Transcriptomic Analysis of C. elegans RNA Sequencing Data Through the Tuxedo Suite on the Galaxy Project

Francis R. G. Amrit; Arjumand Ghazi

doi:10.3791/55473

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Analyse transcriptomique de C. elegans RNA séquençage des données par le Tuxedo Suite sur le projet Galaxy

JoVE Journal
Genetics

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Transcriptomic Analysis of C. elegans RNA Sequencing Data Through the Tuxedo Suite on the Galaxy Project

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Analyse transcriptomique de C. elegans RNA séquençage des données par le Tuxedo Suite sur le projet Galaxy

DOI:

10.3791/55473-v

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10:19 min

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April 08, 2017

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Francis R. G. Amrit, Arjumand Ghazi

¹Department of Pediatrics,University of Pittsburgh School of Medicine, Children’s Hospital of Pittsburgh

Chapters

00:05Title
00:56Getting Started with Galaxy
03:28Data Analysis with Tuxedo Suite
06:19Gene Ontology (GO) Term Analyses Using DAVID
07:56Results: Transcriptome Dictated by the Transcription Elongation Factor TCER-1, that Extends Lifespan of Germline-less C. elegans
09:39Conclusion

Summary

Automatic Translation

Galaxy et David sont apparus comme des outils populaires qui permettent aux enquêteurs sans formation de bio-informatique pour analyser et interpréter les données d'ARN-Seq. Nous décrivons un protocole pour C. elegans aux chercheurs d'effectuer des expériences ARN-Seq, l' accès et de traiter l'ensemble de données en utilisant Galaxy et d' obtenir des informations biologiques significatives à partir des listes de gènes en utilisant DAVID.

Article

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Usage Statistics

Optogénétiques mutagenèse aléatoire Utilisation Histone-miniSOG dans C. elegans</em

Conjugatif Mating Assays pour l'analyse des protéines de transfert impliqués dans Conjugaison bactérienne spécifique à la séquence

Détection de Copy Number Transformations Utilisation unique cellule de séquençage

Contrôlable Expression Ion canal par transfection transitoire inductible

Analyse du promoteur du ligand c-KIT utilisant l'immunoprécipitation de la chromatine

Manipulation de ploïdie chez Caenorhabditis elegans

Analyse informatique des données de séquence d’écrans de 2-hybride de levure lot

Séquençage et analyse de l'ARN unicellulaire des îlots pancréatiques humains

Identification des empreintes de pas de l'ARN: Complexes protéiques par l'intermédiaire de l'immunoprécipitation d'ARN dans Tandem suivi du séquençage (RIPiT-Seq)

Analyse transcriptomique de<em> C</em>.<em> elegans</em> RNA séquençage des données par le Tuxedo Suite sur le projet Galaxy

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