Journal
/
Genetics
/
Utforska den roten mikrobiomet: extrahera bakteriell gemenskapen Data från jord, odlingsbädden och rot Endosphere
JoVE Journal
Genetics
A subscription to JoVE is required to view this content.  Sign in or start your free trial.
JoVE Journal Genetics
Exploring the Root Microbiome: Extracting Bacterial Community Data from the Soil, Rhizosphere, and Root Endosphere
Please note that all translations are automatically generated. Click here for the English version.

Utforska den roten mikrobiomet: extrahera bakteriell gemenskapen Data från jord, odlingsbädden och rot Endosphere

DOI:
10.3791/57561-v

•

09:55 min

•

May 02, 2018

•

, , ,
1Department of Plant and Microbial Biology,University of California, Berkeley, 2Plant Gene Expression Center,USDA ARS

Chapters

  • 00:05Title
  • 00:46Collection and Separation of Root Endosphere, Rhizosphere, and Soil Samples
  • 02:47DNA Extraction
  • 04:11Amplicon Library Preparation and Submission
  • 08:21Results: Effective DNA Amplification
  • 09:10Conclusion

Summary

Automatic Translation

Automatic Translation

Här beskriver vi ett protokoll för att erhålla amplikon sekvensdata av jord, odlingsbädden och rot endosphere microbiomes. Denna information kan användas för att undersöka den sammansättning och mångfalden av växt-associerade mikrobiella samhällen, och är lämplig för användning med ett brett utbud av växtarter.

Tags

Root MicrobiomeSoilRhizosphereRoot Endosphere16S Ribosomal RNA GeneCommunity ProfilingMicrobial EcologyDNA ExtractionSequencing LibrarySoil CoreRhizosphere SeparationRoot WashingDNA Extraction

Article

Embed

ADD TO PLAYLIST

Usage Statistics

Related Videos

Konjugativ Parning Analyser för sekvensspecifik analys av Transfer proteiner involverade i konjugation

Transcriptomic Analys av<em> C</em>.<em> elegans</em> RNA Sequencing data via Tuxedo Suite på Galaxy Project

Tvåriktad retroviral integrationsplats PCR-metodik och kvantitativ dataanalys arbetsflöde

Bestämning av optimala kromosomala belägenheten för ett DNA-Element i Escherichia coli använder en ny metod för Transposon-medierad

Provberedning och analys av RNASeq-baserade gen uttryck Data från zebrafisk

Datoriserad analys av sekvensdata från Batch jäst 2-Hybrid skärmar

Utforska den effekter av rymdfarkosten på mus fysiologi med hjälp av Open Access NASA GeneLab plattformen

Isolera, sekvensering och analysera extracellulära mikroRNA från humana mesenkymala stamceller

Använda i Vitro och i cell form att undersöka småmolekylära inducerad Pre-mRNA strukturella förändringar

Tomat rotomvandling följt av inokulering med Ralstonia Solanacearum för enkel genetisk analys av bakteriell vissna sjukdom

Read Article