Journal
/
Genetics
/
Analyse av Transcriptomic<em> C</em>.<em> elegans</em> RNA sekvenseringsdata Gjennom Tuxedo Suite på Galaxy-prosjektet
JoVE Journal
Genetics
A subscription to JoVE is required to view this content.  Sign in or start your free trial.
JoVE Journal Genetics
Transcriptomic Analysis of C. elegans RNA Sequencing Data Through the Tuxedo Suite on the Galaxy Project

Analyse av Transcriptomic<em> C</em>.<em> elegans</em> RNA sekvenseringsdata Gjennom Tuxedo Suite på Galaxy-prosjektet

DOI:
10.3791/55473-v

•

10:19 min

•

April 08, 2017

•

,
1Department of Pediatrics,University of Pittsburgh School of Medicine, Children’s Hospital of Pittsburgh

Chapters

  • 00:05Title
  • 00:56Getting Started with Galaxy
  • 03:28Data Analysis with Tuxedo Suite
  • 06:19Gene Ontology (GO) Term Analyses Using DAVID
  • 07:56Results: Transcriptome Dictated by the Transcription Elongation Factor TCER-1, that Extends Lifespan of Germline-less C. elegans
  • 09:39Conclusion

Summary

Automatic Translation

Automatic Translation

Galaxy og David har dukket opp som populære verktøy som lar etterforskerne uten bioinformatikk trening for å analysere og tolke RNA-Seq data. Vi beskriver en protokoll for C. elegans forskere å utføre RNA-Seq eksperimenter, åpne og behandle datasettet ved hjelp av Galaxy og oppnå meningsfull biologisk informasjon fra gense listene ved hjelp av DAVID.

Tags

C. ElegansRNA SequencingTranscriptomic AnalysisTuxedo SuiteGalaxy ProjectBioinformaticsDifferential Gene ExpressionGene OntologyNGS RNA AnalysisFASTQData UploadWorkflow

Article

Embed

ADD TO PLAYLIST

Usage Statistics

Related Videos

Optogenetic Random Mutagenese Bruke Histone-miniSOG i<em> C. elegans</em

Konjugerbare Mating Analyser for sekvens-spesifikk analyse av Transfer proteiner involvert i Konjugasjon

Påvisning av Kopier nummer Endringer Bruke enkelt celle Sequencing

Kontrollerbar Ion Channel Expression gjennom induserbar Transient Transfeksjon

Analyse av c-KIT ligand-promotoren ved bruk av kromatinimmunutfelling

Manipulering av Ploidy i Caenorhabditis elegans

Informatic analyse av sekvens Data fra satsvis gjær 2-Hybrid-skjermer

Single-Cell RNA sekvensering og analyse av Human bukspyttkjertelen holmer

Identifisering av fotavtrykk av RNA: protein komplekser via RNA-Immunutfelling i tandem etterfulgt av sekvensering (RIPiT-SEQ)

Identifikasjon av sirkulær RNAs ved hjelp av RNA-sekvensering

Read Article