Summary
Protokollet presenterar en icke-invasiv metod för snabb diagnos av Helicobacter pylori maginfektioner genom strängtestet och bestämmer dess antibiotikaresistens mot klaritromycin och levofloxacin med kvantitativ polymeraskedjereaktion (qPCR).
Abstract
Helicobacter pylori är en viktig mänsklig patogen som infekterar ungefär hälften av den globala befolkningen och blir ett allvarligt hälsohot på grund av dess ökande antibiotikaresistens. Det är orsakssambandet till kronisk aktiv gastrit, magsårssjukdom och magcancer och har klassificerats som en cancerframkallande grupp I av International Agency for Research on Cancer. Därför är den snabba och noggranna diagnosen av H. pylori och bestämningen av dess antibiotikaresistens viktiga för effektiv utrotning av denna bakteriella patogen. För närvarande inkluderar H. pylori-diagnosmetoder huvudsakligen urea-andningstestet (UBT), antigentestet, serumantikroppstestet, gastroskopi, det snabba ureastestet (RUT) och bakteriekultur. Bland dem är de tre första detektionsmetoderna icke-invasiva, vilket innebär att de är enkla tester att utföra. Bakterier kan dock inte hämtas genom dessa tekniker; Således kan läkemedelsresistenstestning inte utföras. De tre sista är invasiva undersökningar, men de är kostsamma, kräver hög kompetens och har potential att skada patienter. Därför är en icke-invasiv, snabb och samtidig metod för H. pylori-detektion och läkemedelsresistenstestning mycket viktig för att effektivt utrota H. pylori i klinisk praxis. Detta protokoll syftar till att presentera en specifik procedur som involverar strängtestet i kombination med kvantitativ polymeraskedjereaktion (qPCR) för snabb detektion av H. pylori-infektion och antibiotikaresistens. Till skillnad från bakteriekulturer möjliggör denna metod enkel, snabb, icke-invasiv diagnos av H. pylori-infektionsstatus och läkemedelsresistens. Specifikt använde vi qPCR för att detektera rea för H. pylori-infektion och mutationer i 23S rRNA- och gyrA-generna, som kodar för resistens mot klaritromycin respektive levofloxacin. Jämfört med rutinmässigt använda odlingstekniker ger detta protokoll en icke-invasiv, billig och tidsbesparande teknik för att upptäcka H. pylori-infektion och bestämma dess antibiotikaresistens med qPCR.
Introduction
H. pylori är en spiralformad, mycket rörlig, gramnegativ bakterie som huvudsakligen lever i pylorusregionen i magen1. Det är en vanlig patogen som infekterar nästan 50% av den globala befolkningen2. De flesta människor med H. pylori-infektion har inga kliniska manifestationer, och de flesta utvecklar olika sjukdomar efter flera års infektion, inklusive kronisk gastrit, magsår, magsår och magcancer3. I flera studier baserade på olika populationer har effekten av att eliminera H. pylori för att förebygga magcancer och precancerösa lesioner visats 4,5. Därför har Världshälsoorganisationen (WHO) International Agency for Research on Cancer rekommenderat utrotning av H. pylori som en förebyggande åtgärd6.
Användningen av icke-invasiva metoder för att identifiera H. pylori-infektion är en nyckelkomponent i behandlingen för de flesta individer med asymtomatisk dyspepsi. Urea andningstest (UBT), H. pylori fekalt antigentest (SAT) och serologisk testning är populära icke-invasiva tekniker. Bland dessa är UBT det minst påträngande och mest exakta förfarandet som finns tillgängligt. UBT använder ureas, rikligt närvarande i H. pylori, för att hydrolysera isotopmärkt urea till ammoniak och koldioxid (13C eller 14C). Däremot är den immunokromatografiska analysen (ICA)7 bekväm, enkel och icke-invasiv för provtagning. Testets noggrannhet påverkas dock av flera faktorer, såsom kvaliteten på avföringsprovet, temperaturen och intervallet mellan provtagning och testning. Ett annat test baserat på immunsvaret är serum H. pylori-antikroppstestet, som detekterar antikroppar i patientens serum . Detta test är dock inte lämpligt för efterbehandlingsanalys eftersom antikropparna kvarstår långt efter att bakterierna har rensats8. En annan stor nackdel är att dessa metoder endast diagnostiserar H. pylori-infektion och inte tillåter läkemedelsresistenstestning för att styra känslighetsbaserad behandling.
För invasiva testmetoder måste gastrisk biopsivävnad tas genom endoskopi och sedan utsättas för histologi, ureas-snabbtestet och bakteriekultur. Dessa testmetoder är också mycket begränsade på grund av flera faktorer. För närvarande är dessa tekniker begränsade till äldre patienter, patienter med hög risk för precancerös eller malign sjukdom och patienter som har misslyckats med förstahandsbehandling för gastroesofageal refluxsjukdom eller H. pylori-infektion 9. För det andra, på grund av de unika tillväxtegenskaperna hos H. pylori, når framgångsgraden för bakteriekultur endast 50%10. Således erbjuder molekylära detektionsmetoder nytt hopp för att övervinna de höga kraven på invasiva detektionsmetoder och vägleda känslighetsbaserad behandling. Bland molekylära detektionsmetoder har kvantitativ PCR utvecklats enormt de senaste åren. qPCR, till skillnad från traditionell PCR, kräver inte gelelektrofores och kvantifierar exakt DNA / RNA i prover genom att tillsätta primers och sonder vid glödgningssteget. qPCR-kit för detektion av H. pylori-infektion och läkemedelsresistens är nu kommersiellt tillgängliga. Ändå har varje metod sina begränsningar; Därför bör en patients kliniska diagnos och behandling övervägas i samband med deras symtom, tecken, historia, andra laboratorietester och svar på behandlingen.
För närvarande tar den primära metoden för behandling av H.pylori-infektioner antibiotika, men på senare tid blir det allt svårare att behandla dessa infektioner på grund av ökningen av antibiotikaresistens. Därefter har en betydande minskning av H. pylori-behandlingseffekten observerats globalt, vilket gör utrotning av H. pylori till ett stort folkhälsoproblem11.
Klaritromycin och levofloxacin är de två bredspektrumantibiotika som används för att behandla infektioner orsakade av H. pylori, men flera studier har rapporterat utbredd resistens mot dessa två läkemedel i H. pylori-isolat. A2143G, A2142G och A2142C är tre av de många punktmutationer som finns i 2,9 kb 23S rRNA-genen som resulterar i klaritromycinresistens genom att förhindra makroliden från att binda. Samtidigt är mutationslokusen för levofloxacinresistensgenen huvudsakligen belägna i de sex mutationsställena (A260T, C261A, T261G, G271A, G271T, A272G) i gyrA-genen 12. Upptäckten av dessa resistensmekanismer baserade på genetiska mutationer har lett till en gradvis förskjutning av upptäckten av H. pylori genom kulturbaserade studier till molekylär testning.
Sammantaget finns det ett akut kliniskt behov av en icke-invasiv, effektiv och samtidig diagnostisk metod för detektion av H. pylori-infektioner och läkemedelsresistens. Vi antog ett kombinerat strängtest och qPCR-metod för att övervinna svårigheterna med provtagning och uppnå målet om samtidig detektion av H. pylori-infektion och läkemedelsresistens med olika primerprober.
Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.
Protocol
Den aktuella studien genomfördes i enlighet med etiska överväganden som fastställts av den etiska kommittén vid Guangdong Provincial People's Hospital, Southern Medical University, Guangzhou, Kina (godkännandenummer: KY-Q-2022-384-02). Patienter i åldersintervallet 18-60 år inkluderades i denna studie. Patienter som tog antibiotika, antibakteriella kinesiska läkemedel, läkemedel såsom protonpumpshämmare (PPI) eller H2-receptorantagonister etc. inom 2 veckor före testning inkluderades inte i denna studie. De patienter som hade fått behandling mot H. pylori under de senaste 3 månaderna exkluderades också från denna studie. De med allvarliga hjärt-, lever-, njurproblem, svår neuropati eller psykisk sjukdom fick inte heller delta i denna studie. Det fanns inga gravida kvinnor och ammande mödrar inkluderade i denna studie. Detaljer om de förnödenheter (reagenser, kemikalier, utrustning och programvara) som används i denna studie ges i materialtabellen.
1. Strängtest för gastrisk vätskeprovtagning
- Be patienten att fasta över natten före provtagningen.
- Nästa dag öppnar du strängtestsatsen, tar kapseln och håller öglan i slutet av strängen.
- Tejpa strängen på patientens kind och be dem att placera kapseln på tungan nära baksidan av halsen och svälja den med en klunk vatten.
- Låt kapseln lösas upp i patientens mage och exponera strängen i kapseln för att absorbera magslem.
- Be en utbildad assistent att dra ut strängen försiktigt 1 timme efter att patienten svalt kapseln.
- Skär av den nedre änden av strängen (40 cm) indränkt i magvätskan, placera den i TSE-provlösningen (Tris/saltlösning/EDTA) och skicka den sedan till det kliniska laboratoriet vid rumstemperatur (RT) för efterföljande detektion av H. pylori och bestämning av antibiotikaresistensprofilerna med qPCR.
2. DNA-extraktion
- Placera de provbärande uppsamlingsrören på ett provrörsställ, korrekt märkt och virvla dem i 10 sekunder.
- Vänd plattan med 32 brunnar (nukleinsyraextraktion eller reningssats) upp och ner flera gånger för att återsuspendera magnetkulorna. Efter en kort virvel i 10 s, ta försiktigt bort aluminiumfolietätningen från plattan.
- Överför 200 μL magvätska från varje prov och H. pylori-DNA som en positiv kontroll till de separata brunnarna.
- Placera plattan med 32 brunnar i motsvarande provfack i nukleinsyraextraktionsmaskinen för automatisk DNA-extraktion.
- Efter DNA-extraktion och bekräftelse, initiera antibiotikaresistenstestning för klaritromycin och levofloxacin genom qPCR på de positiva proverna.
- Placera överdriven magvätska och extraherade DNA-prover vid −20 ° C för långvarig lagring och framtida användning.
- Utför alla dessa steg i ett biosäkerhetsskåp för att undvika kontaminering.
3. qPCR för detektion av H. pylori och resistens mot antibiotika (klaritromycin och levofloxacin)
- Utför qPCR för detektion av H. pylori och de misstänkta antibiotikaresistensmutationerna i dess genom.
- Tina qPCR-reaktionsblandningen (H. pylori-nukleinsyradetektionssats) på is och blanda den genom att snärta och snurra för att förhindra förlust av reagens.
- För varje prov på en platta med 32 brunnar, blanda 20 μl PCR-reaktionsblandning (genotypreaktionsförblandning [innehållande Taq-enzymet, deoxiribonukleosidtrifosfat, reaktionsbuffert och magnesiumklorid], med ureA-primrar framåt och bakåt och en ureA-sond ) och 5 μL av det extraherade DNA.
- Kör qPCR-plattan med 32 brunnar på qPCR-maskinen. Programmera värmecyklerna: reaktionsblandningen reagerar först sekventiellt vid 42 °C och 95 °C (båda under en cykel) i 2 minuter vardera. Därefter 40 cykler vid 95 °C, denaturering i 10 sekunder och glödgning och förlängning vid 58 °C i 45 s.
- Ställ in fluorescenssignalinsamlingen på FAM (H. pylori) och datainsamlingen på förstärkningsförlängningsperioden. När reaktionen är klar, spara data för framtida resultatanalys.
- Analysera data med hjälp av specifik programvara för qPCR, eftersom instrumentet automatiskt väljer baslinjetröskelvärden.
- Om testresultatet för H. pylori är positivt startar maskinen automatiskt läkemedelsresistenstestning på provet. Ersätt reagenssatsen med detektionsreagens för 23S rRNA-gen- och gyrA-genmutationer i H. pylori (qPCR) kit.
OBS: Reagenssatsen (detektionsreagens för 23S rRNA-gen- och gyrA-genmutationer i Helicobacter pylori [qPCR]) inkluderar PCR-reaktionsblandningen (genotypreaktionspremix [innehållande Taq-enzymet, deoxiribonukleosidtrifosfat, reaktionsbuffert, magnesiumklorid], primrar och sonder). Alla negativa kvalitetskontrollprodukter är sterilt, renat vatten. Den positiva kvalitetskontrollprodukten i H. pylori-nukleinsyradetekteringssatsen är inaktiverade H. pylori-standardpärlor (ATCC 43504). De starka H. pylori-positiva och svaga positiva kvalitetskontrollprodukterna i satsen (detektionsreagens för 23S rRNA-genen och gyrA-genmutationer i H. pylori) är DNA från den inaktiverade H. pylori-stammen som innehåller målgenen och mutantgenen. På samma sätt, baserat på den faktiska situationen, är alla diagnostiska standarder, inklusive närvaron av H. pylori-infektion eller läkemedelsresistens, inställda på CT ≤ 35 och har en typisk S-formad kurva. Koncentrationen av den svaga kvalitetskontrollen är 1,0 x 103 kopior / ml, medan koncentrationen av den starka kvalitetskontrollen är 1,0 x 108 kopior / ml.
Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.
Representative Results
Detektion av H. pylori-infektion och antibiotikaresistens i magvätska med qPCR
Vi utförde qPCR för detektion av H. pylori-infektion genom att förstärka ureA-genen och bestämde dess antibiotikaresistensprofil genom att rikta punktmutationer i 23S rRNA-genen och gyrA-genen (tabell 1). CT-värdena för kvalitetskontroll i alla tre grupperna av qPCR-experimenten låg inom det rekommenderade intervallet, vilket indikerar att proverna alla var i normalt tillstånd vid tidpunkten för experimentet och att testresultaten var tillförlitliga. I denna studie valdes fem prover med olika testresultat (S1-S5) ut för att karakterisera experimentprotokollets tillförlitlighet. S1 representerar en representativ stam av H. pylori utan infektion, medan S2-S5-proverna är de infekterade med H. pylori med olika resistensresultat (figur 1). Vi ställde in systemet för att inte utföra ytterligare resistenstestning med proverna som inte var infekterade med H. pylori, så S1-provet gick inte in i motståndstestet efter att systemtestet visade ett negativt resultat för H. pylori. När det gäller de prover som var positiva för H. pylori-infektion låg S2 CT-värdena alla inom detektionsområdet, vilket indikerar att provet var H. pylori-positivt och visade dubbel resistens mot klaritromycin och levofloxacin, och kliniker rekommenderades att välja andra behandlingsmetoder efter eget gottfinnande. S3 CT-värdena låg inom detektionsområdet för H. pylori-infektion och levofloxacinresistenstestet, medan inga CT-värden detekterades i klaritromycinresistenstestet, vilket indikerar att S3-provet var från en levofloxacinresistent patient. På liknande sätt låg CT-värdet för S4-provet inom detektionsområdet för H. pylori-infektion och klaritromycinresistens, medan inget CT-värde detekterades för levofloxacinresistens, vilket indikerar att denna patient var resistent mot klaritromycin, och det rekommenderades att de tog levofloxacin för behandling. Slutligen visade S5-provtestet CT-värden inom detektionsområdet endast för detektion av H. pylori-infektion, vilket indikerar att denna patient var känslig för båda antibiotika och kunde behandlas med något av de två läkemedlen. Jämfört med bakterieodlingsmetoden, som också detekterar H. pylori-infektion och läkemedelsresistens, är denna metod säker och effektiv för att upptäcka H. pylori-infektion och läkemedelsresistens utan att skada patienten och kan användas för att vägleda läkaren vid formulering av en lämplig behandlingsplan.
Figur 1: Detektion av H. pylori och dess antibiotikaresistens i magvätska med qPCR.
(A) Kvantitativ PCR-amplifiering av H. pylori-infektion , (B) detektion av klaritromycinresistens och (C) detektion av levofloxacinresistens. "S" står för prov. "S1" är ett prov som kom tillbaka negativt för H. pylori-infektion och testades också för antibiotikaresistens; "S2" är ett H. pylori-infekterat prov med resistens mot både klaritromycin och levofloxacin; "S3" är också ett H. pylori-positivt prov men är klaritromycin-mottagligt och levofloxacinresistent; "S4" är också ett H. pylori-positivt prov men är klaritromycinresistent och levofloxacinmottagligt; "S5" är ett H. pylori-positivt prov men är mottagligt för både klaritromycin och levofloxacin. Koncentrationen av den svaga kvalitetskontrollen är 1,0 x 103 kopior / ml, medan koncentrationen av den starka kvalitetskontrollen är 1,0 x 108 kopior / ml. Klicka här för att se en större version av denna figur.
| Prov | H. pylori | klaritromycin | Levofloxacin | |||
| +/- | CT | +/- | CT | +/- | CT | |
| S1 | - | U | - | U | - | U |
| S2 | + | 22.61 | + | 22.77 | + | 23 |
| S3 | + | 28.32 | - | U | + | 30.18 |
| S4 | + | 28.76 | + | 27.67 | - | U |
| S5 | + | 31.59 | - | U | - | U |
Tabell 1: Tabell som visar qPCR-resultaten av detektion av H. pylori-infektion och resistens mot klaritromycin och levofloxacin. Denna tabell presenterar de kvalitativa resultaten för H. pylori-infektion , detektion av 23S rRNA-genmutationer som visar att isolatet är resistent mot klaritromycin och detektion av gyrA-genmutationer som visar att isolatet är resistent mot levofloxacin. +/−, kvalitativt resultat; +, positivt resultat; −, negativt resultat.
Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.
Discussion
H. pylori-detektion kan utföras med både invasiva och icke-invasiva metoder13. Vanliga invasiva tekniker som histopatologi, det snabba ureastestet, polymeraskedjereaktion (PCR) och bakterieodling kräver endoskopi och biopsi. Serologiska tester, urea-andningstester och enzymkopplade immunosorbentanalyser (ELISA) rekommenderas bland de icke-invasiva procedurerna14. Medan icke-invasiva metoder är lätta att utföra, ekonomiska och bekvämare för patienter, kräver isolering och odling av H. pylori för att utföra ytterligare analyser, såsom stamidentifiering och antibiotikakänslighetstestning, invasiva tester. Med den nuvarande ökningen av antibiotikaresistens blir tidigare använda antibiotika ineffektiva och därmed misslyckas med att behandla infektion orsakad av läkemedelsresistenta H. pylori-isolat. I detta fall kan hämtning av H. pylori för att utföra antibiotikakänslighetstest krävas för att välja de antibiotika som sannolikt framgångsrikt kommer att eliminera de resistenta bakterierna.
Rutinmässigt utförda odlingsbaserade känslighetsanalyser som agarutspädningsmetoden och Epsilometertestet (E-test) har flera begränsningar: de är tidskrävande, eftersom H. pylori är en långsamt växande bakterie, kostsam, färdighetsbaserad och kräver invasiva tekniker. Alternativt kan olika molekylbaserade tekniker, såsom fluorescens in situ hybridisering (FISH) tekniker och qPCR, användas för att identifiera flera mutationer, såsom i 23S rRNA-genen, som kodar för resistens mot klaritromycin15,16. Trepunktsmutationsställen (A2142G, A2143G, A2142C) av 23S rRNA-resistensgenen av H. pylori och sexpunktsmutationsställen (A260T, C261A, T261G, G271A, G271T, A272G) av gyrA-resistensgenen av kinolonantibiotika valdes för att designa primers och sonder för att bestämma resistens mot klaritromycin respektive levofloxacin.
Strängtestet, som härstammar från ENTEO-TEST, använder en kapsel fäst vid en högabsorberande nylonsträng, som sväljs för att samla magsekret17. För närvarande har strängtester använts för att diagnostisera tuberkulos18, för att skilja mycket virulenta Klebsiella pneumoniae (hvKp) från traditionell Klebsiella pneumoniae19, för att identifiera grampositiva och gramnegativa bakterier och jäst och för att diagnostisera H. pylori från magvätska20. I denna studie kombinerade vi strängtestet, en minimalt invasiv teknik, med qPCR för identifiering av H. pylori-infektioner i en klinisk installation och utförde känslighetstestning genom att rikta in sig på tidigare rapporterade resistenskodande mutationer i H. pylori-genomet. Vi valde ureA-genen eftersom det är en hushållsgen som är unik för H. pylori utan potentiell risk för korsreaktion med andra organismer. Alla H. pylori-isolat måste ha ureA-genen för att överleva i människans mage, och knock-out-experiment har visat att H. pylori utan ureA-genen inte har förmågan att kolonisera i magen.
För qPCR är kvalitetskontrollstandarder extremt viktiga. Vid qPCR-detektering av H. pylori är kraven i kvalitetskontrollstandarderna följande: en negativ kvalitetskontrollprodukt (ingen ökning av fluorescenssignalen i FAM-detekteringsvägen, ingen typisk förstärkningskurva av S-typ, CT-värde > 35,00 eller ingen uppenbar signal); En produkt för positiv kvalitetskontroll (tillväxtkurvan för fluorescenssignalen för FAM-detektionsvägen med en S-formad kurva, CT-värde ≤ 35,00) och ovanstående krav måste uppfyllas samtidigt. Annars kommer testet att betraktas som ogiltigt och måste utföras igen. För qPCR-detektion av H. pylori-resistens mot antibiotika (klaritromycin och levofloxacin), förutom CT-värdet som skiljer mellan positiva och negativa resultat, som ändras till 30,00 för resistensdetektering, är de andra kraven desamma som ovan. I synnerhet är sekvensinformationen om primers och sonder inte tillgänglig i detta dokument eftersom det handlar om kommersiella äganderätter.
För att välja effektivare antibiotika för varje patient är det viktigt att kartlägga den lokala förekomsten av H. pylori och dess antibiotikaresistensprofil på grund av den ökade antimikrobiella resistensen globalt och dessutom på grund av variationen i resistensmönster mellan olika geografiska områden. Den största begränsningen i vår studie är att provstorleken var mycket liten och inte täckte olika geografiska regioner i Kina för att visa förekomsten av H. pylori-infektion och dess fullständiga antibiotikaresistensprofil, men strängtesttekniken är väl utvecklad och genom att kombinera den med qPCR uppnådde vi en samtidig diagnos av H. pylori infektion och upptäckt av läkemedelsresistens. Dessa resultat tyder på att detta tillvägagångssätt kan användas i större skala i olika regioner i världen.
Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.
Disclosures
Ingen.
Acknowledgments
Detta arbete stöddes av Sanming Project of Medicine i Shenzhen (Grant No. SZSM201510050) och Guangdong Basic and Applied Basic Research Foundation (bidragsnummer 2022A1515220023). Forskningsstiftelsen för avancerade talanger vid Guandongprovinsens folksjukhus (nr. KJ012021097) och National Natural Science Foundation of China (81871734, 82072380, 82272423). Finansiärerna hade ingen roll i studiedesignen, datainsamlingen och analysen, beslutet att publicera eller utarbetandet av manuskriptet.
Materials
| Name | Company | Catalog Number | Comments |
| 23S rRNA and gyrA gene point mutations detection kit (PCR-Fluorescence Probing) | Hongmed Infagen | Detection of Helicobacter pylori resistance to clarithromycin and levofloxacin | |
| ABI 7500 fluorescence quantitative PCR machine | Thermo Fisher Scientific | SEDA 20163220767 | Fluorescent quantitative PCR amplification |
| ABI 7500 software | Thermo Fisher Scientific | Data Analysis | |
| BSC-1500IIA2-X | BIOBASE | SEDA 20143222263 | Biosafety cabinet |
| DNA extraction kit | Daan Gene | ||
| E-Centrifuge | WEALTEC | Centrifuge the residual liquid off the wall of the tube. | |
| H. Pylori DNA detection kit (PCR-Fluorescence Probing) | Hongmed Infagen | Testing for H. pylori infection | |
| Stream SP96 automated nucleic acid extractor | Daan Gene | SEDA 20140104 | For DNA extraction |
| String test kit | Hongmed Infagen | It contains a capsule attached to a string, scissors, cotton swab, and sample preservation tube | |
| Ultra-low temperature freezers (DW-YL450) | MELING | SEDA 20172220091 | -20 °C for storing reagents |
| Vortex-5 | Kylin-bell | For mixing reagent |
References
- Proença-Modena, J. L., Acrani, G. O., Brocchi, M. Helicobacter pylori: Phenotypes, genotypes and virulence genes. Future Microbiology. 4 (2), 223-240 (2009).
- Hussein, R. A., Al-Ouqaili, M. T. S., Majeed, Y. H. Association between alcohol consumption, cigarette smoking, and Helicobacter pylori infection in Iraqi patients submitted to gastrointestinal endoscopy. Journal of Emergency Medicine, Trauma and Acute Care. 2022 (6), 12 (2022).
- Reshetnyak, V. I., Burmistrov, A. I., Maev, I. V. Helicobacter pylori: Commensal, symbiont or pathogen. World Journal of Gastroenterology. 27 (7), 545-560 (2021).
- Thrift, A. P., Wenker, T. N., El-Serag, H. B. Global burden of gastric cancer: Epidemiological trends, risk factors, screening and prevention. Nature Reviews Clinical Oncology. 20 (5), 338-349 (2023).
- Liou, J. M., et al. Screening and eradication of Helicobacter pylori for gastric cancer prevention: The Taipei global consensus. Gut. 69 (12), 2093-2112 (2020).
- IARC Helicobacter pylori Working Group. Helicobacter Pylori Eradication as A Strategy for Preventing Gastric Cancer. , International Agency for Research on Cancer. Lyon, France. (2014).
- Vaira, D., et al. The stool antigen test for detection of Helicobacter pylori after eradication therapy. Annals of Internal Medicine. 136 (4), 280-287 (2002).
- Laheij, R. J. F., Straatman, H., Jansen, J. B. M. J., Verbeek, A. L. M. Evaluation of commercially available Helicobacter pylori serology kits: A review. Journal of Clinical Microbiology. 36 (10), 2803-2809 (1998).
- Malfertheiner, P., et al. Management of Helicobacter pylori infection - The Maastricht IV/ Florence consensus report. Gut. 61 (5), 646-664 (2012).
- Peng, X., et al. Gastric juice-based real-time PCR for tailored Helicobacter Pylori treatment: A practical approach. International Journal of Medical Sciences. 14 (6), 595-601 (2017).
- Thung, I., et al. Review article: The global emergence of Helicobacter pylori antibiotic resistance. Alimentary Pharmacology and Therapeutics. 43 (4), 514-533 (2016).
- Zhang, Y., et al. Mutations in the antibiotic target genes related to clarithromycin, metronidazole and levofloxacin resistance in Helicobacter pylori strains from children in China. Infection and Drug Resistance. 13, 311-322 (2020).
- Hussein, R. A., Al-Ouqaili, M. T. S., Majeed, Y. H. Detection of Helicobacter pylori infection by invasive and noninvasive techniques in patients with gastrointestinal diseases from Iraq: A validation study. PLoS One. 16 (8), e0256393 (2021).
- Chen, Q., et al. Advanced sensing strategies based on different types of biomarkers toward early diagnosis of H. pylori. Critical Reviews in Analytical Chemistry. , (2023).
- Hussein, R. A., Al-Ouqaili, M. T. S., Majeed, Y. H. Detection of clarithromycin resistance and 23SrRNA point mutations in clinical isolates of Helicobacter pylori isolates: Phenotypic and molecular methods. Saudi Journal of Biological Sciences. 29 (1), 513-520 (2022).
- Xuan, S. H., Wu, L. P., Zhou, Y. G., Xiao, M. B. Detection of clarithromycin-resistant Helicobacter pylori in clinical specimens by molecular methods: A review. Journal of Global Antimicrobial Resistance. 4, 35-41 (2016).
- Perez-Trallero, E., Montes, M., Alcorta, M., Zubillaga, P., Telleria, E. Non-endoscopic method to obtain Helicobacter pylori for culture. Lancet. 345 (8950), 622-623 (1995).
- DiNardo, A. R., et al. Use of string test and stool specimens to diagnose pulmonary tuberculosis. International Journal of Infectious Diseases. 41, 50-52 (2015).
- Li, G., et al. Identification of hypervirulent Klebsiella pneumoniae isolates using the string test in combination with Galleria mellonella infectivity. European Journal of Clinical Microbiology and Infectious Diseases. 39 (9), 1673-1679 (2020).
- Agbonlahor, D. E., Odugbemi, T. O., Udofia, P. O. Differentiation of gram-positive and gram-negative bacteria and yeasts using a modification of the "string" test. The American Journal of Medical Technology. 49 (3), 177-178 (1983).
