माइक्रोबियल planktonic समुदायों से metabolite का निष्कर्षण के लिए एक विधि प्रस्तुत किया है. पूरे समुदाय के नमूने निस्पंदन द्वारा विशेष रूप से तैयार फिल्टर पर हासिल की है. Lyophilization के बाद, जलीय घुलनशील चयापचयों निकाले जाते हैं. इस दृष्टिकोण से पर्यावरण metabolomics की प्राकृतिक या प्रयोगात्मक सूक्ष्म समुदायों के पार omics जांच करने के लिए आवेदन के लिए अनुमति देता है.