Vi beskriver steg-för-steg-instruktioner för att: 1) effektivt iscensätta intestinala organoider med hjälp av magnetiska nanopartiklar för lenti-eller antiretrovirala transduktion, och, 2) generera frysta sektioner från konstruerade organoider. Detta tillvägagångssätt ger ett kraftfullt verktyg för att effektivt förändra genuttryck i organoider för utredning av nedströms effekter.