данных — на период продления амплификации. После того, как реакция будет завершена, сохраните данные для будущего анализа результатов.
- Проанализируйте данные с помощью специального программного обеспечения для qPCR, так как прибор автоматически выберет базовые пороговые значения.
- Если результат теста на H. pylori положительный, машина автоматически начнет тестирование лекарственной устойчивости образца. Замените набор реагентов реагентами для обнаружения мутаций гена 23S рРНК и гена gyrA в наборе H. Pylori (кПЦР).
ПРИМЕЧАНИЕ: Набор реагентов (реагенты для обнаружения мутаций гена 23S рРНК и гена gyrA у Helicobacter pylori [кПЦР]) включает реакционную смесь ПЦР (премикс реакции генотипирования [содержащий фермент Taq, дезоксирибонуклеозидтрифосфат, реакционный буфер, хлорид магния], праймеры и зонды). Все продукты негативного контроля качества – это стерильная, очищенная вода. Положительным продуктом контроля качества в наборе для обнаружения нуклеиновых кислот H. pylori являются инактивированные стандартные шарики H. pylori (ATCC 43504). Сильные H. pylori-положительные и слабоположительные положительные продукты контроля качества в наборе (реагенты для обнаружения мутаций гена 23S рРНК и гена gyrA в H. pylori) представляют собой ДНК инактивированного штамма H. pylori, содержащего ген-мишень и мутантный ген. Точно так же, исходя из реальной ситуации, все диагностические стандарты, включая наличие инфекции H. pylori или лекарственной устойчивости, установлены на КТ ≤ 35 и имеют типичную S-образную кривую. Концентрация при слабом контроле качества составляет 1,0 х 10 3 копий/мл, а концентрация при сильном контроле качества составляет 1,0 х 10,8копий/мл.
Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.
Representative Results
Обнаружение инфекции H. pylori и устойчивости к антибиотикам в желудочной жидкости с помощью кПЦР
Мы провели кПЦР для выявления инфекции H. pylori путем амплификации гена ureA и определили его профиль устойчивости к антибиотикам путем нацеливания на точечные мутации в гене 23S рРНК и гене gyrA (табл. 1). Значения КТ контроля качества во всех трех группах экспериментов с кПЦР находились в пределах рекомендуемого диапазона, что указывает на то, что все образцы находились в нормальном состоянии на момент проведения эксперимента и что результаты испытаний были надежными. В этом исследовании было отобрано пять образцов с различными результатами испытаний (S1-S5), чтобы охарактеризовать надежность экспериментального протокола. S1 представляет собой репрезентативный штамм H. pylori без инфекции, в то время как образцы S2-S5 являются образцами, инфицированными H. pylori с различными результатами резистентности (рис. 1). Мы настроили систему так, чтобы она не проводила дальнейшее тестирование резистентности с образцами, не инфицированными H. pylori, поэтому образец S1 не вошел в тест на резистентность после того, как системный тест показал отрицательный результат на H. pylori. Что касается образцов, положительных на инфекцию H. pylori, все значения S2 CT находились в пределах диапазона обнаружения, что указывает на то, что образец был H. pylori-положительным и показал двойную резистентность к кларитромицину и левофлоксацину, и клиницистам было рекомендовано выбирать другие методы лечения по своему усмотрению. Значения КТ S3 находились в пределах диапазона обнаружения инфекции H. pylori и теста на резистентность к левофлоксацину, в то время как значения КТ не были обнаружены в тесте на резистентность к кларитромицину, что указывает на то, что образец S3 был от пациента, резистентного к левофлоксацину. Аналогичным образом, значение КТ образца S4 находилось в пределах диапазона обнаружения инфекции H. pylori и резистентности к кларитромицину, в то время как значение КТ не было обнаружено для резистентности к левофлоксацину, что указывает на то, что этот пациент был резистентен к кларитромицину, и было рекомендовано принимать левофлоксацин для лечения. Наконец, тест образца S5 показал значения КТ в пределах диапазона обнаружения только для выявления инфекции H. pylori, что указывает на то, что этот пациент был чувствителен к обоим антибиотикам и мог лечиться с использованием любого из двух препаратов. По сравнению с методом бактериального посева, который также выявляет инфекцию H. pylori и лекарственную устойчивость, этот метод безопасен и эффективен при выявлении инфекции H. pylori и лекарственной устойчивости, не причиняя вреда пациенту, и может использоваться для руководства врачом при разработке соответствующего плана лечения.
Рисунок 1: Обнаружение H. pylori и его антибиотикорезистентности в желудочной жидкости с помощью кПЦР.
(А) Количественная ПЦР-амплификация инфекции H. pylori, (Б) выявление резистентности к кларитромицину и (В) обнаружение резистентности к левофлоксацину. «S» означает образец. «S1» - это образец, который дал отрицательный результат на инфекцию H. pylori, а также был протестирован на устойчивость к антибиотикам; «S2» представляет собой инфицированный H. pylori образец с резистентностью как к кларитромицину, так и к левофлоксацину; «S3» также является H. pylori-положительным образцом, но чувствительным к кларитромицину и левофлоксацином; «S4» также является положительным образцом H. pylori, но устойчив к кларитромицину и левофлоксацину; «S5» является H. pylori-положительным образцом, но чувствителен как к кларитромицину, так и к левофлоксацину. Концентрация при слабом контроле качества составляет 1,0 х 10 3 копий/мл, а концентрация при сильном контроле качества составляет 1,0 х 10,8копий/мл. Пожалуйста, нажмите здесь, чтобы просмотреть увеличенную версию этого рисунка.
| Образец | Хеликобактер пилори | Кларитромицин | Левофлоксацин | |||
| +/- | КТ | +/- | КТ | +/- | КТ | |
| С1 | - | U | - | U | - | U |
| С2 | + | 22.61 | + | 22.77 | + | 23 |
| С3 | + | 28.32 | - | U | + | 30.18 |
| С4 | + | 28.76 | + | 27.67 | - | U |
| С5 | + | 31.59 | - | U | - | U |
Таблица 1: Таблица, показывающая результаты кПЦР выявления инфекции H. pylori и резистентности к кларитромицину и левофлоксацину. В этой таблице представлены качественные результаты для инфекции H. pylori , обнаружение мутаций гена 23S рРНК, показывающих, что изолят устойчив к кларитромицину, и обнаружение мутаций гена gyrA , показывающих, что изолят устойчив к левофлоксацину. +/−, качественный результат; +, положительный результат; − отрицательный результат.
Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.
Discussion
Обнаружение H. pylori может быть выполнено как инвазивными, так и неинвазивными методами13. Обычно используемые инвазивные методы, такие как гистопатология, экспресс-тест на уреазу, полимеразная цепная реакция (ПЦР) и культивирование бактерий, требуют эндоскопии и биопсии. Среди неинвазивных процедур рекомендуются серологические тесты, дыхательные тесты с мочевиной и иммуноферментные анализы (ИФА)14. В то время как неинвазивные методы просты в выполнении, экономичны и более удобны для пациентов, выделение и культивирование H. pylori для выполнения дополнительных анализов, таких как идентификация штаммов и тестирование на чувствительность к антибиотикам, требуют инвазивных тестов. В связи с нынешним ростом устойчивости к антибиотикам ранее использовавшиеся антибиотики становятся неэффективными и, таким образом, не могут лечить инфекцию, вызванную лекарственно-устойчивыми изолятами H. pylori. В этом случае может потребоваться извлечение H. pylori для проведения тестирования на чувствительность к антибиотикам для выбора антибиотиков, которые, скорее всего, успешно уничтожат резистентные бактерии.
Обычно проводимые анализы восприимчивости на основе культуры, такие как метод разбавления агара и тест эпсилометра (E-тест), имеют несколько ограничений: они отнимают много времени, поскольку H. pylori является медленно растущей бактерией, дорогостоящей, основанной на навыках и требует инвазивных методов. Поочередно различные молекулярные методы, такие как методы флуоресцентной гибридизации in situ (FISH) и кПЦР, могут быть использованы для выявления нескольких мутаций, например, в гене 23S рРНК, который кодирует резистентность к кларитромицину15,16. Для разработки праймеров и зондов для определения резистентности к кларитромицину и левофлоксацину были выбраны три сайта точечных мутаций (A2142G, A2143G, A2142C) гена резистентности к 23S рРНК H. pylori и шесть точечных мутаций (A260T, C261A, T261G, G271A, G271T, A272G) гена резистентности к gyrA хинолоновых антибиотиков.
В струнном тесте, который возник из ENTEO-TEST, используется капсула, прикрепленная к нейлоновой нити с высокой абсорбирующей способностью, которую проглатывают для сбора желудочного секрета17. В настоящее время струнные тесты используются для диагностики туберкулеза18, для дифференциации высоковирулентной Klebsiella pneumoniae (hvKp) от традиционной Klebsiella pneumoniae19, для идентификации грамположительных и грамотрицательных бактерий и дрожжей, а также для диагностики H. pylori из желудочной жидкости20. В этом исследовании мы объединили струнный тест, минимально инвазивный метод, с кПЦР для идентификации инфекций H. pylori в клинических условиях и провели тестирование на восприимчивость, нацелившись на ранее зарегистрированные мутации, кодирующие резистентность, в геноме H. pylori. Мы выбрали ген ureA, потому что это ген домашнего хозяйства, уникальный для H. pylori, без потенциального риска перекрестной реакции с другими организмами. Все изоляты H. pylori должны иметь ген ureA, чтобы выжить в желудке человека, и нокаутные эксперименты показали, что H. pylori без гена ureA не обладает способностью колонизировать желудок.
Для кПЦР чрезвычайно важны стандарты контроля качества. При обнаружении H. pylori при кПЦР требования стандартов контроля качества следующие: отрицательный продукт контроля качества (отсутствие увеличения флуоресцентного сигнала на пути обнаружения FAM, отсутствие типичной кривой амплификации S-типа, значение CT > 35,00 или отсутствие явного сигнала); положительный продукт контроля качества (кривая роста флуоресцентного сигнала пути обнаружения FAM, показывающая S-образную кривую, значение CT ≤ 35,00), и вышеуказанные требования должны выполняться одновременно; В противном случае тест будет считаться недействительным и его необходимо будет провести повторно. Более того, для выявления кПЦР резистентности H. pylori к антибиотикам (кларитромицину и левофлоксацину), за исключением значения КТ, которое различает положительные и отрицательные результаты, которое изменяется на 30,00 для выявления резистентности, другие требования такие же, как и выше. Примечательно, что информация о последовательностях праймеров и зондов в этой статье недоступна, поскольку она связана с правами коммерческой собственности.
Чтобы выбрать более эффективные антибиотики для каждого пациента, крайне важно изучить местную распространенность H. pylori и ее профиль устойчивости к антибиотикам из-за повышенной устойчивости к противомикробным препаратам во всем мире и, кроме того, из-за различий в моделях резистентности между различными географическими районами. Основным ограничением нашего исследования является то, что размер выборки был очень мал и не охватывал различные географические регионы Китая, чтобы показать распространенность инфекции H. pylori и ее полный профиль устойчивости к антибиотикам, но метод струнного теста хорошо разработан, и, объединив его с кПЦР, мы достигли одновременной диагностики H. pylori выявление инфекции и лекарственной устойчивости. Эти результаты свидетельствуют о том, что этот подход может быть использован в более широких масштабах в различных регионах мира.
Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.
Disclosures
Никакой.
Acknowledgments
Эта работа была поддержана Проектом медицины Саньмин в Шэньчжэне (грант No SZSM201510050) и Гуандунский фонд фундаментальных и прикладных фундаментальных исследований (грант No 2022A1515220023). Научно-исследовательский фонд передовых талантов Народной больницы провинции Гуандун (No KJ012021097) и Национальный фонд естественных наук Китая (81871734, 82072380, 82272423). Спонсоры не играли никакой роли в дизайне исследования, сборе и анализе данных, принятии решения о публикации или подготовке рукописи.
Materials
| Name | Company | Catalog Number | Comments |
| 23S rRNA and gyrA gene point mutations detection kit (PCR-Fluorescence Probing) | Hongmed Infagen | Detection of Helicobacter pylori resistance to clarithromycin and levofloxacin | |
| ABI 7500 fluorescence quantitative PCR machine | Thermo Fisher Scientific | SEDA 20163220767 | Fluorescent quantitative PCR amplification |
| ABI 7500 software | Thermo Fisher Scientific | Data Analysis | |
| BSC-1500IIA2-X | BIOBASE | SEDA 20143222263 | Biosafety cabinet |
| DNA extraction kit | Daan Gene | ||
| E-Centrifuge | WEALTEC | Centrifuge the residual liquid off the wall of the tube. | |
| H. Pylori DNA detection kit (PCR-Fluorescence Probing) | Hongmed Infagen | Testing for H. pylori infection | |
| Stream SP96 automated nucleic acid extractor | Daan Gene | SEDA 20140104 | For DNA extraction |
| String test kit | Hongmed Infagen | It contains a capsule attached to a string, scissors, cotton swab, and sample preservation tube | |
| Ultra-low temperature freezers (DW-YL450) | MELING | SEDA 20172220091 | -20 °C for storing reagents |
| Vortex-5 | Kylin-bell | For mixing reagent |
References
- Proença-Modena, J. L., Acrani, G. O., Brocchi, M. Helicobacter pylori: Phenotypes, genotypes and virulence genes. Future Microbiology. 4 (2), 223-240 (2009).
- Hussein, R. A., Al-Ouqaili, M. T. S., Majeed, Y. H. Association between alcohol consumption, cigarette smoking, and Helicobacter pylori infection in Iraqi patients submitted to gastrointestinal endoscopy. Journal of Emergency Medicine, Trauma and Acute Care. 2022 (6), 12 (2022).
- Reshetnyak, V. I., Burmistrov, A. I., Maev, I. V. Helicobacter pylori: Commensal, symbiont or pathogen. World Journal of Gastroenterology. 27 (7), 545-560 (2021).
- Thrift, A. P., Wenker, T. N., El-Serag, H. B. Global burden of gastric cancer: Epidemiological trends, risk factors, screening and prevention. Nature Reviews Clinical Oncology. 20 (5), 338-349 (2023).
- Liou, J. M., et al. Screening and eradication of Helicobacter pylori for gastric cancer prevention: The Taipei global consensus. Gut. 69 (12), 2093-2112 (2020).
- IARC Helicobacter pylori Working Group. Helicobacter Pylori Eradication as A Strategy for Preventing Gastric Cancer. , International Agency for Research on Cancer. Lyon, France. (2014).
- Vaira, D., et al. The stool antigen test for detection of Helicobacter pylori after eradication therapy. Annals of Internal Medicine. 136 (4), 280-287 (2002).
- Laheij, R. J. F., Straatman, H., Jansen, J. B. M. J., Verbeek, A. L. M. Evaluation of commercially available Helicobacter pylori serology kits: A review. Journal of Clinical Microbiology. 36 (10), 2803-2809 (1998).
- Malfertheiner, P., et al. Management of Helicobacter pylori infection - The Maastricht IV/ Florence consensus report. Gut. 61 (5), 646-664 (2012).
- Peng, X., et al. Gastric juice-based real-time PCR for tailored Helicobacter Pylori treatment: A practical approach. International Journal of Medical Sciences. 14 (6), 595-601 (2017).
- Thung, I., et al. Review article: The global emergence of Helicobacter pylori antibiotic resistance. Alimentary Pharmacology and Therapeutics. 43 (4), 514-533 (2016).
- Zhang, Y., et al. Mutations in the antibiotic target genes related to clarithromycin, metronidazole and levofloxacin resistance in Helicobacter pylori strains from children in China. Infection and Drug Resistance. 13, 311-322 (2020).
- Hussein, R. A., Al-Ouqaili, M. T. S., Majeed, Y. H. Detection of Helicobacter pylori infection by invasive and noninvasive techniques in patients with gastrointestinal diseases from Iraq: A validation study. PLoS One. 16 (8), e0256393 (2021).
- Chen, Q., et al. Advanced sensing strategies based on different types of biomarkers toward early diagnosis of H. pylori. Critical Reviews in Analytical Chemistry. , (2023).
- Hussein, R. A., Al-Ouqaili, M. T. S., Majeed, Y. H. Detection of clarithromycin resistance and 23SrRNA point mutations in clinical isolates of Helicobacter pylori isolates: Phenotypic and molecular methods. Saudi Journal of Biological Sciences. 29 (1), 513-520 (2022).
- Xuan, S. H., Wu, L. P., Zhou, Y. G., Xiao, M. B. Detection of clarithromycin-resistant Helicobacter pylori in clinical specimens by molecular methods: A review. Journal of Global Antimicrobial Resistance. 4, 35-41 (2016).
- Perez-Trallero, E., Montes, M., Alcorta, M., Zubillaga, P., Telleria, E. Non-endoscopic method to obtain Helicobacter pylori for culture. Lancet. 345 (8950), 622-623 (1995).
- DiNardo, A. R., et al. Use of string test and stool specimens to diagnose pulmonary tuberculosis. International Journal of Infectious Diseases. 41, 50-52 (2015).
- Li, G., et al. Identification of hypervirulent Klebsiella pneumoniae isolates using the string test in combination with Galleria mellonella infectivity. European Journal of Clinical Microbiology and Infectious Diseases. 39 (9), 1673-1679 (2020).
- Agbonlahor, D. E., Odugbemi, T. O., Udofia, P. O. Differentiation of gram-positive and gram-negative bacteria and yeasts using a modification of the "string" test. The American Journal of Medical Technology. 49 (3), 177-178 (1983).
